Инфекции пцр маркер i

За звучной аббревиатурой ПЦР скрывается сложная и не слишком понятная для рядового пациента расшифровка — полимеразная цепная реакция. Что же такое ПЦР-диагностика, на чем она основана и почему в последнее время ее стали считать самой перспективной технологией в постановке диагнозов, касающихся инфекционных и вирусных заболеваний? Мы расскажем о преимуществах ПЦР-метода, его особенностях и этапах проведения.

ПЦР-диагностика: что это такое?

Диагностика методом ПЦР существует чуть более 30 лет. Значительно эволюционировав за это время, она зарекомендовала себя как один из наиболее точных способов выявления инфекций. В основе метода лежит принцип многократного увеличения микроскопических концентраций фрагментов ДНК возбудителя в биологической пробе пациента в искусственных условиях. В результате сложного процесса, называемого амплификацией, под воздействием ферментов и изменения температуры (от 50 до 95°С) из одной молекулы ДНК образуется две. При этом происходит копирование участка ДНК, который присутствует только у того вида патогенного микроорганизма, который интересует врача.

Цикл образования новой молекулы ДНК занимает всего около 3 минут, а тридцати-сорока циклов вполне достаточно, чтобы получить количество молекул, необходимое для достоверного визуального определения методом электрофореза.

Кроме амплификации, то есть простого увеличения числа копий молекулы ДНК, с помощью ПЦР можно производить и другие манипуляции с генетическим материалом, например, сращивать фрагменты ДНК, вводить мутации и т.д. Это позволяет использовать ПЦР не только для диагностики инфекционных и генетических заболеваний, но и для установления отцовства, клонирования и выделения новых генов.

ПЦР-диагностика проводится в специальных лабораториях с помощью амплификационного оборудования. На сегодня существует множество различных модификаций ПЦР, включая технологии с использованием не только ДНК, но и фрагментов рибонуклеиновой кислоты (РНК). В некоторых из них амплификация осуществляется при постоянной температуре, и для их проведения специальное оборудование не требуется.

Еще одна популярная модификация ПЦР — мультиплексная амплификация (МПА), которая позволяет проводить исследование сразу нескольких изучаемых фрагментов в одной пробирке. Это не только ускоряет и удешевляет проведение анализа, но и позволяет рассматривать одни фрагменты, получившиеся в результате реакции, в качестве положительных маркеров для других, что еще больше увеличивает точность исследования методом ПЦР.

В клинической медицине ПЦР-диагностика является одним из наиболее востребованных методов анализа в самых разных сферах:

Прямое определение возбудителя инфекции. Некоторые традиционные методы, такие как иммуноферментный анализ (ИФА), выделяют только белки-маркеры, которые являются продуктом жизнедеятельности возбудителей инфекции, а потому только косвенно указывают на присутствие микроорганизмов. Наличие специфического участка в ДНК, выявленное с помощью ПЦР, безошибочно или почти безошибочно указывает на присутствие конкретной инфекции.
Высокая специфичность метода . Она обусловлена тем, что в исследуемом материале выявляется фрагмент ДНК, характерный только для конкретного возбудителя инфекции. Специфичность исключает возможность ложных результатов анализа, тогда как в иммунологических методах исследований ошибки вполне вероятны из-за перекрестной реакции антигенов.
Высокая чувствительность . При помощи ПЦР-диагностики можно выявить присутствие в организме даже единичных клеток вирусов или бактерий в тех случаях, когда обычными методами сделать это практически невозможно. ПРЦ определяет наличие всего 10–100 клеток в пробе, тогда как иммунологическими и микроскопическими тестами можно определить наличие инфекции при количестве клеток не менее 103–105.
Универсальность . Сходство состава всех ДНК или РНК дает возможность применять универсальные методы лабораторных исследований, диагностируя сразу несколько возбудителей из одной биологической пробы.
Скорость получения результатов . Поскольку для проведения ПЦР-диагностики не нужен посев и выделение культуры возбудителя, то и большого количества времени на нее не требуется. Весь цикл — от забора биоматериала до получения результатов — занимает 4–5 часов.
Диагностика латентных инфекций . ПЦР-методом диагностируются трудно культивируемые и некультивируемые формы микроорганизмов, встречающиеся в тех случаях, когда заболевание протекает в скрытой форме.

Методом ПЦР можно выявлять возбудителей инфекции не только в организме человека, но и в почве, воде, продуктах питания.

Тем не менее не стоит думать, что ПЦР-диагностика не имеет недостатков. У нее есть свои ограничения, но их количество настолько незначительно, что не может отрицательно повлиять на популярность и эффективность метода:

Вероятность амплификации ДНК не только живого, но и погибшего микроорганизма . При проведении ПЦР-диагностики для контроля эффективности лечения необходимо соблюдать определенные требования. В частности, проводить ПЦР нужно после определенного промежутка времени (1–2 месяца), за который происходит полное исчезновение возбудителя инфекции в организме.
Возможность возникновения перекрестной реакции . Подбор фрагментов ДНК (праймеров) осуществляется на основе знаний о генетическом строении конкретного микроорганизма. Но теоретически такой же фрагмент может присутствовать и у других микроорганизмов, геном которых на сегодняшний день еще не расшифрован. Их присутствие в пробе может привести к ложноположительному результату анализа.
Изменчивость микроорганизмов . Эта способность возбудителей к мутации иногда приводит к тому, что некоторые их штаммы становятся неуловимыми в процессе ПЦР-анализа.

Чтобы уменьшить риски, разработаны стандарты объемов испытаний тест-систем ПЦР-диагностики, включающие проверку на перекрестные реакции и тестирование всех известных штаммов конкретного возбудителя.

ПЦР-диагностика проводится в специальной лаборатории в несколько этапов.

Забор биоматериала . Процедура, предшествующая непосредственному анализу, которая осуществляется в процедурном кабинете соответствующего профиля. Забор делается с помощью стерильного оборудования только в стерильные пробирки. Материалом для исследования могут быть:
- Эпителиальные соскобы со слизистых оболочек: из уретры, из цервикального канала, со слизистой дыхательных путей и зева, из конъюнктивы. Забор проводится с помощью специального ершика, при этом недопустимо попадание в материал следов крови.
- Моча . Собираются первые 50 г утренней мочи в стерильную емкость. Материал используется для диагностики мочеполовых инфекций.
- Мокрота . Используется для ПЦР-диагностики туберкулеза и респираторных форм микоплазмоза и хламидиоза. Мокроту собирают в стерильный флакон в количестве 15–20 мг.
- Кровь, сыворотка, плазма . С их помощью диагностируются гепатиты, герпес, ВИЧ-инфекция. Для анализа используется венозная кровь (1–1,5 мл), собранная у пациента натощак в стерильную пробирку. Хранить биоматериал можно не более суток при температуре 4°С. Замораживать кровь категорически запрещается.
- Биологические жидкости . К ним относятся слюна, сок простаты, околоплодная, плевральная, спинномозговая, суставная жидкости. Собираются при помощи пункции с использованием стерильного инструментария в количестве 0,1–1,5 мл в стерильные пробирки.
- Биоптаты , т.е. материалы, полученные путем биопсии. Обычно на анализ отправляют биоптаты двенадцатиперстной кишки или желудка, чтобы выявить хеликобактерную инфекцию. Объем материала 2–3 мм 3 .
Хранение и транспортировка биоматериала . Хранить образцы можно при комнатной температуре не более 2 часов. Если необходимо длительное хранение, то пробы помещают в холодильник с температурой 2–8°С на срок не более одних суток. Допустимо хранение некоторых биоматериалов в течение двух недель в замороженном виде при температуре -20°С. Оттаивание и повторное замораживание проб запрещено. Транспортировка, если она необходима, должна проводиться в специальных термоконтейнерах или термосах с соблюдением всех правил хранения и перевозки биоматериалов.
Выделение ДНК из образца . Способ выделения зависит от вида определяемого микроорганизма и от вида биологического образца. Если, например, анализируется соскоб эпителиальных клеток, используется так называемый метод твердофазной сорбции, заключающийся в добавлении в образец специального вещества, концентрации ДНК на сорбенте и его многократной отмывке буферным раствором.
Проведение ПЦР . Некоторое количество образца из биологической пробы переносится в специальную микроцентрифужную пробирку. Туда же добавляется амплификационная смесь, имеющая сложный состав, в объеме 25 мл. Пробирки устанавливают в программируемый термостат, и автоматическом режиме проводится амплификация. Время ее проведения зависит от заданной программы и составляет 2–3 часа. Одновременно с опытными пробами проводятся контрольные — положительные , включающие в себя контрольный препарат ДНК исследуемого возбудителя, и отрицательные , не содержащие исследуемую ДНК. Количество циклов амплификации варьирует от 30 до 40, более 40 циклов проводить не рекомендуется, так как это способствует увеличению количества неспецифических продуктов в пробе.
Регистрация результатов . Фрагмент ДНК, характерный для возбудителя инфекции, выделяют методом электрофореза в присутствии специального вещества — бромистого этидия. Его соединение с фрагментами ДНК дает светящиеся полосы при облучении ультрафиолетовым излучением. Образец помещают в камеру для электрофореза и в течение 35–40 минут проводят разделение продуктов амплификации. После этого образец просматривают в ультрафиолетовом свете — наличие оранжевой светящейся полосы свидетельствует о положительном результате.
Интерпретация результатов исследования . Результат ПЦР-диагностики может быть либо положительным, либо отрицательным. Положительный результат говорит о том, что в организме человека обнаружены следы инфекции, причем именно в данный момент времени. Количественный результат ПЦР-анализа оценить может только врач, они индивидуальны для разных типов инфекций. На основании количественного результата можно сделать вывод о степени активности заболевания и определить характер лечения.

Цена ПЦР-диагностики зависит от того, на какую конкретно инфекцию пациент планирует проверяться, от вида анализируемого материала, методики тестирования — качественной или количественной. Цена за определение одной инфекции составляет от 200 до 800 рублей в разных клиниках. Кроме того, к стоимости анализа добавится и плата за забор биоматериала — около 400 рублей. Средняя стоимость ПЦР-диагностики разных видов приведена в таблице 1.

Таблица 1 . Примерные цены на анализы ПЦР в Москве

Название анализа	Цена, руб.
Определение ДНК хламидия	750
Определение ДНК микоплазмы хоминис	540
Определение микоплазмы гениталиум	350
Определение ДНК уреаплазмы	350
Гонококк, определение ДНК	350
Определение ДНК герпеса (разные типы)	350–600
Определение ДНК кандиды	570
Вирус краснухи, определение РНК	800
Дифференцированное определение ДНК ВПЧ (разные типы)	350–1900 [1]

ПЦР – это метод медицинского исследования, позволяющий определить в изучаемом материале конкретный участок генетической информации организма среди других и многократно размножить его. ПЦР основан на принципе естественной повторяемости ДНК.

Описание услуги	Цена, руб.
ДНК папилломавирусов (Human Papillomavirus) СКРИНИНГ с определением типа (Контроль взятия материала, типы 6, 11, 16, 18), количественный	800
ДНК папилломавирусов (Human Papoiilmavirus) высокого канцерогенного риска (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типов) с определением типа количественный	1 200
Патогены ЗППП (12 показателей)

Chlamidia trachomatis/ Trichomonas vaginalis/Ureaplasma specicies/ parvum/ Neisseria gonorrhoeae/ Micoplasma genitalium /hominus/Cytomegalovirus/Candida ablicans/ Herpes Simplex Virus Type 2/ДНК папилломавирусов (Human Papoiilmavirus) высокого канцерогенного риска (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59 типов)

2 400 ПЦР диагностика, определение ДНК грибов рода кандиды с определением типа

(Candida albicans/Candida glabrata/Candida krusei)

630 ПЦР диагностика, определение ДНК качественно (1 вид)

хламидия, микоплазма (Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium), уреаплазма (Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Ureaplasma species), гарднерелла, бледная трепонема, гонококк, кандида, токсоплазма, микобактерии туберкулеза, трихомонада, цитомегаловирус, вирус простого герпеса (I и II типов), вирус простого герпеса VI типа

250 ПЦР диагностика, определение ДНК количественно (1 вид)

хламидия, микоплазма (Mycoplasma hominis, Mycoplasma genitalium), хламидофилы и микоплазмы (Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae), уреаплазма (Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Ureaplasma species), гарднерелла ( Gardnerella vasinalis), бледная трепонема (Treponema pallidum), гонококк (Neisseria gonorrhoeae), кандида (Candida albicans), микобактерии туберкулеза, пиогенный стрептококк, стрептококк, трихомонада (Trichomonas vaginalis), цитомегаловирус, папилломавирус 16 типа, папилломавирус 18 типа

290 ПЦР-6 (кол)

Chlamidia trachomatis/ Trichomonas vaginalis/ Gardnerella vaginas/ Micoplasma genitalium/homius/Ureaplasma specicies

1 400 Фемофлор - (12 показателей)

Общая бактериальная масса/ Lactobacillus spp./ Gardnerella vaginalis + Prevotella bivia + Porphyromonas spp./ Mycoplasma hominis/ Ureaplasma spp./ Candida spp./ Chlamidia trachomatis/ Trichomonas vaginalis/ Neisseria gonorrhoeae/ Mycoplasma genitalium/ Cytomegalovirus (CMV)/ Herpes Simplex Virus Type 1(HSV-1)/ Herpes Simplex Virus Type 2 (HSV-2)

1 850 Фемофлор - (16 показателей)

Общая бактериальная масса, Lactobacillus spp./Enterobacterium spp./Streptococcus spp/Staphylococcus spp/Gardnerella vaginalis/Prevotella bivia/ Porphyromonas spp)/Eubacterium spp/(Sneathia spp+ Leptotrichia spp+ Fusobacterium spp)/Veillonella spp) /Dialister spp)/Megasphaera) /Lachnobacterium spp/ (Candida albican/ Clostridium spp)/Mobiluncus spp) /Corinebacterium spp)/Peptostreptococcus spp)/Mycoplasma hom./Ureaplasma species

2 200 Фемофлор-(8 показателей)

Общая бактериальная масса/ Lactobacillus spp./ Gardnerella vaginalis + Prevotella bivia + Porphyromonas spp./ Mycoplasma hominis/Mycoplasma genitalium/ Ureaplasma spp./ Candida albicans./ Enterobacterium spp/Stretococcus spp.\Eubacterium spp

1 100 Флороценоз расширенный 1 550 Флороценоз с определением NCMT 1 850 Флороценоз-бактериальный вагиноз 1 000 ДНК папилломавирусов (Human Papoiilmavirus) высокого канцерогенного риска (16, 18, 26,31, 33, 35, 39,44, 45, 51, 52,53, 56, 58, 59,66,68,73,82 типов) с определением типа количественный 1 800 ПЦР-12 (кол)

2 400 ПЦР-6 (кач)

Chlamidia trachomatis/ Trichomonas vaginalis/ Gardnerella vaginas/ Micoplasma genitalium/homius/Ureaplasma specicies

1 240 ПЦР-12 (кач)

2 400 ДНК токсоплазмы (Toxoplasma gondii), Вирус простого герпеса (I типа), Вирус простого герпеса (II типа), Папилломавирус 6/11 типов (кол) 1 вид 380 Вирус герпеса (VI типа) 1 вид (кол) 440 ПЦР диагностика, определение ДНК грибов рода кандиды (расширенный) 900 Вирус папилломы человека 16/18, вирус папилломы человека 6/11,вирус папилломы человека 31/33 типов с определением типа (кол) 1 вид 440 ПЦР-15 2 820 Хламидофилы и микоплазма ПЦР 420 Вирус простого герпеса 1,2 типа ПЦР 420 Вирус папилломы человека 16,18,31,33,35,39,45,51,52,56,58,59,66,68 без определения типа 1 600

В настоящее время ПЦР в Ярославле является наиболее совершенным методом диагностики, позволяющим выявить единичные клетки, являющиеся возбудителями инфекционных болезней за счет многократного размножения копий тестируемых последовательностей.

Тест, основанный на амплификации ДНК, дает возможность выявить патогенные ПЦР инфекции, бактерии и вирусы, которые невозможно обнаружить бактериологическим,иммунологическим, микроскопическим способом.

Это достигается благодаря высокой чувствительности системы, что составляет около 10 бактериальных клеток, в то время, как для других тестов данный показатель колеблется в пределах 103-106 клеток. Во время проведения диагностики ПЦР, размножению подвергается не сама бактерия, а ее ДНК, фрагмент, являющийся маркером возбудителя, что гарантирует достоверность результатов.

Определение может быть произведено непосредственно в биологическом материале (кровь, мокрота, слюна, мазок, смыв, лаважная масса, сыворотка, желудочный сок, биопсийный фрагмент) и в сырье, получаемом из внешней среды.

Полный текст:

1. Бабик Р.Л., Сагалова О.И. Оптимизация диагностики вирусных и бактериальных кишечных инфекций у детей и взрослых // Инфекционные болезни. 2015. Т. 13, № 2. С. 46–54. [Babik R.K., Sagalova O.I. Optimization of diagnostics of viral and bacterial enteric infections in children and adolescents. Infektsionnye bolezni = Infectious Diseases, 2015, vol. 13, no. 2, pp. 46–54 (In Russ.)]

2. Горелов А.В., Бондарева А.В., Подколзин А.Т. Клинико-эпидемиологическая характеристика энтероаггрегативного эшерихиоза у детей // Инфекционные болезни. 2013. Т. 11, № 3. С. 22–26. [Gorelov A.V., Bondareva A.V., Podkolzin A.T. Clinical and epidemiology feathes of enteroaggregative escherichia infection in children. Infektsionnye bolezni = Infectious Diseases, 2013, vol. 11, no. 3, pp. 22–26 (In Russ.)]

5. Antikainen J., Kantele A., Pakkanen S.H., Laaveri T., Riutta J., Vaara M., Kirveskari J. A quantitative polymerase chain reaction assay for rapid detection of 9 pathogens directly from stools of travelers with diarrhea. Clin. Gastroenterol. Hepatol., 2013, vol. 11, iss. 10, pp. 1300–1307. doi: 10.1016/j.cgh.2013.03.037

6. Barletta F., Ochoa T.J., Mercado E., Ruiz J., Ecker L., Lopez G., Mispireta M., Gil A.I., Lanata C.F., Cleary T.G. Quantitative real-time polymerase chain reaction for enteropathogenic Escherichia coli: a tool for investigation of asymptomatic versus symptomatic infections. Clin. Infect. Dis., 2011, vol. 53, no. 12, pp. 1223–1229. doi: 10.1093/cid/cir730

7. Becker S.L., Chatiqre J.K., Gohou J.P., Coulibaly J.T., Leuppi R., Polman K., Chappuis F., Mertens P., Herrman M., N’Goran E.K., Utzinqer J., Von Muller L. Combained stool-based multiplex PCR and microscopy for enhanced pathogen detection in patients with persistent diarrhea and asymptomatic controls from Cote d’Ivoire. Clin. Microbiol. Infect., 2015, vol. 21, no. 6: 591. doi: 10.1016/j.cmi.2015.02.016

8. David E.B., Guimaraes S., De Oliveira A.P., Goulart de Oliveira-Sequeria T.C., Noqueira Bittencourt G., Moraes Nardi A.R., Martins Pibolla P.E., Bueno-Franco R.M., Branco N., Tosini F., Bella A., Pozio E., Caccio S.M. Molecular characterization of intestinal protozoa in two poor communities in the State of Sao Paulo, Brasil. Parasit. Vectors, 2015, vol. 8: 103. doi: 10.1186/s13071-015-0714-8

9. Goldfarb D.M., Dixon B., Moldovan I., Barrowman N., Mattison K., Zentner C., Baikie M., Bidowid S., Chan F., Slinqer R. Nanolitre real-time PCR detection of bacterial, parasitic, and viral agents from patients with diarrhea in Nunavut, Canada. Int. J. Circumpolar Health, 2013, vol. 72: 19903. doi: 10.3402/ijch.v72i0.19903

10. Laaveri T., Pakkanen S.H., Antikainen J., RiuttaJ., Mero S., Kirveskari J., Antele A. High number of diarrhoeal co-infections in travelers to Benin, West Africa. BMC Infect. Dis., 2014, vol. 14: 81. doi: 10.1186/1471-2334-14-81

11. Maas L., Dorigo-Zetsma J.W., De Groot C.J., Bouter S., Plotz F.B., Van Ewijk B.E. Detection of intestinal protozoa in paediatric patients with gastrointestinal symptoms by multiplex real-time PCR. Clin. Microbiol. Infect., 2014, vol. 20, no. 6, pp. 545–550. doi: 10.1111/1469-0691.12386

12. McAuliffe G.N., Anderson T.P., Stevens M., Adams J., Coleman R., Vahagamasera P., Young S., Henderson T., Hoffmann M., Jennings L.C., Murdoch D.R. Systematic application of multiplex PCR enhances the detection of bacteria, parasites and viruses in stool samples. J. Infect., 2013, vol. 67, no. 2, pp. 122–129. doi: 10.1016/j.jinf.2013.04.009

13. Pankhurst L., Macfarlane-Smith L., Buchanan J., Anson L., Davies K., O’Connor L., Ashwin H., Pike G., Dingle K.E., Peto T.E., Wordsworth S., Walker A.S., Wilcox M.H., Crook D.W. Can rapid integrated polymerase chain reaction-based diagnostics for gastrointestinal pathogens improve routine hospital infection control practice? A diagnostic study. Health Technol. Assess, 2014, vol. 18, no. 53, pp. 1–167. doi: 10.3310/hta18530

14. Perry M.D., Corden S.A., Howe R.A. Evaluation of the Luminex xTAG Gastrointestinal Pathogen Panel and the Savyon Diagnostics Gastrointestinal Infection Panel for the detection of enteric pathogens in clinical samples. J. Med. Microbiol., 2014, vol. 63, pt. 11, pp. 1419–1426. doi: 10.1099/jmm.0.074773-0

15. Tennat S.M., Grant T.H., Robins-Browne R.M. Pathogenicity of Yersinia enterocolitica biotype 1A. FEMS Immunol. Med. Microbiol., 2003, vol. 38, no. 2, pp. 127–137.

Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.

Полимеразную цепную реакцию (ПЦР, PCR) изобрёл в 1983 году Кэри Мюллис (американский учёный). Впоследствии он получил за это изобретение Нобелевскую премию. В настоящее время ПЦР-диагностика является, одним из самых точных и чувствительных методов диагностики инфекционных заболеваний.

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — экспериментальный метод молекулярной биологии, способ значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК) в биологическом материале (пробе).

В основе метода ПЦР лежит многократное удвоение определённого участка ДНК при помощи ферментов в искусственных условиях (in vitro). В результате нарабатываются количества ДНК, достаточные для визуальной детекции. При этом происходит копирование только того участка, который удовлетворяет заданным условиям, и только в том случае, если он присутствует в исследуемом образце.

Кроме простого увеличения числа копий ДНК (этот процесс называется амплификацией), ПЦР позволяет производить множество других манипуляций с генетическим материалом (введение мутаций, сращивание фрагментов ДНК), и широко используется в биологической и медицинской практике, например, для диагностики заболеваний (наследственных, инфекционных), для установления отцовства, для клонирования генов, введения мутаций, выделения новых генов.

Также, этим методом проводят диагностику вирусных инфекций. Чувствительность метода значительно превосходит таковую у иммунохомических и микробиологических методов, а принцип метода позволяет диагностировать наличие инфекций со значительной антигенной изменчивостью.

Специфичность ПЦР при использовании технологии PCR даже для всех вирусных, хламидийных, микоплазменных, уреаплазменных и большинства других бактериальных инфекций достигает 100%. Метод ПЦР позволяет выявлять даже единичные клетки бактерий или вирусов. ПЦР-диагностика обнаруживает наличие возбудителей инфекционных заболеваний в тех случаях, когда другими методами (иммунологическими, бактериологическими, микроскопическими) это сделать невозможно.

Особенно эффективен метод ПЦР для диагностики трудно культивируемых, некультивируемых и скрыто существующих форм микроорганизмов, с которыми часто приходится сталкиваться при латентных и хронических инфекциях, поскольку этот метод позволяет избежать сложностей, связанных с выращиванием таких микроорганизмов в лабораторных условиях.

Применение ПЦР-диагностики также очень эффективно в отношении возбудителей с высокой антигенной изменчивостью и внутриклеточных паразитов. Методом ПЦР возможно выявление возбудителей не только в клиническом материале, полученном от больного, но и в материале, получаемом из объектов внешней среды (вода, почва и т. д.).

В лаборатории проводятся исследования по идентификации компонентов генетически модифицированных организмов (ГМО) растительного происхождения в пищевых продуктах и продовольственном сырье, продуктах общественного питания, БАД, кормах и сырье.

Проведение лабораторных исследований по выявлению наличия ГМО в пищевой продукции, продовольственном сырье и других видах продукции призвано способствовать реализации права потребителя на получение полной и достоверной информации о происхождении и природе продуктов питания

Основой генетического анализа особей, пород и популяций является использование явления полиморфизма высокоинформативных генетических маркеров. Сначала как генетические маркеры использовались морфологические (фенотипические) признаки, однако развитие молекулярных методов исследований привело к появлению таких типов генетических маркеров как группы крови, полиморфные белки и ферменты, а также ДНК-маркеры. Последние широко используются при изучении изменений генетической структуры популяций и пород животных, при контроле происхождения, а также при обнаружении локусов, связанных с формированием хозяйственно-ценных признаков (QTL - Quantitative Trait Loci).

Наиболее широкое применение в контроле происхождения животных приобрел анализ микросателлитных последовательностей ДНК, известных как STR (short tandem repeats). STR локусы - это класс ДНК-маркеров, состоящих из тандемно повторяющихся последовательностей от двух до симы пар нуклеотидов в длину. Аллели локусов варьируют в зависимости от количества повторений данного мотива в данной последовательности. Определяют аллели микросателлитных локусов с помощью полимеразной цепной реакции (ПЦР) и электрофоретического распределения продуктов амплификации с автоматической лазерной детекцией за использование ДНК-анализаторов (секвенаторы). Благодаря высокому уровню полиморфизма (информативности) микросателлитных локусов и соответствия менделевской наследованию, с 2004 года Международным обществом по изучению генетики животных ISAG (International Society for Animal Genetics) микросателлиты было определено как единственные маркеры, которые необходимо использовать в контроле происхождения и индивидуальной идентификации животных, и рекомендуется лабораториям, занимающимся генетическим тестированием животных. Надежность проведения генетической экспертизы происхождения и уточнения отцовства в племенных животных в микросателлитный локусам ДНК достигает 99,9% и более.

Лаборатория оснащена ДНК-анализатором ABI PRISM 3500, который предназначен для автоматического секвенирования и фрагментарного анализа ДНК с высокой пропускной способностью. Прибор позволяет проводить многокомпонентного анализ и детекцию амплифицированных фрагментов ДНК в различном диапазоне размеров. Может использоваться для контроля происхождения (паспортизации) сельскохозяйственных животных (крупный рогатый скот, лошади, овцы, свиньи и др.) И растений на основе анализа полиморфизма микросателлитных локусов ДНК (согласно требованиям ISAG):

Читайте также: