Клещевой энцефалит сибирского подтипа
Новосибирские ученые открыли “новый” вариант вируса клещевого энцефалита. И, по мнению биологов, он – древнейший среди известных штаммов этого вируса. Стоит ли человечеству бояться “нового” варианта? Региональный корреспондент “Вестей FM” Оксана Избышева спросила об этом одного из ученых, открывших штамм.
Существует 3 подтипа вируса клещевого энцефалита: дальневосточный, европейский и сибирский. Последний и открыли ученые. И как говорит один из них, кандидат биологических наук Сергей Ткачев, именно сибирский подтип – самый распространенный в России. Однако вакцина, которой сейчас пользуются врачи, разработана на основе дальневосточного и европейского подтипов.
ТКАЧЕВ: Она создана на основе того штамма, который был открыт еще в 1937 году, и фактически ее сейчас пытаются сделать более “очищенной”, более эффективной, но по факту остался тот же самый штамм, который был открыт давно. Но в целом выглядит так, что эти вакцины способны защищать от субтипов вируса.
Клещевой энцефалит – одно из самых опасных заболеваний. Вирус поражает головной мозг, вызывая необратимые неврологические изменения. Может и убить. Только в Новосибирской области в 2016 от клещевого энцефалита умерли 3 человека. В прошлом году смертей не зарегистрировано, но количество как покусанных, так и заболевших растет: если в 2016 к врачам обратились 15 000 сибиряков, то в 2017 – уже 22 000. Если 2 года назад диагноз “энцефалит” подтвердился у 87 человек, то в прошлом году – уже у 135.
Санитарные врачи могут предложить только одну меру борьбы – обработку парков и скверов – клещи, как известно, живут в траве и на кустарниках. Но, по словам кандидата биологических наук Сергея Ткачева, это малоэффективно. В следующем сезоне на зачищенной территории появится еще больше клещей. Теоретически можно избавить человечество от клещевого энцефалита. Были когда-то такие проекты. К счастью, как говорит кандидат биологических наук Сергей Ткачев, люди вовремя одумались. Клещи – всего лишь переносчики вируса, а носителями являются мелкие млекопитающие.
ТКАЧЕВ: Таким образом, чтобы изничтожить вирус клещевого энцефалита, нужно уничтожить и клещей, и этих всех мелких млекопитающих, и это будет иметь просто катастрофические последствия для экологии. Человеку очень не повезло оказаться той тупиковой ветвью, у которой вирус вызывает заболевание, потому что в природе млекопитающие данным видом не болеют, то есть они являются носителями, но им не заболевают.
Защитят ли вакцины, которыми сейчас прививают детей и взрослых, от нового варианта вируса – на этот вопрос младший сотрудник Института химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН Сергей Ткачев отвечает с осторожностью.
ТКАЧЕВ: Учитывая, что его геном отличается от тех, которые мы исследовали ранее, может вполне оказаться, что современные системы варианты вируса могут и не выявить.
На данный момент “обской” вариант вируса клещевого энцефалита обнаружен на территории Новосибирской и Кемеровской областей. Ученые говорят, что он – самый древний из известных – эволюционирует 1500 лет. Биологи считают его слабопатогенным, по крайней мере опыты на мышах показали, что “новый” вирус обладает слабой способностью проникать в мозг. Впрочем, воздействие на человека пока не изучено. Поэтому ученым предстоит детально обследовать “новый” вариант вируса клещевого энцефалита.
Привиться не поздно: в Роспотребнадзоре посоветовали сделать вакцинироваться от энцефалита. Из-за аномально теплой зимы клещи проснулись раньше обычного: опасный период вместо 6 месяцев в этом году может растянуться на 8. Укус может обойтись без последствий. А может стать смертельным – членистоногие переносят такие опасные заболевания, как энцефалит и боррелиоз.
Сезон активности клещей в этом году может продлиться 8 месяцев вместо обычных 6. И всё из-за аномально теплой зимы. В центре эпидемиологии Роспотребнадзора рассказали, что погода сдвинула опасный сезон на более ранний срок. Почему же клещам не спится? С комментариями для "Вестей FM" - заведующий лабораторией защиты леса от инвазивных и карантинных организмов Всероссийского научно-исследовательского института лесоводства и механизации лесного хозяйства Юрий Гниненко.
Роспотребнадзор предупреждает: аномально высокие температуры могут спровоцировать нападения клещей уже в январе и феврале, особенно в средней полосе России. Специалисты заверяют, что массовых атак этих членистоногих не предвидится. Но помнить о правилах безопасности, гуляя в лесопарковых зонах, стоит.
В России попробуют генетически отредактировать клещей, чтобы паукообразные не могли заражать людей энцефалитом или перестали размножаться вовсе.
Красноярцев атакуют клещи
В Красноярске зафиксирована вторая смерть от укуса энцефалитного клеща. В местной больнице скончался мужчина. Его родные уверяют, что в медучреждении не было нужного лекарства. В региональном Минздраве заявили, что пациент поступил в тяжелом состоянии, врачи предпринимали все необходимые действия для оказания ему помощи.
Если после укуса клеща поднялась температура, нужно срочно идти к врачу
В Подмосковье несколько человек заразились энцефалитом, возбудитель которого находился в сыром козьем молоке. Об этом сообщили в Роспотребнадзоре. Все заболевшие – члены одной семьи.
Аннотация научной статьи по биологическим наукам, автор научной работы — Карань Л. С., Погодина В. В., Фролова Т. В., Платонов А. Е.
Исследованы 40 штаммов вируса клещевого энцефалита , относящиеся к сибирскому генотипу . Анализ нуклеотидной последовательности участка гена Е длиной 211 н.п. показал формирование двух кластеров. Один из них объединяет штаммы восточноевропейского топоварианта (ВЕ), другой — азиатского (А). В 234-м аминокислотном положении гена Е у 17 из 20 исследованных штаммов ВЕ топоварианта находится гистидин (H), у остальных трех — глутамин (Q) или тирозин (Y). Среди 20 штаммов азиатского топоварианта у 13 в позиции 234 присутствует гистидин (H), у 7 — глутамин (Q).
Похожие темы научных работ по биологическим наукам , автор научной работы — Карань Л. С., Погодина В. В., Фролова Т. В., Платонов А. Е.
Genetic diversity of East European and Asian strains of tick-borne encephalitis virus belonging to Siberian genotype
We have studied 40 strains of tick-borne encephalitis virus attributed to Siberian genotype . The fragment of E gene (211 nt) has been sequenced for all strains. Futher analysis has evidenced the formation of two clusters. One of them includes the strains of East European (EE) origin, the other comprises the strains of Asian origin (A). 17 of 20 East European strains have histidin (H) in amino acid position 234 of gene E, the remaining 3 have either glutamine (Q) or tyrosine (Y). 13 Asian strains have histidine and 7 Asian strains have glutamine in amino acid position 234.
Генетические различия восточноевропейской и азиатской
популяций вируса клещевого энцефалита сибирского подтипа
1 "2 "2 1 Карань Л.С. , Погодина В.В. , Фролова Т.В. , Платонов А.Е.
Genetic diversity of East European and Asian strains of tick-borne encephalitis virus belonging to Siberian genotype
Karan L.S., Pogodina V. V., Frolova T. V., Platonov A. Ye.
1 Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, г. Москва
2 Институт полиомиелита и вирусных энцефалитов им. М.П. Чумакова РАМН, г. Москва
Исследованы 40 штаммов вируса клещевого энцефалита, относящиеся к сибирскому генотипу. Анализ нуклеотидной последовательности участка гена Е длиной 211 н.п. показал формирование двух кластеров. Один из них объединяет штаммы восточноевропейского топоварианта (ВЕ), другой — азиатского (А). В 234-м аминокислотном положении гена Е у 17 из 20 исследованных штаммов ВЕ топоварианта находится гистидин (H), у остальных трех — глутамин (Q) или тирозин (Y). Среди 20 штаммов азиатского топоварианта у 13 в позиции 234 присутствует гистидин (H), у 7 — глутамин (Q).
Ключевые слова: вирус клещевого энцефалита, сибирский генотип, восточноевропейская и азиатская популяции, се-квенирование.
We have studied 40 strains of tick-borne encephalitis virus attributed to Siberian genotype. The fragment of E gene (211 nt) has been sequenced for all strains. Futher analysis has evidenced the formation of two clusters. One of them includes the strains of East European (EE) origin, the other comprises the strains of Asian origin (A). 17 of 20 East European strains have histidin (H) in amino acid position 234 of gene E, the remaining 3 have either glutamine (Q) or tyrosine (Y). 13 Asian strains have histidine and 7 Asian strains have glutamine in amino acid position 234.
Key words: tick-borne encephalitis virus, Siberian genotype, East European and Asian populations, sequencing.
Введение очагах КЭ. Но при накоплении данных по разным гео-
графически удаленным друг от друга очагам, где вы-Вирус клещевого энцефалита (КЭ) имеет широкое является одинаковый генотип, можно внутри генотипа географическое р^простр^нж, а вызываемое им выявить подгруппы. Так, сибирский генотип вируса заболевание отличлегм п°лим°рфизм°м клини^ких клещевого энцефалита отличается от дальневосточно-форм. В °сн°вн°м это выражается в разн°м соотн°- го и европейского наличием аминокислоты лейцин (L) шении клинических синдр°мов остр°г° пери°да, а в позиции 206 гена Е. В позиции 234 гена Е штаммы также в различнот тяжести их течения, исходах остро- сибирского генотипа также имеют маркерные амино-
го першда, частоте развития прогредиентных форм кислоты: гистидин (Н) или глутамин (Q), что делит их
[3]. Кроме того, частота встречаемости различных на две подгруппы [1, 2].
форм клещевого энцефалита зависит от географиче- В данном исследовании были изучены штаммы и
ского расположения эпидемического °чага. изоляты сибирского генотипа вируса КЭ (ВКЭ) с ази-
Течение инфекционного процесса, безусловно, атской и восточноевропейской территории России с
определяется как состоянием макроорганизма, так и целью обнаружить факторы, способствующие этому
свойствами самого вируса, заложенными в его геноме. разделению или являющиеся его следствием. В настоящее время выделяют три основных генотипа
вируса клещевого энцефалита (дальневосточный, си- Материал и методы
бирский и европейский) и проводится большая работа В работе использована коллекция штаммов вируса
по изучению генотипов, циркулирующих в разных клещевого энцефалита, изолированных Н.Г. Бочковой,
Л.С. Левиной, Г.В. Маленко, А.Г. Трухиной, В.В. Погодиной, а также изоляты, полученные другими авторами [5, 6, 10]. Характеристика штаммов и их геноти-пирование описаны ранее [7—9]. Анализу нуклеотид-ной последовательности подвергали образцы вирусной РНК, изолированной непосредственно из клещей и аутоптатов [8].
Была определена нуклеотидная последовательность участка гена Е длиной 211 н.п., включающая области двух вышеуказанных маркерных аминокислот, 32 штаммов и 8 изолятов ВКЭ сибирского подтипа. В дальнейшем проводился анализ нуклеотидных и аминокислотных последовательностей в программе Mega 2.1.
В результате по маркерной аминокислоте в позиции 234 гена Е исследованные образцы ВКЭ разделились следующим образом: 30 имели в 234-й позиции гена Е гистидин (Н), 8 — глутамин (Q), а 2 вологодских штамма образовали новую, ранее не описанную подгруппу, содержащую в 234-й позиции гена Е тирозин (Y). При анализе таких характеристик изученных штаммов, как объект изоляции (при исследовании материала от больного учитывались форма и исход заболевания) и территория изоляции штамма, определенную закономерность для объединения штаммов по типу аминокислоты удалось установить только по географическому признаку.
Изученные штаммы и изоляты сибирского подтипа разделились на четыре подгруппы: две — для штаммов, выделенных на азиатской территории (азиатский топовариант), и две — для выделенных на восточноевропейской территории (восточноевропейский топовариант) (таблица).
ных острой формой КЭ с летальным исходом и хроническим КЭ и из клещей I. persulcatus.
4. Восточноевропейская подгруппа Y234—Vol: 2 вологодских штамма.
Распределение топовариантов сибирского генотипа в зависимо-
от аминокислоты в позиции 234 гена Е
Аминокислота в позиции 234 гена E Топоварианты Обозначение варианта Обозначение топо-варианта и прото-типный штамм
Таким образом, из 20 штаммов азиатской популяции гистидин выявлен у 13 штаммов (65%), а глутамин — у 7 (35%). А из 20 штаммов восточноевропейской популяции 17 имели гистидин (85%), 1 — глутамин (5%) и 2 штамма содержали тирозин (10%) в позиции 234 гена Е (рис. 1).
Рис. 1. Распределение изолятов ВКЭ в зависимости от аминокислоты в позиции 234 гена Е в двух вирусных популяциях: восточноевропейской (а) и азиатской (б) При построении дендрограммы на основе полученных авторами настоящей статьи нуклеотидных последовательностей образовались два кластера, один из которых представляет азиатский топовариант, другой — восточноевропейский. При этом необходимо отметить и некоторые исключения, характерные для обоих
Аннотация научной статьи по ветеринарным наукам, автор научной работы — Андаев Е. И., Беликов С. И., Кулакова Н. В., Борисова Т. И., Сидорова Е. А.
Похожие темы научных работ по ветеринарным наукам , автор научной работы — Андаев Е. И., Беликов С. И., Кулакова Н. В., Борисова Т. И., Сидорова Е. А.
Characterization of a Tick-Borne Encephalitis Virus of the Siberian Subtype Strain Isolated from a Patient with Chronic Disease
Характеристика штамма вируса клещевого энцефалита сибирского подтипа, изолированного от пациента с прогредиентным течением болезни
Е.И. Андаев1 (e.andaev@gmail.com), С.И. Беликов2 (sergeibelikov47@gmail.com), Н.В. Кулакова2 (ninkul@mail.ru), Т.И. Борисова1, Е.А. Сидорова1 (sidorovavirusolog@yandex.ru)
Вирулентность штамма для беспородных белых мышей массой 6 - 8 г составила при внутримозговом заражении 8,95 lg ЛД^/мл, при подкожном - 6,24 lgЛД5/мл, индекс инвазивности - 2,71. Титр вируса на пятые сутки культивирования составил 106,25 ЦПД5/мл. В культуре клеток СПЭВ под агаровым покрытием вирус образует бляшки размером от 2 до 3 мм на пятые сутки. Ключевые слова: вирус клещевого энцефалита, сибирский подтип вируса, прогредиентное течение болезни, полногеномное секвенирование
characterization of a Tick-Borne Encephalitis Virus of the Siberian Subtype Strain Isolated from a patient with chronic Disease
E.I. Andaev1 (e.andaev@gmail.com), S.I. Belikov2 (sergeibelikov47@gmail.com), N.V. Kulakova2 (ninkul@mail.ru), T.I. Borisova1, E.A. Sidorova1 (sidorovavirusolog@yandex.ru)
The strain virulence for outbred white mice in weight 6 - 8 g was 8.95 lg LD50/ml by intrabrain infection and 6.24 lg LD5/ml by subcutaneous injection, the invasiveness index was 2.71. A virus titer at the 5 day of cultivation was 106 25 CPE5/ml. The virus formed plaques in size from 2 to 3 mm at the 5 day in cell culture of a pig fetus kidney under agar covering. Key words: tick-borne encephalitis virus, siberian subtype, progredient course of a disease, whole genome sequencing
Введение спинного мозга, периферическую нервную систему.
Клещевой энцефалит (КЭ) - природно-очаго- Распространен в лесной и лесостепной умеренной
вая вирусная инфекция, поражающая централь- климатической зоне на большей части Евразийско-
ную нервную систему (ЦНС) - отделы головного и го континента и характеризуется весенне-летней
сезонной активностью. По современным представлениям, вирус КЭ (ВКЭ) включает три подтипа -дальневосточный, европейский и сибирский. Установлена преимущественная циркуляция каждого подтипа: дальневосточного - на Дальнем Востоке, европейского - в европейской части страны, в Центральной, Западной, Восточной и Северной Европе, сибирского - на Урале и в Сибири [1, 2].
Длительное время наиболее тяжелые поражения ЦНС с развитием очаговых форм и летальностью связывали с дальневосточным, а заболевания, которые отличаются доброкачественным течением и единичными очаговыми формами, - с европейским или сибирским подтипами вируса [3 - 5]. В последние годы изменилось представление о патогенно-сти сибирского подтипа ВКЭ в связи с его способностью вызывать очаговые летальные формы КЭ на европейской и азиатской территории России, а в отдельных случаях - у многократно вакцинированных пациентов [6]. Исходя из ведущего симптома, выделяют три основные клинические формы болезни: лихорадочную, менингеальную и очаговую менинго-энцефалитическую [7, 8]. Многие исследователи отмечают рост числа больных с лихорадочной формой при уменьшении числа менингеальных и очаговых форм болезни [8, 9]. С другой стороны, на Южном Урале в течение 11 лет наблюдается рост удельного веса тяжелых клинических форм КЭ, рост очаговых форм [9]. Несмотря на способность ВКЭ к перси-стенции в организме, чаще прогредиентное течение КЭ наблюдается у пациентов в Сибири и на Дальнем Востоке России [10, 11].
Цель настоящей работы - изучение биологических свойств и расшифровка полной нуклеотид-ной последовательности кодирующей области генома штамма вируса КЭ, выделенного от больного с прогредиентным течением КЭ.
Материалы и методы
Для изоляции ВКЭ использовали клинический материал - кровь от пациента С. с лихорадочной формой клещевого энцефалита с двухволновым течением, наблюдавшегося в Иркутской областной инфекционной клинической больнице.
Вирусологические исследования проведены в Иркутском научно-исследовательском противочумном институте Сибири и Дальнего Востока.
Для последующих пассажей и дальнейших вирусологических и молекулярно-биологических исследований использовали 10%-ную суспензию
головного мозга заболевших мышей и вируссо-держащую культуральную жидкость. Клетки СПЭВ заражали вируссодержащей культуральной жидкостью с целью выявления цитопатического действия (ЦПД) и идентификации ВКЭ в зараженных клетках методом непрямой иммунофлюоресценции (НМФА), ИФА и ОТ-ПЦР в соответствии с Инструкцией изготовителя.
Титр вируса в lg ЦПД50/мл расчитывали по методу Рида и Менча (1938).
Гемагглютинирующую активность вируса в культуральной жидкости исследовали в реакция гемаг-глютинации (РГА) с эритроцитами гуся при рН 6,2.
Нейровирулентность выделенного штамма вируса изучали титрованием на беспородных белых мышах массой 6 - 8 г при заражении в мозг и под кожу (0,03 и 0,25 мл соответственно), определяя величину в lg ЛД50/мл. Нейроинвазивность оценивали по индексу инвазивности - разнице титров в lg ЛД50/мл при внутримозговом и подкожном заражениях.
Иммунотипирование штаммов проводили в реакции диффузной преципитации в агаре (РДПА)
Анализ нуклеотидных последовательностей. Последовательность генома штамма Irkutsk-12 получена на основе выравнивания нуклеотидных фрагментов при сравнении с референтным штаммом Vasilchenko в программе BioEdit V.7.0.5.3 [12] и депонирована в международную базу данных GenBank с номером доступа JN003209.
Вторичные структуры нетранслируемых регионов и построены с помощью программы RNAfold [13].
Филогенетический анализ. Реконструкция филогенетических отношений проведена на основе анализа кодирующей части генома. Кроме штаммов вируса КЭ сибирского подтипа (номера доступа GenBank приведены на рисунке 1) для реконструкции филогенетических отношений анализировали штаммы европейского (с номерами доступа в GenBank: U27495, GU183379 - GU183381, GU183383, U39292, GQ266392, DQ401140, FJ572210, AM600965, NC001672, HM535610) и дальневосточного (AY182009, JF819648,
JN229223, JN003205, HQ901366, HQ901367, JF316707, JF316708, Еи816450 - Еи816455, HQ201303, НМ859894, НМ859895, AY169390, GQ228395, GU121642, FJ997899, FJ906622, FJ402285, FJ402286, АВ062064) подтипов. Расчет филогенетических отношений и построение деревьев проводили с помощью метода Байеса с применением модели GTR + G + I.
Реконструкцию филогенетических отношений проводили на основе кодирующих нуклеотидных последовательностей 53 геномов вируса КЭ, в качестве аутгруппы включали вирус омской геморрагической лихорадки (АВ507800). Для анализа оценивали 100 000 генераций тете (марковские цепи Монте-Карло).
Результаты и обсуждение
Из анамнеза установлено, что 16-летний юноша С. заболел 5 июля 2010 года. Предъявлял жалобы на умеренную слабость, высокую температуру 38 оС, боли в мышцах. С его слов, присасывание клеща произошло 30 июня 2010 года во время пребывания в спортивном лагере в Тункинской долине, расположенной на эндемичной по КЭ территории Республики Бурятия. Клеща удалил сам (клеща на зараженность вирусом КЭ не исследовали), против КЭ не вакцинирован, иммуноглобулин не вводили. С 5 по 9 июля отмечено повышение температуры до 38 оС и легкие катаральные явления. Лечение симптоматическое. С 26 июля наблюдалась вторая волна повышения температуры до 39 оС. На протяжении
Филогенетическое положение штамма Irkutsk-12. Байесовское дерево построено на основе анализа кодирующей части генома с применением модели GTR+G+I
Примечание: жирным шрифтом обозначены основные субтипы ВКЭ. Исследуемый в работе штамм выделен жирным шрифтом и подчеркиванием. В узлах указаны апостериорные вероятности в процентах. Шкала соответствует количеству нуклеотидных замен.
пяти дней предъявлял жалобы на головные боли в лобно-височной области, тошноту, повторную рвоту. После приема жаропонижающих препаратов и антибиотиков температура снизилась, головные боли уменьшились. В крови методом ИФА выявлены иммуноглобулины G и М (4 августа 2010 г.). С 5 по 10 августа 2010 года находился на лечении в Иркутской областной инфекционной клинической больнице. Диагноз: клещевой энцефалит, двухвол-новое течение, лихорадочная форма средней степени тяжести. По объективным данным, состояние средней тяжести, очаговые и менингеальные симптомы отсутствовали.
В конце ноября 2010 года клинический материал от больного поступил в институт для вирусологического исследования.
Вирус КЭ выделен из крови больного на 143-й день с момента начала заболевания путем вну-тримозгового заражения двухсуточных беспородных белых мышей. На 4-е сутки у мышей извлекли головной мозг и использовали для последующего заражения мышей и культуры клеток СПЭВ. На первом пассаже на 5-е сутки после заражения у мышей наблюдали парезы задних конечностей. При последующем пассаже инкубационный период сократился до трех-четырех суток. Вирулентность штамма для беспородных белых мышей массой 6 - 8 г составила при внутримозговом заражении 8,95 ^ ЛД50/мл, при подкожном - 6,24 ^ ЛД50/мл, индекс инвазивности - 2,71. Гибель животных наблюдали на 4 - 12-е сутки при внутримозговом заражении и на 5 - 13-е - при подкожном. Изолированный патогенный агент идентифицирован в ИФА, в реакции непрямой иммунофлюоресценции и ОТ-ПЦР как вирус КЭ и назван ^кШзк-^.
Заражение культуры клеток СПЭВ на втором-третьем пассажных уровнях вызывало деструкцию клеточного монослоя. Титр вируса на 5-е сутки культивирования составил 106,25 ЦПД 50/мл. В НМФА на слайд-антигенах, приготовленных из зараженных клеток, с иммуноасцитической жидкостью к штамму Софьин в цитоплазме наблюдали яркое гранулярное свечение, характерное для антигенов ВКЭ.
В культуре клеток СПЭВ под агаровым покрытием вирус на 5-е сутки образовывал бляшки, размер которых варьировал от 2 до 3 мм.
Выделенный штамм агглютинировал эритроциты гуся при рН 6,2. Титр гемагглютинина в культу-ральной жидкости составил 1:32.
В результате анализа нуклеотидных последовательностей перекрывающихся фрагментов вирусного генома получена полноразмерная последовательность генома штамма, которая депонирована в базе данных GenBank с номером доступа JN003209. Размер генома составил 11 068 н.п. и незначительно превышал полноразмерную последовательность генома штамма Vasilchenko (L40361) длиной 10 927 н.п. Нетранслирующие регионы и фланкировали открытую рамку считывания полипротеина, а структура генома соответствовала структуре геномов других представителей ВКЭ. Сходство ну-клеотидных последовательностей кодирующих регионов штамма Irkutsk-12 со штаммом Vasilchenko составило 96,3%, тогда как сходство со штаммами Sofjin-HO (AB062064) и Neudoerfl (U27495) - 85,5 и 84,7% соответственно. Сходство НТР штаммов Irkutsk-12 и Vasilchenko составило 95,3%. В последовательности НТР было обнаружено шесть нуклеотидных замен по типу трансверсий.
Вторичная структура НТР для штаммов Irkutsk-12 и Vasilchenko была сходной. Структура
НТР штамма Irkutsk-12 была характерна для ВКЭ и содержала консервативные и вариабельный регионы. По сравнению со штаммом Vasilchenko штамм Irkutsk-12 содержал вставку длиной 183 н.п., локализующуюся в вариабельном регионе НТР. Ранее, в работе G. Wallner с соавт. [14], было показано, что структура НТР не зависит от таких параметров, как год изоляции, географическое и эволюционное происхождение штаммов и источник изоляции. Однако наибольшее сходство
НТР штамма Irkutsk-12 наблюдалось с географически и филогенетически близкими штаммами IR99 (Иркутская область) и Cht-22 (г. Чита), длина
НТР которых составила 730 н.п., а уровень гомологии нуклеотидных последовательностей - 94,2 - 98,9%.
Сравнение транслированных аминокислотных последовательностей штаммов позволило обнаружить 34 аминокислотных замены, по которым штамм Irkutsk-12 отличался от прототипного штамма Vasilchenko. Замены обнаружены во всех белках, кроме капсидного белка С (табл. 1).
Неконсервативные замены обнаружены в 14 сайтах. Наибольшее число мутаций отмечено в белке NS5, что, вероятно, связано с наибольшей протяженностью этого белка. Замены в белке Е, несущем главные антигенные детерминанты, локализованы на поверхности во II (позиции 81 и 279 относительно полипротеина штамма Vasilchenko) и III (позиция 349) доменах. Обнаруженные вариабельные сайты были распределены по всему полипротеину, за исключением белка С, однако функциональная роль отдельных мутаций остается неясной.
Филогенетический анализ байесовского дерева показал, что все штаммы формируют три отдельные клады, соответствующие европейскому, сибирскому и дальневосточному подтипам. Штамм Irkutsk-12 наиболее близко кластеризуется со
Сравнение транслированных аминокислотных последовательностей
Белки Позиция Штамм Vasilchenko Штамм Irkutsk-12
Полный текст:
Введение. Современные инактивированные культуральные вакцины против клещевого энцефалита (КЭ) при привитости не менее 70% населения, проживающего на территории природного очага КЭ, дают высокий эпидемиологический эффект. Не решенными являются вопросы упрощения громоздкой схемы вакцинации, оптимального числа ревакцинаций, защитного титра антител против сибирского подтипа вируса КЭ (ВКЭ) доминирующего на территории России.
Цель этой работы изучение состояния поствакцинального иммунитета у населения высокоэндемичной территории Зауралья.
Результаты. Иммунная прослойка среди вакцинированного населения 10 районов Курганской области, различающихся по эпидемиологической напряженности, составляет от 69,9 до 94,6%. Напряженность гуморального иммунитета варьировала по титрам IgG в ИФА от 1:100–1:200 до 1:3200 (редко 1:6400). Длительность и напряженность иммунитета зависит от кратности прививок и числа пропущенных отдаленных ревакцинаций. Сохранность и напряженность иммунитета с достоверностью Р = 95%, выше у лиц привитых 6–10 кратно сравнительно с группой привитых трехкратно. У лиц, имевших 4–8 ревакцинаций, иммунитет сохранялся в течение 15–19–36 лет при титре IgG не более 1:100. Изучена нейтрализующая активность сывороток вакцинированных лиц с титрами антител от 1:100 до 1:6400 в отношении сибирского подтипа ВКЭ. Определена степень защиты вакцинированного населения от доз вируса, встречающихся в индивидуальных клещах. От доз вируса наиболее часто встречающихся в клещах защищено 57% вакцинированного населения, а от дозы 105 – 8%. Предложены рекомендации, по тактике ревакцинации населения в зависимости от уровня иммунитета.
1. Романенко В. В., Анкудинова А. В., Килячина А. С. Эффективность программы массовой вакцинопрофилактики клещевого энцефалита в Свердловской области. Вестник Уральской государственной медицинской академии. 2010; 21;125–132.
2. Есюнина М. С. Современные тенденции заболеваемости клещевым вирусным энцефалитом в условиях различных тактик иммунизации и усовершенствование эпидемиологического надзора и контроля. Диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук. Екатеринбург; 2015.
3. Еженедельный эпидемиологический бюллетень. Вакцины против клещевого энцефалита: документы по позиции ВОЗ. 2011; 86: С. 241 – 256. 5. 4. Есюнина М.С., Романенко В.В., Килячина А.С. Длительность сохранения постпрививочного иммунитета к вирусу клещевого энцефалита после ревакцинации. Ж. Медицинская вирусология. 2015; 29 (2): 132.
4. Лучинина С. В., Степанова О. Н., Погодина В. В., Стенько Е. А., Чиркова Г. Г., Герасимов С. Г. и др. Современная эпидемиологическая ситуация по клещевому вирусному энцефалиту в Челябинской области. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2014; 2 (75): 32–37.
6. Леонова Г. Н. Вакцинопрофилактика клещевого энцефалита в прошлом, настоящем и будущем. Бюллетень СО РАМН. 2011;31(4). 79–85.
7. Лучинина С.В. Особенности иммунитета к вирусу клещевого энцефалита у населения в природном очаге на Южном Урале. Диссертация на соискание ученой степени кандидата медицинских наук. Челябинск; 2015.
8. Лучинина С. В., Семенова А. И., Степанова О. Н., Погодина В. В., Герасимов С.Г., Щербинина М.С. и др. Вакцинопрофилактика клещевого энцефалита в Челябинской области: масштабы вакцинации, популяционный иммунитет, анализ случаев заболевания привитых. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2016; 1 (86): 66–76.
12. Колясникова Н. М. Мониторинг структуры популяции вируса клещевого энцефалита в Уральском, Западно-Сибирском и Северо-Западном регионах России (вирусологические и молекулярно-биологические исследования): Дис. . канд. мед. наук. Москва; 2008..
13. Эпидемиологическая ситуация и прогноз заболеваемости клещевым вирусным энцефалитом в Российской Федерации на 2012 год. Доступно на: 77.rospotrebnadzor.ru›index.php/san-epid/52-infec.
14. Погодина В. В., Левина Л. С., Скрынник С. М., Травина Н. С., Карань Л. С., Колясникова Н. М. и др. Клещевой энцефалит с молниеносным течением и летальным исходом у многократно вакцинированного пациента. Вопросы вирусологии. 2013; 58 (2): 33 – 37.
15. Закс Л. Статистическое оценивание. Москва: Статистика. 1976: 598.
16. Лисенков А. Н. Математические методы планирования многофакторных медико-биологических экспериментов. Москва. Медицина; 1979.
17. Ашмарин И. П., Воробьев А. А.. Статистические методы в микробиологических исследованиях. Медгиз. Ленинград; 1962.
18. Килячина А. С. Изучение эффективности массовой вакцинации населения против клещевого энцефалита вакцинами III поколения. Автореф. дисс к.м.н., Москва; 2008.
19. Щербинина, М.С. Герасимов С.Г., Погодина В.В.. Персистенция антител к вирусу клещевого энцефалита (ВКЭ) у вакцинированного населения эндемичной территории. Материалы конференции, посвященной 60-летнему юбилею основания Института полиомиелита и вирусных энцефалитов имени М.П. Чумакова. Медицинская вирусология. 2015; 29 (2): 92.
20. Медуницин Н. В. Коррекция развития иммунитета при вакцинации. Биопрепараты. 2010; 1 (37);18–24.
21. Медуницин Н. В., Миронов А. Н. Вакцины. Новые способы повышения эффективности и безопасности вакцин. 2012; S1: 43–51.
22. Хайнц Ф., Хольцманн Х., Эссл А., Кундт М. Анализ эффективности вакцинации населения природных очагов Австрии против клещевого энцефалита. Вопросы вирусологии. 2008; 53 (2):19–27.
23. Щучинова Л. Д., Щучинов Л. В, Злобин В. И. Анализ факторов, оказывающих влияние на эффективность вакцинации против клещевого энцефалита. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2016; 2 (87): 72–75.
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.
Читайте также:
