Новый вирус ноябрь 2014

Оценка ситуации, 21 ноября 2014 г.

По состоянию на сегодняшний день (21 ноября) Мали официально уведомила об в общей сложности 6 случаях болезни, вызванной вирусом Эбола, все из них закончились смертельным исходом. Из этих 6 случаев 5 лабораторно подтверждены, а один остается возможным, поскольку для анализа не было образцов.

В это число входит девочка в возрасте 2 лет, которая первоначально завезла вирус в Мали и умерла от этой болезни 24 октября.

В результате интенсивного отслеживания и мониторинга многочисленных контактов этого ребенка, включая мониторинг многих из них в больничных условиях, не выявлено каких-либо дополнительных случаев. Все 118 контактов, включая родственников, в настоящее время прошли через 21-дневний инкубационный период, и симптомов у них не возникло.

Почти с полной уверенностью можно сказать, что вирус был повторно завезен в Мали 70-летним Великим Имамом из Гвинеи, который был госпитализирован в Клинику Пастера в Бамако 25 октября и скончался 27 октября. Этот пациент был реклассифицирован как гвинейский случай, поскольку симптомы у него возникли в этой стране. Образцов для анализа не было.

Все 5 случаев в этой новой вспышке связаны — 4 прямо и 1 косвенно — с пациентом в Клинике Пастера.

Первым стал 25-летний медбрат, который работал в клинике и был назначен оказывать помощь Имаму. Он был госпитализирован 8 ноября. Его случай был лабораторно подтвержден 11 ноября, и он скончался в тот же день.

Второй случай был подтвержден у врача, который работал в этой клинике и лечил Имама. Симптомы у него возникли 5 ноября, и он был госпитализирован 8 ноября. Лабораторное подтверждение было получено 12 ноября. Он скончался 20 ноября.

Остальные 3 случая произошли в одной семье. Имам посетил эту семью, когда прибыл в Бамако 25 октября, до госпитализации в Клинику Пастера. Отец этой семьи, 51 года, затем навестил Имама в Клинике Пастера. Симптомы у него проявились 7 ноября, и он скончался 10 ноября с неустановленным диагнозом. Он является единственным возможным случаем в стране.

У его жены, 57-ми лет, появились симптомы 29 октября. Она была госпитализирована в другую клинику 11 ноября, а затем переведена в больницу 12 ноября. Она скончалась в тот же день.

Третий случай заражения — сын этой женщины. Он обратился в еще одну клинику 5 ноября, не был госпитализирован и скончался дома 14 ноября. Инфицирование Эболой было лабораторно подтверждено у жены и сына.

В настоящее время предпринимаются активные усилия для выявления всех потенциальных цепочек передачи, мониторинга контактов, а также для пресечения дальнейшего роста вспышки. В настоящее время выявлено 327 контактов и 310 (90%) из них находятся под ежедневным наблюдением.

Как показывает успешный опыт в Сенегале и Нигерии, очень внимательное отслеживание контактов с целью обнаружения и пресечения любых цепочек передачи сразу же после завоза случая может сократить новые случаи до очень небольшого числа и содействовать быстрому прекращению вспышки.

Министерство здравоохранения при помощи странового бюро ВОЗ увеличило число сотрудников, занимающихся отслеживанием контактов, за счет привлечения специалистов из групп эпиднадзора по полиомиелиту и за счет использования местных студентов-медиков, прошедших подготовку по эпидемиологии.

Кроме того, ВОЗ направила 10 эпидемиологов через свою Глобальную сеть предупреждения о вспышках болезней и ответных действий (GOARN).

Страна также наращивает потенциал для скрининга на выезде в аэропорту города Бамако.

Имам был похоронен в его родной деревне Куремале, Гвинея, 28 октября. В настоящее время ведется расследование по этому событию. На похороны могли прийти тысячи людей. Некоторые из них прикасались к телу, поскольку это часть традиционной церемонии похорон. Отслеживается порядка 300 контактов.

Эксперты в Мали и в ВОЗ считают, что Мали по-прежнему будет подвергаться опасности дальнейшего завоза случаев до тех пор, пока продолжается трансграничная передача вируса.

Революция в эволюции

— Например, вирус Эбола и вирус Марбурга — на самом деле одна и та же геморрагическая лихорадка, — пояснил он. — Их возбудитель очень похож. И вдруг у Эболы смертность 86%, а у Марбурга — 35%. Понятно, что африканский континент отличается от Европы по экономическим факторам, но дело тут еще и в возможности заражать конкретные расы.

Геном вируса, который так поспешно опубликовали китайские ученые, по словам специалистов, не дает возможности быстро опознать внутри нуклеотидной последовательности вкрапления чужеродных компонентов.

Подозрения в нецелевом использовании генома отчасти подтверждаются и научной статьей 2015 года в журнале Nature. В ней обсуждается спроектированный коронавирус летучей мыши, который может инфицировать клетки человека. Материал был опубликован в Nature Medicine 19 ноября 2015 года. Причем в число 15 авторов вошли 13 американцев и двое китайских ученых из Уханьского института вирусологии, расположенного в городе, с которого и началось распространение по миру вируса 2019-nCoV.

— Если вирус вырвется, никто не сможет предсказать траекторию (распространения), — заявил тогда Саймон Уэйн-Хобсон, вирусолог из Института Пастера в Париже.

Вирусный конструктор

— Коронавирус вполне может быть избран в качестве объекта для создания идеальной конструкции для заражения, — объяснил российский специалист по генетике вирусов, также пожелавший остаться неизвестным. — Вирус респираторный, то есть эффективно распространяется (эффективнее только вирус кори). В его геноме большое количество генов, что удобно. Он очень неприятен особой комбинацией: патоген респираторный и бессимптомный на первых этапах. У него оттянутый инкубационный период. Это самая опасная комбинация, которая может быть.

Как объяснил специалист, коронавирус берет под контроль первые фазы инфекции. Он умеет подавлять иммунный ответ на первых стадиях. Когда количество копий переваливает за определенный уровень, иммунитет срабатывает, но уже в виде системного иммунного ответа. Этот ответ такой сильный, что приводит к поражению легких.

К моменту появления симптомов вирус находится уже почти во всех клетках организма. В итоге иммунная система дает столь сильный ответ, что в легких образуется отек, их жизненный объем сокращается до минимума, и заболевшие не могут дышать.

Однако пока четких указаний на то, что вирус был создан искусственно, нет ни у одного эксперта.

Природа знает как

— Действительно, судя по исследованиям, этот тип коронавируса эффективнее заражает именно жителей Китая. Однако вызывает большие сомнения то, что он создан искусственно. В природе и так слишком много естественных возбудителей этого заболевания, — считает специалист.

— Потенциально этническая избирательность для вирусов возможна и в природе, — объяснил он. — Например, если в процессе размножения вирус будет использовать клеточные структуры, которые есть только у представителей определенной расы. Так, было высказано предположение, что для входа в клетку вирус использует рецептор на ее поверхности и у людей монголоидной расы таких рецепторов в несколько раз больше, чем у представителей других народов. В таком случае шансов заразиться и более тяжело перенести болезнь у людей с такими особенностями гораздо больше.

Пока это можно считать вполне внятным объяснением, почему большинство заболевших — именно китайцы, заметил эксперт. Но, так или иначе, любая из теорий происхождения нового коронавируса вызывает у экспертов массу вопросов. Каждая из них требует подтверждений, и пока у ученых их нет.

China Daily via REUTERS

Медики лечат пациента с пневмонией, вызванной новым коронавирусом, в городе Ухань, 27 января, 2020 года

China Daily via REUTERS

С конца декабря мир столкнулся с эпидемией нового коронавируса, начавшейся в китайском городе Ухань. Сейчас заболевшие есть еще в 16 странах.

Подавляющее большинство заболевших приходится на город Ухань и провинцию Хубэй, центром которой он является.

Общее количество заболевших превысило 6000 человек, а умерших от пневмонии, которую вызывает новый коронавирус, — больше сотни.

НВ публикует перевод статьи Дэвида Кваммена для The New York Times о том, почему эпидемия нового коронавируса не была такой уж неожиданностью и почему она, скорее всего, не будет последней.

Не такой уж новый коронавирус

Возможно, эпидемия началась с летучей мыши в пещере, но выпустила ее человеческая деятельность.

Последний страшный новый вирус, который привлек внимание всего мира, стал причиной ограничения возможности передвижений для 56 млн человек в Китае, нарушил планы путешествий по всему земному шару и вызвал дефицит медицинских масок от города Ухань в провинции Хубэй до города Брайан в штате Техас.

В 2002—2003 годах в результате эпидемии атипичной пневмонии ( SARS) заболели 8 098 человек во всем мире, она убила 774 человека. Она была вызвана коронавирусом, так же, как и вспышка MERS, которая началась на Аравийском полуострове в 2012 году и продолжается до сих пор ( инфицировано 2494 человека и 858 умерли по состоянию на ноябрь).

Несмотря на название нового вируса, nCoV-2019 не так нов, как кажется, и это хорошо знают люди, которые дали ему это название.

Нечто похожее на nCoV-2019 нашла группа исследователей несколько лет назад в пещере в китайской провинции Юньнань, примерно в 1600 км к юго-западу от города Ухань. Уже тогда их беспокоило, что такой вирус существует. Быстрое распространение nCoV-2019 — более 4500 подтвержденных случаев, включая по меньшей мере 106 смертей, по состоянию на утро вторника, 28 января, — это поразительно, но не непредсказуемо. Происхождение вируса от летучей мыши, возможно, после прохождение через другое существо, может показаться жутким, но это не удивительно для ученых, которые изучают вирусы.

Одна из таких ученых Чжэн-Ли Ши из Уханьского института вирусологии, старший автор проекта документа, который дал название и описал nCoV-2019. Именно Ши и ее сотрудники еще в 2005 году показали, что возбудителем атипичной пневмонии является вирус летучей мыши, который попал в людей. С тех пор Ши и ее коллеги отслеживают коронавирусы у летучих мышей и предупреждают, что некоторые из них уникально подходят для того, чтобы вызвать пандемию среди людей.

В статье за 2017 год они рассказали, как после почти пяти лет сбора образцов фекалий летучих мышей в пещере Юньнань, они обнаружили коронавирусы у нескольких особей четырех разных видов летучих мышей, в том числе у так называемой подковоносой летучей мыши, названной так из-за кожно-хрящевого выроста на морде в виде пластинки, огибающей ноздри спереди и с боков.

По словам Ши и ее коллег, геном этого вируса на 96 процентов идентичен уханьскому вирусу, недавно обнаруженному у людей. И эта пара отлична от всех остальных известных коронавирусов, в том числе того, который вызывает атипичную пневмонию.

В этом смысле nCoV-2019 является новым и, возможно, даже более опасным для человека, чем другие коронавирусы. Однако фактически мы до сих пор не только не знаем, насколько он опасен, мы не можем этого знать.

Не первый и не последний случай

Вспышки новых вирусных заболеваний похожи на стальные шарики в автомате для игры в пинбол: вы можете бить по автомату руками, раскачивать машину на ножках и целиться шариками в дрожащие окружности, но то, где они упадут, зависит от 11 уровней шансов в такой же степени, как и от всего, что вы делаете. Это справедливо и для коронавирусов: они часто мутируют во время размножения и могут меняться так же быстро, как монстр из кошмаров.

Питер Дашак, президент EcoHealth Alliance, частной исследовательской организации, базирующейся в Нью-Йорке, которая занимается вопросами связи между здоровьем человека и дикой природой, является одним из давних партнеров Ши.

Дашак сказал мне, что во время этого второго исследования полевая группа взяла образцы крови у пары тысяч юньнаньцев, около 400 из которых жили возле пещеры. Примерно 3 процента из них имели антитела против коронавирусов, похожих на SARS.

Поэтому, когда вы закончите беспокоиться об этой вспышке, беспокойтесь о следующей. Или сделайте что-нибудь с условиями, которые могут ее вызвать.

Почему появляются новые вирусы

Среди таких условий — опасная торговля дикими животными и растениями, предназначенными для еды, с цепочками поставок, проходящими через Азию, Африку и, в меньшей степени, Соединенные Штаты и другие страны. Сейчас эта торговля в Китае временно объявлена незаконной, но ее объявляли незаконной и во время атипичной пневмонии, а затем разрешили возобновить — с летучими мышами, циветами, дикобразами, черепахами, бамбуковыми крысами, многими видами птиц и других животных, находящихся рядом на таких рынках, как в городе Ухань.

Эти условия также включают 7,6 миллиарда людей: некоторые из них нищие и отчаянно нуждаются в белке, некоторые богатые и расточительные и могут путешествовать куда угодно на самолете.

Эти факторы являются беспрецедентными на планете Земля: из летописи окаменелостей мы знаем из-за отсутствия доказательств, что ни одно крупное животное никогда не было столь многочисленным, как люди сейчас, не говоря уже о том, чтобы так эффективно распределять ресурсы. И одним из следствий этого изобилия, этой мощи и связанных с этим экологических нарушений является увеличение вирусного обмена — сначала от животного к человеку, затем от человека к человеку, иногда в масштабах пандемии.

Мы вторгаемся в тропические леса и другие дикие ландшафты, в которых обитает так много видов животных и растений, а внутри этих существ — так много неизвестных вирусов. Мы рубим деревья, мы убиваем животных или садим их в клетку и отправляем на рынки. Мы разрушаем экосистемы и стряхиваем вирусы с их естественных хозяев. Когда это происходит, им нужен новый хозяин. Часто им оказываемся мы.

Список таких вирусов, появляющихся у людей, звучит как мрачный барабанный бой: Мачупо, Боливия, 1961, Марбург, Германия, 1967, Эбола, Заир и Судан, 1976, ВИЧ, обнаруженный в Нью-Йорке и Калифорнии, 1981, форма вируса Ханта ( сейчас известная как вирус Син Номбре), юго-запад США, 1993, вирус Хендра, Австралия, 1994, птичий грипп, Гонконг, 1997, вирус Нипах, Малайзия, 1998, вирус лихорадки Западного Нила, Нью-Йорк, 1999, SARS, Китай 2002−2003, MERS, Саудовская Аравия, 2012, снова Эбола, Западная Африка, 2014. И это только часть из них. Теперь появился nCoV-2019, последний удар по барабану.

Условия также включают чиновников, которые лгут и скрывают плохие новости, и выборных должностных лиц, которые хвастаются перед толпой вырубкой лесов для создания рабочих мест в лесной промышленности и сельском хозяйстве или сокращением бюджетов на здравоохранение и исследования.

Расстояние от города Ухань или Амазонки до Парижа, Торонто или Вашингтона невелико для некоторых вирусов, оно измеряется в часах, учитывая то, насколько хорошо они могут путешествовать в пассажирах самолета. И если вы считаете, что финансирование готовности к пандемии стоит дорого, подождите, пока не увидите окончательный ущерб от nCoV-2019.

К счастью, нынешние условия также включают выдающихся, преданных своему делу ученых и специалистов по реагированию на вспышки заболеваний — таких, как многие из Уханьского института вирусологии, EcoHealth Alliance, Центров США по контролю и профилактике заболеваний ( CDC), китайского Центра по контролю и профилактике заболеваний и множества других учреждений. Это люди, которые идут в пещеры с летучими мышами, болота и лаборатории с высоким уровнем безопасности, часто рискуя своими жизнями, чтобы достать фекалии летучих мышей, кровь и другие ценные доказательства, чтобы изучать геномные последовательности и отвечать на ключевые вопросы.

Пока число случаев заражения nCoV-2019 увеличивается, так же, как и число смертей от него, один показатель, коэффициент летальности, до сих пор оставался довольно устойчивым: около или ниже 3%.

Ученые из пяти американских, швейцарских и китайских институтов еще в 2015 году создали искусственный коронавирус, который приводит к тяжелому острому респираторному синдрому (SARS). На данном этапе нет никаких доказательств, что он мог стать причиной пандемии COVID-19. Однако еще тогда ученый мир с опасением отнесся к исследованиям, которые ничего, кроме нового опасного вируса, по сути, не дали.

Иллюстрация: ncbi.nlm.nih.gov.

Что получили ученые, так это доказательство того, что химерный вирус может заразить человеческие клетки. Мыши не погибли от инфекции, отмечает издание Nature. Однако это не совсем так. Тех мышей, которые потеряли более 30% веса или едва ли выздоровели бы, просто умертвили. В исследованиях говорится, что мыши подверглись эвтаназии, а все опыты с ними проходили непосредственно в Университете Северной Каролины в Чапел-Хилл.

Насколько вирус оказался опасным, можно судить по тому, что ученые выяснили: в мире не было ни профилактических, ни иммунотерапевтических средств для защиты от инфицирования.

Иллюстрация: ncbi.nlm.nih.gov.

По данным генбанка NCBI, вирус SHC014 получили с помощью ректального мазка у подковоносых летучих мышей в 2011 году в южной провинции Китая Юньнань. Среди исследователей были как ученые из лаборатории специальных патогенов и биобезопасности Уханьского института вирологии, так и американской неправительственной организацией EcoHealth Alliance из Нью-Йорка.

Иллюстрация: ncbi.nlm.nih.gov.

После публикации исследования участвовавшие специалисты заявили, что их подозрения о том, что коронавирусы летучих мышей могут прямо передаваться человеку, усилились. На что другие ученые, как сообщило научное издание Nature, задали вопрос, а оправдывает ли работа тот потенциальный риск, который она создала? Вирусолог парижского Института Пастера Симон Вейн-Хобсон заметил, что исследователи создали новый вирус, который очень хорошо развивается в человеческих клетках:

С опасениями французского вирусолога согласился и молекулярный биолог и эксперт по биозащите из американского Университета Рутгерса Ричард Ибрайт.

Президент EcoHealth Alliance Питер Дашак при этом признал, что создание гибридных вирусов мало что дало для понимания опасности природных вирусов для человека, но, по его мнению, важность состоит в том, что теперь более ясно, чем должны заниматься ученые в первую очередь. Издание Nature уточнило, что Питер Дашак собирался и дальше проводить исследования, чтобы получить больше данных, связанных с влиянием коронавируса на человека.

Самым вероятным носителем коронавируса COVID-19 считается летучая мышь RaTG13. Совпадает 96% процентов генома, по данным Уханьского института. В Ухане геном RaTG13, по данным генбанка NCBI, находится с 2013 года, когда его получили из анализов летучей мыши.

Иллюстрация: ncbi.nlm.nih.gov.

При этом китайские ученые полагают, что носителем нового коронавируса могут быть не только летучие мыши. Так, ученые лаборатории по сохранению и использованию биоресурсов Юньнаньского университета опубликовали в конце марта в CellPress работу, в которой сообщают, что нашли в мертвых малайских панголинах геномные и эволюционные свидетельства совпадений с SARS-CoV-2, который является причиной COVID-19. Геномы совпадают на 91%, а белок S1 более тесно связан с SARS-CoV-2, чем у летучих мышей RaTG13.

Другими словами, источник новой пандемии пока не обнаружен и сбрасывать со счетов все версии, увы, рано.

COVID-19 не создали в пробирке, но вирусологи прямо говорили о риске эпидемии после мутации вируса

SARS-CoV-2 под микроскопом. Фото: Reuters

На прошлой неделе остроумнейший Леонид Каганов обнародовал на своем сайте умеренно-конспирологическую версию об искусственном происхождении COVID-19.

Краткое изложение версии Каганова: в 2015 году в Nature появилась статья знаменитого американского вирусолога Ральфа Берика и его коллеги из Уханьского института вирусологии Ши Чженьли-ли. В статье говорилось, что ученые из Северной Каролины и Уханя взяли неопасный для человека коронавирус китайской летучей мыши SHC014 (его поверхностный белок), скрестили его с опасным SARS и получили новый опасный для человека вирус. Они именно собрали, - физически, в пробирке, - опасный для человека коронавирус.

Как раз в это время американское правительство запретило подобные опыты, и работу заканчивали в Ухане. Д-р Ши и в дальнейшем занималась вирусами летучих мышей-подковоносов и, в частности, в 2017 году сообщила, что нашла в популяции этих мышей в пещере в Юннани все мутации, необходимые для возникновения человеческой эпидемии. Она же — в декабре 2019 года — и поставила в Ухане первый диагноз новой инфекции.

Вывод Каганова: упустили, сволочи.

Для голливудского сценария версия Каганова выглядит в самый раз, но профессиональные биологи отнеслись к ней со скептицизмом.

Не будучи, как и Каганов, биологом (и будучи, как и он, писателем-фантастом) я могла бы сослаться на свеженькую, — от 17 марта 2020 — статью в том же Nature о естественном происхождении COVID-19, или на более популярный (как ему кажется) текст, который написал Александр Панчин, старший научный сотрудник в институте Михаила Гельфанда.

«Конечно, забавно, что некоторых конспирологов удивляет даже тот факт, что вирусологи, целенаправленно изучающие коронавирусы, из крупнейшего центра, изучающего коронавирусы, открыли новый коронавирус.

Но я для вящей простоты сошлюсь на объяснение моего доброго знакомого Константина Чумакова, — одного из многих российских биологов, который уехал в США и сделал там прекрасную научную и административную карьеру, став заместителем директора отдела по разработке и исследованию вакцин в FDA (Управлении по саннадзору при Минздраве США).

Всякий кусок ДНК или РНК — это, грубо говоря, текст. Мы еще не умеем править этот текст побуквенно. Когда мы занимается генным редактированием, мы просто вставляем в эту ДНК (или РНК — в случае вируса) кусок из другого ДНК.

Иначе говоря — SARS-CoV2 появился в результате эволюции за счёт постепенного накопления мутаций, и мы знаем его предшественника, — этот тот самый вирус летучих мышей. И это ровно то, о чем предупреждали авторы вышеупомянутых исследований и в 2015, и в 2017 году.

Почему это важно

Читайте также: