Что такое молекулярная инфекция

Что такое молекулярно-генетическая диагностика

Итак, молекулярно-генетическая диагностика — сравнительно новый метод обследования организма, позволяющий точно и быстро выявить вирусы и инфекции, мутации генов, вызывающих патологию, оценить риски наследственных и иных заболеваний. И это далеко не полный спектр возможностей исследования ДНК.

Важнейшим достоинством молекулярно-генетической диагностики является минимальная степень медицинского вмешательства, поскольку исследование проводят in vitro. Метод успешно применяют даже для диагностики заболеваний у эмбрионов, а также у ослабленных и тяжелобольных пациентов. Самый распространенный материал для исследования — кровь из вены, однако возможно выделение ДНК/РНК из других жидкостей и тканей: слюны, соскоба слизистой рта, выделений из половых органов, околоплодной жидкости, волос, ногтей и т.д.

Молекулярная диагностика — значительный шаг к персонализированной медицине, она позволяет учитывать все особенности конкретного пациента при обследовании и терапии.

Итак, исследование ДНК/РНК используется во многих разделах медицины. Давайте рассмотрим задачи и области, в которых активно применяют молекулярную диагностику:

• Выявление существующих патологий. Например, к молекулярной диагностике прибегают в тех случаях, когда инфекционное или вирусное заболевание не может быть определено обычными методами. Она позволяет обнаружить болезнь даже на ранней стадии, когда внешних проявлений нет.
• Исследование аллергических реакций. Молекулярная диагностика успешно применяется для определения аллергии: в отличие от традиционных методов, она более точна и при этом безопасна для пациента, так как отсутствует непосредственный контакт с аллергеном.
• Индивидуальная оценка рисков развития наследственных заболеваний. Молекулярная диагностика помогает выявить у взрослых и детей опасность в будущем подвергнуться различным патологиям. Нужно отметить, что есть болезни, которые вызваны исключительно мутацией гена (моногенные) и те, которые обусловлены в том числе генетическими особенностями (мультифакторные). Информация о первых позволяет, к примеру, оценить риски передачи наследственных заболеваний от родителей к ребенку. Знание о предрасположенности к мультифакторной патологии необходимо еще и для профилактики болезней с помощью изменения образа жизни.
• Перинатальная медицина. Как уже было сказано, молекулярная диагностика способна дать информацию о состоянии здоровья и генетических предрасположенностях человека. Это относится и к эмбрионам: анализ ДНК еще не родившегося ребенка позволяет распознать синдромы Дауна, Эдвардса, Патау, Тернера, Клайнфельтера. Также молекулярная диагностика применяется в области вспомогательных репродуктивных технологий: она позволяет установить генетические причины бесплодия и невынашивания беременности.
• Фармакогенетика. Молекулярная диагностика объясняет, почему на некоторых действуют одни препараты, а на других — иные: все дело в генетических особенностях пациентов. Возможность определения эффективности веществ имеет особое значение при лечении тяжелых заболеваний, например, онкологических.
• Спортивная медицина. Настоящие чудеса исследования ДНК и РНК творят и в области оценки спортивных перспектив. Например, родители малышей могут узнать о том, какой вид занятий принесет ребенку наибольшую пользу для здоровья или позволит достичь спортивных результатов.

Итак, обращение к генетическим исследованиям актуально в тех случаях, когда пациент стремится получить сведения о состоянии своего организма. Обычно это необходимо в следующих ситуациях:

Отдельной группой стоит выделить исследования ДНК, которые проводят в связи с планированием или рождением ребенка. Чаще всего родители обращаются в лабораторию, чтобы:

• изучить свою генетическую совместимость, оценить риски наследственных заболеваний потомства;
• исследовать состояние плода, выявить синдромы и опасные патологии;
• диагностировать заболевания (и оценить риски) и аллергические реакции у малыша;
• определить, какие спортивные занятия, какое питание и образ жизни будут наиболее полезны для ребенка, а чего стоит избегать;
• установить отцовство или материнство.

Независимо от выбранного метода молекулярно-генетического исследования, оно будет включать в себя следующие этапы:

• взятие биоматериала. Как уже было сказано, чаще для исследования используют кровь пациента. Полученный материал маркируют и транспортируют в лабораторию;
• выделение ДНК/РНК;
• проведение исследований в соответствии с выбранным методом;
• изучение и интерпретацию результатов;
• выдачу заключения.

Цитогенетический анализ позволяет выявить наследственные заболевания, психические отклонения, врожденные пороки развития. Суть метода — в изучении хромосом с помощью специальных микроматриц, нанесенных на ДНК-чипы. Для этого из образца крови выделяют лимфоциты, которые затем помещают на 48–72 часа в питательную среду и по истечении этого времени исследуют. Назначают такой анализ нечасто, в основном для изучения причин бесплодия и невынашивания беременности, для уточнения диагноза у детей при подозрении на врожденные заболевания. Анализ очень точен, но достаточно трудоемок и длителен (результат можно получить лишь через 20–30 дней после сдачи).

Достоинство и в то же время недостаток метода — в его специфичности: цитогенетика может выявить лишь небольшое количество патологий (например, аутизм), однако делает это практически без погрешностей.

Полимеразная цепная реакция — метод, изобретенный в 1983 году, по сей день самый популярный и фундаментальный в молекулярной диагностике. Характеризуется высочайшей точностью и чувствительностью, а также скоростью проведения исследования. Молекулярная диагностика ДНК/РНК методом ПЦР позволяет выявить такие патологии, как ВИЧ, вирусные гепатиты, инфекции, передающиеся половым путем, туберкулез, боррелиоз, энцефалит и многие другие.

Для анализа выбирают участок ДНК и многократно дублируют его в лаборатории с помощью специальных веществ. Для диагностики подходит большой перечень биоматериалов: кровь, слюна, моча, выделения из половых органов, плевральная и спинномозговая жидкость, ткани плаценты и т.д.

В данном молекулярном методе объектом исследования становятся уникальные нуклеотидные соединения отдельно взятой хромосомы или ее участок. Для этого используются меченые флуоресцентными маркерами короткие ДНК-последовательности (зонды), которые позволяют выявить фрагменты с атипичными генами. Биоматериал для анализа может быть любой: кровь, костный мозг, плацента, ткани эмбриона, биопсия и т.д. Важно, чтобы образец был доставлен в лабораторию сразу после его изъятия.

Метод особенно активно используют в онкологии (например, для наблюдения за остаточными злокачественными клетками после химиотерапии), а также в пренатальной диагностике (для определения риска развития у плода врожденных пороков), гематологии. FISH-метод очень чувствителен и точен для выявления поврежденных фрагментов ДНК (погрешность около 0,5%), при этом достаточно быстр: результат придется ждать не более 72-х часов. Однако у него есть и недостатки: FISH еще более специфичен, чем микроматричный цитогенетический анализ, и может служить лишь для подтверждения или опровержения предполагаемого диагноза.

Этот метод похож на предыдущий — здесь так же используются меченные флуоресцентом последовательности ДНК. Однако эти зонды сначала выделяют из проб, полученных от пациента, и затем сравнивают с образцами, нанесенными на микрочипы. ДНК-микрочип представляет собой основание (стеклянное, пластиковое, гелевое), на которое может быть нанесено до нескольких тысяч микротестов длиной от 25 до 1000 нуклеотидов. Полученные после очистки биоматериала пробы (зонды) совмещают с микротестами на чипе и наблюдают за реакцией маркёров. Результаты исследования готовы через 4–6 дней после забора материала.

Для анализа используется любой биоматериал, из которого можно получить образец ДНК/РНК. Используют такой метод в онкологии и кардиологии (в том числе для изучения генетической предрасположенности), он точен и чувствителен, однако в России его применяют редко — в этом его главный минус.

Итак, молекулярная диагностика — неинвазивный и точный метод обследования организма с широким спектром применения в разных областях медицины. Если на Западе исследования ДНК/РНК уже распространены повсеместно, то в России подобную услугу предлагают далеко не все клиники.

Се­год­ня ме­ди­ци­на по­зво­ля­ет уже во вре­мя пла­ни­ро­ва­ния бе­ре­мен­нос­ти узнать о воз­мож­ных рис­ках для бу­ду­ще­го ма­лы­ша, по­это­му не по­жа­лей­те вре­ме­ни и средств — прой­ди­те ге­не­ти­чес­кое ис­сле­до­ва­ние еще до за­ча­тия ре­бен­ка или, если бе­ре­мен­ность ста­ла для вас сюр­п­ри­зом, во вре­мя вы­на­ши­ва­ния. Так вы смо­же­те из­бе­жать мно­жест­ва про­блем для се­бя и для ма­лы­ша в бу­ду­щем.

Сегодня можно, секвенировав разные штаммы вируса и построив его эволюционное дерево, только на основе этой информации оценить пути передачи инфекции и скорость ее распространения. О том, что такое молекулярная эпидемиология, и об особенностях эволюции вирусов, мы беседуем с зав. сектором молекулярной эволюции Института проблем передачи информации РАН, профессором Сколковского института науки и технологий Георгием Базыкиным.

Беседовала Надежда Маркина

Я эволюционный генетик. Пожалуй, самая фундаментальная задача, связанная с ВИЧ, которую нужно решать эволюционно-генетическими методами, она же и прикладная, — это изучение того, какие пути передачи инфекции преобладают в разных популяциях. Сейчас большая часть имеющихся на эту тему знаний получена как-то иначе, например, опросом при эпидемиологическом анамнезе. Оказывается, что молекулярно-генетические методы часто гораздо надежнее. Если у нас накоплена достаточно большая база секвенированных последовательностей, чтобы охарактеризовать штаммы вируса, например ВИЧ, которые циркулируют в конкретных группах пациентов, то получая штамм из нового пациента, мы можем установить, от какой группы он произошел и когда. Такие группы называются трансмиссионными кластерами, и знание их структуры необходимо для построения эпидемиологических моделей, без которых не понять ход эпидемии. Если мы не знаем, как передается вирус, то мы мало что можем сказать о том, как с ним бороться.

В разных группах передаются разные типы вируса?

Разные его варианты. Задачи современной молекулярной эпидемиологии оказываются близкими и знакомыми эволюционным биологам, потому что эволюционные биологи любят строить филогенетические деревья. Здесь задача ровно такая же. Строится филогенетическое дерево штаммов вируса из какого-нибудь региона, какие-то штаммы на нем оказываются близкими друг другу, а какие-то далекими. И если у нас есть информация о том, от каких пациентов взяты эти штаммы, то даже если для части других штаммов никакой информации нет или она неправильная, мы можем ее определять или уточнять. Скажем, мы видим, что исследуемый штамм вируса относится к близкородственным друг с другом вариантам, которые все получены, например, от потребителей внутривенных наркотиков. Тогда мы можем предположить, что и в данном случае путь заражения был таким же, и точнее оценить, какая доля новых заражений происходит этим путем.

То есть в группе потребителей внутривенных наркотиков в данном регионе циркулирует определенная группа вируса?

А есть же еще лекарственная устойчивость.

Да. Часть мутаций, дающих вирусу устойчивость к лекарству, возникает в каждом пациенте независимо в результате эволюции вируса внутри пациента. Но другая часть таких мутаций передается между пациентами, и филогенетический анализ позволяет понять пути их передачи.

Известно, что ВИЧ и грипп — быстро мутирующие вирусы. А почему?

Действительно, ВИЧ и вирус гриппа — это одни из самых быстро эволюционирующих объектов, которые мы вообще знаем. Прежде всего потому, что это РНК-содержащие вирусы. РНК — менее стабильная молекула, чем ДНК, и, главное, при ее копировании происходит больше ошибок. Это одновременно сила и слабость РНК-содержащих вирусов. С одной стороны, такая высокая скорость мутирования позволяет им быстро приспосабливаться к меняющимся условиям среды, например, к иммунитету хозяина. С другой стороны, у некоторых вирусов она находится на таком высоком уровне, что если ее повысить еще немного, то вирус просто не сможет производить при репликации достаточное количество жизнеспособного потомства, потому что будет накапливать слишком много вредных для себя мутаций. Так что вирусы живут, балансируя на краю пропасти, куда их толкает естественный отбор, но с этого края легко упасть.

Вероятно, для молекулярной эпидемиологии такие вирусы наиболее трудны?

Какие-то задачи становятся сложнее, какие-то, наоборот, проще. Если мы занимаемся более консервативным вирусом, то разные последовательности, взятые из разных пациентов, оказываются генетически идентичными, и мы просто не можем проделать ту работу, о которой я рассказывал. Так что в какой-то степени это даже удобно, когда вирус быстро накапливает изменения и по характеристикам штамма мы можем сказать, от кого шла передача. Такой подход использовался еще в 90-х годах в знаменитой истории, когда на основании эволюционного дерева ВИЧ было доказано, что несколько человек получили ВИЧ от зубного врача. С тех пор эволюционное дерево несколько раз использовалось в качестве доказательства в суде, когда необходимо было установить, кто кого заразил. Когда речь идет о чем-то более медленно эволюционирующем, то нам, как правило, приходится читать более длинные фрагменты генома, чтобы найти достаточное количество различий и проследить эпидемию.

Такой, наверное, наивный вопрос: если цель вируса — не убийство хозяина, а размножение, почему все же вирусы убивают?

Это совсем не наивный вопрос, а довольно глубокий. Ответа на него мы толком не знаем. Теория предсказывает, что те вирусы, которые давно сосуществуют со своим хозяином, должны наносить ему меньше вреда, и, в общем, примерно это мы и видим. У многих обезьян инфекция вирусом иммунодефицита, близкородственным ВИЧ, протекает практически бессимптомно и не приводит к СПИДу. Человек — это такой необычный вид, который за последние сотни лет вступил в разного рода взаимодействия с огромным количеством других биологических видов, создав новые возможности для самых разных патогенов. Если мы посмотрим, с чем были связаны самые грозные вспышки заболеваний, про которые мы слышали в последние годы в новостях, то это в основном будут вирусы, принесенные от других животных — от птиц, от свиней, от обезьян, от виверровых, от летучих мышей и т.д. Есть много способов для появления нового вируса в популяции человека. А наш вид сейчас хорошо перемешан, и раз оказавшись в какой-то географической точке, вирус может распространиться по земному шару довольно быстро. По молекулярной датировке получается, что момент перескока предка ВИЧ от обезьян к человеку — это первая треть ХХ века. Но до 80-х годов этот вирус был не описан и не известен ни в Европе, ни в Северной Америке. Значит, в течение как минимум 50 лет он где-то существовал, может быть, убивал целые африканские деревни, но не выплескивался за пределы Африки. Сейчас, возможно, он распространился бы по всему земному шару быстрее.

Верно ли, что вирус, переходя к другому хозяину, становится более опасным?

Давайте перейдем к вирусу гриппа. В вашей лаборатории вы строите модели для предсказания штаммов вируса гриппа будущего сезона. Поясните, пожалуйста, чем отличаются ваши модели от других, которые применяются в мире?

Вирус гриппа — это недооцененная проблема, он уносит гораздо больше жизней, чем принято считать. Большая часть смертей приходится на пожилых людей, у которых непосредственную причину смерти установить сложно. Но можно сравнить годы, когда эпидемия гриппа была более суровой и менее суровой, и посчитать, насколько больше погибает людей пожилого возраста в годы суровых эпидемий. Такая математическая модель показывает, что это сотни тысяч человек в год. То есть число жизней, уносимых обычным сезонным гриппом, колоссальное.

В отличие от ВИЧ, против вируса гриппа есть вакцина. Правда, она не на 100% эффективна, и эффективность ее зависит от соответствия штамма вируса, на котором основана вакцина, и штамма, циркулирующего в этот сезон. Чем лучше это соответствие, чем больше они сходны с точки зрения иммунной системы, тем эффективнее будет вакцина. Вообще, иммунитет к гриппу, по-видимому, пожизненный, поэтому, если бы не эволюция, мы бы болели гриппом один раз в жизни. Проблема в том, что мы каждый год или раз в несколько лет заражаемся новым штаммом вируса, которого наша иммунная система никогда раньше не видела.

Поскольку цикл приготовления вакцины занимает полгода, нужно за полгода решать, какой именно из кандидатных штаммов, которые есть в нашем распоряжении, закладывать в производимую вакцину. Появилась и все усиливается проблема, связанная с тем, что вирус продолжает эволюционировать в процессе культивирования для вакцины. Сейчас его в основном выращивают в куриных яйцах, и за это время он приспосабливается к выживанию в яйце и приобретает совсем не те мутации, которые делают его эффективным в качестве вакцинного штамма. По-видимому, сам вирус гриппа в человеческой популяции сегодня лучше адаптирован к человеку и менее похож на тот птичий грипп, от которого он когда-то произошел, поэтому отбор, связанный с адаптацией обратно к куриным яйцам, становится сильнее. И, вероятно, это одна из причин, из-за которых вакцины теряют эффективность.

Таким образом, задача заключается в том, как из всего разнообразия вирусов выбирать штамм, который закладывать в состав вакцины. Практически нам надо на полгода вперед, уже весной, предсказать штамм, который станет наиболее распространенным в осеннюю эпидемию.

Речь идет именно о выборе штамма из имеющихся, а не о предсказании, какие в нем произойдут изменения?

О выборе из имеющихся. Предсказывать процесс мутирования мы пока умеем очень плохо, хотя все надеются, что мы научимся этому в будущем. Пока что задача проще: мы имеем несколько конкурирующих вариантов вируса, и надо выбрать тот, частота которого сильнее всего вырастет между весной и осенью. И люди строят математические модели для этой цели.

Наш вклад в это вот какой. Мы раньше показали, что при эволюции вируса гриппа, особенно двух его поверхностных белков — гемагглютинина и нейраминидазы, которые участвуют во взаимодействии с иммунной системой хозяина, очень важны взаимодействия между аминокислотными позициями как внутри одного белка, так и в разных белках. То, какой аминокислотный вариант оптимален в одной позиции, зависит от того, какой вариант присутствует в настоящее время в другой позиции. Такие взаимодействия люди в основном не учитывают. Работа, которую мы ведем сейчас, направлена на то, чтобы смоделировать эти взаимодействия. И по предварительным результатам, пока не опубликованным, похоже, что такая модель оказывается более мощной, более качественно предсказывает будущий распространяющийся штамм, чем традиционная. Это работа Ксении Сафиной, аспирантки в моей группе в Сколтехе, совместно с Алексеем Неверовым из ЦНИИ эпидемиологии, в которой также участвуют и сотрудники других организаций.

Поясните, пожалуйста, что такое реассортация вируса гриппа?

События реассортации тоже можно предсказывать?

Все умеют неплохо предсказывать реассортации, которые происходят между далекими штаммами, а мы разработали модель , позволяющую выявлять реассортации с перемешиванием довольно близких друг к другу вирусных штаммов. И оказалось, что реассортаций происходит больше, чем мы думали. Между разными человеческими вирусными частицами время от времени происходит перемешивание, которое не очень заметно, потому что результат похож на обоих предков, а оба предка достаточно похожи друг на друга. Но тем не менее нам удалось такие маленькие реассортации найти, описать, и оказалось, что они провоцируют дальнейшую эволюцию. После того, как случается реассортация, вирус быстрее накапливает аминокислотные замены, чем до этого. Мы думаем, что связано это вот с чем. Представим себе, что происходит с вирусом с точки зрения одного вирусного сегмента. При реассортации он оказывается в совершенно новом генетическом окружении. Все функциональные связи, которые он имел с другими генами той же вирусной частицы, разрушены, и ему приходится накапливать новые адаптивные мутации, которые в каком-то смысле их починят. После реассортации мы наблюдали шлейф адаптивных замен.

Почему это важно? Когда мы это публиковали, всех очень интересовал вопрос, может ли птичий грипп H5N1 распространяться в человеческой популяции. Случаи инфицирования людей вирусом H5N1 были описаны, но в основном это прямое инфицирование от птиц, о передаче от человека к человеку известно практически не было. Поскольку этот вирус в человеке очень опасен, всех волновало, не приобретет ли он какие-то дополнительные мутации, которые позволят ему распространяться в человеческой популяции. А дальше две группы одновременно — Рона Фушье из Нидерландов и Йошихиро Каваоки из США — экспериментально, пассируя вирус на хорьках, пытались его заставить приобрести те мутации, которые бы его адаптировали к передаче между млекопитающими. И действительно, им удалось отобрать такую вирусную частицу, которая эффективно передавалась между хорьками. Она отличалась от штамма дикого типа вируса H5N1 — в одном эксперименте пятью мутациями, а в другом — реассортацией и четырьмя дополнительными мутациями. У них были серьезные проблемы с публикацией этой работы, потому что все боялись, что на основании этой информации можно сделать биологическое оружие, но в конце концов она была опубликована. А потом люди стали пытаться понять, насколько вероятно то, что естественный вирус сможет накопить эти изменения. Стали моделировать этот процесс и вычислять, с какой вероятностью могут случиться реассортация и последующие замены. Но наши результаты показали, что реассортация провоцирует последующие замены, так что возможно, моделирование без учета этого факта не совсем точно. Может быть, такие перескоки представляют собой бóльшую угрозу, чем можно представить из этих моделей.

И последний вопрос. Насколько реально, что человечество в будущем столкнется с еще не известными смертоносными вирусами?

Человечество непрерывно сталкивается с новыми вирусами. И в аварийных ситуациях, когда возникло что-то новое и надо понять, насколько оно опасно и как распространяется, молекулярная эпидемиология незаменима. Мы строим эволюционное дерево и, всего лишь глядя на это дерево, не имея никакой другой информации, можем оценить скорость распространения нового патогена. И это замечательно, потому что позволяет на основе одних только последовательностей сделать это раньше, чем будут собраны тем более обработаны эпидемиологические данные. Так, когда в 2009 году случилась всех напугавшая вспышка гриппа, буквально через несколько недель после того, как была описана первая последовательность, уже вышла статья в Science, где по анализу последовательностей оценили важнейший эпидемиологический показатель — скорость распространения вируса, сколько новых заражений приходится на одну инфекцию. Удивительно, что это можно делать, просто глядя на дерево и без какой бы то ни было дополнительной информации. Те же самые подходы использовались с вирусом Эболы.

Чтобы оценить опасность новой инфекции, молекулярная эпидемиология незаменима. Ну и к тому же она незаменима, когда требуется оценить пути ее передачи — географические или связанные с теми или иными социальными группами. Я думаю, что это направление будет активно развиваться, и надеюсь, что мы внесем вклад в его развитие в России.

Полный текст:

к.б.н., зав. лабораторией вирусологии и иммунологии ВИЧ-инфекции;

доцент кафедры иммунологии;

доцент кафедры клинической лабораторной диагностики,

научный сотрудник лаборатории молекулярной иммунологии и сероэпидемиологии,

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14

к.м.н., доцент кафедры инфекционных болезней, дерматовенерологии, ВИЧ/СПИД,

д.м.н., зав. кафедрой эпидемиологии,

д.м.н., зав. лабораторией детских вирусных инфекций,

д.м.н., профессор, зав. кафедрой инфекционных болезней, дерматовенерологии, ВИЧ/СПИД,

член-корреспондент РАН, д.м.н., профессор, зав. лабораторией молекулярной иммунологии и сероэпидемиологии;

зав. кафедрой иммунологии,

2. Мукомолов С.Л., Михайлов М.И. Применение иммуноглобулина против гепатита B для профилактики этой инфекции // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2014. № 1. С. 47–54. [Mukomolov S.L., Mikhailov M.I. Use of immunoglobulin against hepatitis B to prevent this infection. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni. Aktual’nye voprosy = Russian Journal of Epidemiology and Infectious Diseases. Topical issues. 2014, no. 1, pp. 47–54. (In Russ.)]

3. Мукомолов С.Л., Левакова И.А. Эпидемиологическая характеристика хронических вирусных гепатитов в Российской Федерации в 1999–2009 гг. // Инфекция и иммунитет. 2011. Т. 1, № 3. С. 255–262. [Mukomolov S.L., Levakova I.A. Epidemiological characteristics of chronic viral hepatitis in the Russian Federation in 1999–2009. Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2011, vol. 1, no. 3, pp. 255–262. doi:10.15789/2220-7619-2011-3-255-262 (In Russ.)]

4. Нечаев В.В., Мукомолов С.Л., Назаров В.Ю., Пожидаева Л.Н., Чахарьян В.В. Хронические вирусные гепатиты: прошлое, настоящее, будущее // Эпидемиология и инфекционные болезни. 2013. № 3. С. 4–10. [Nechaev V.V., Mukomolov S.L., Nazarov V.Yu., Pozhidaeva L.N., Chakhar’yan V.V. Chronic viral hepatitides: past, present, future. Epidemiologiya i infektsionnye bolezni = Russian Journal of Epidemiology and Infectious Diseases, 2013, vol. 3, pp. 4–10. (In Russ.)]

5. Ногойбаева К.А., Тобокалова С.Т., Касымбекова К.Т., Заирова Г.М. Динамика заболеваемости хроническим гепатитом В в форме моноинфекции и в сочетании с гепатитом D в Кыргызской Республике за период 2010–2012 гг. // Казанский медицинский журнал. 2014. T. 95, № 6. С. 921–924. [Nogoybaeva K.A., Tobokalova S.T., Kasymbekova K.T., Zairova G.M. Trends for incidence of chronic hepatitis B monoinfection and chronic hepatitis B+D co-infection in the Kyrgyz Republic for the period of 2010–2012. Kazanskii meditsinskii zhurnal = Kazan Medical Journal, 2014, vol. 95, no. 6, pp. 921–924. (In Russ.)]

6. Останкова Ю.В., Ногойбаева К.А., Семенов А.В., Тотолян Арег А. К вопросу о молекулярной эпидемиологии гепатита D в Кыргызстане // Медицинский академический журнал. 2015. Т. 15, № 2. С. 73–78. [Ostankova Yu.V., Nogoybaeva K.A., Semenov A.V., Totolian A.A. On molecular epidemiology of hepatitis D in Kyrgyzstan. Meditsinskii akademicheskii zhurnal = Medical Academic Journal, 2015, vol. 15, no. 2, pp. 73–78. (In Russ.)]

7. Семенов А.В. Распространенность серонегативного гепатита D среди пациентов с хроническим вирусным гепатитом B // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2012. № 6. С. 106–109. [Semenov A.V. Prevalence of seronegative hepatitis D among patients with chronic viral hepatitis B. Zhurnal mikrobiologii, epidemiologii i immunobiologii = Journal of Microbiology, Epidemiology and Immunobiology, 2012, no. 6, pp. 106–109. (In Russ.)]

8. Avazova D., Kurbanov F., Tanaka Y., Sugiyama M., Radchenko I., Ruziev D., Musabaev E., Mizokami M. Hepatitis B virus transmission pattern and vaccination efficiency in Uzbekistan. J. Med. Virol., 2008, vol. 80, no. 2, pp. 217–224. doi: 10.1002/jmv.21035

9. Bissinger A.L., Fehrle C., Werner C.R., Lauer U.M., Malek N.P., Berg C.P. Epidemiology and genotyping of patients with chronic hepatitis B: genotype shifting observed in patients from Central Europe. Pol. J. Microbiol., 2015, vol. 64, no. 1, pp. 15–21.

10. Brichler S., Lagathu G., Chekaraou M.A., Le Gal F., Edouard A., Dény P., Césaire R., Gordien E. African, amerindian and european hepatitis B virus strains circulate on the Caribbean Island of Martinique. J. Gen. Virol., 2013, vol. 94, no. 10, pp. 2318–2329. doi: 10.1099/vir.0.055459-0

11. Casey J.L., Brown T.L., Colan E.J., Wignall F.S., Gerin J.L. A genotype of hepatitis D virus that occurs in northern South America. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1993, vol. 90, no. 19, pp. 9016–9020.

12. Chien R.N., Chiu K.W., Chu C.M., Liaw Y.F. Acute hepatitis in HBsAg carriers: comparisons among clinical features due to HDV superinfection and other etiologies. Chinese J. Gastroenterol., 1991, vol. 8, pp. 8–12. doi: 10.1016/S0168-8278(02)00419-1

13. Chomczynski P., Sacchi N. The single-step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction: twenty-something years on. Nat. Protoc., 2006, vol. 1, no. 2, pp. 581–585. doi:10.1038/nprot.2006.83

14. Erhardt A., Blondin D., Hauck K., Sagir A., Kohnle T., Heintges T., Haussinger D. Response to interferon alfa is hepatitis B virus genotype dependent: genotype A is more sensitive to interferon than genotype D. Gut, 2005, vol. 54, pp. 1009–1013. doi: 10.1136/gut.2004.060327

15. Fattovich G., Giustina G., Christensen E., Pantalena M., Zagni I., Realdi G., Schalm S.W. Influence of hepatitis delta virus infection on morbidity and mortality in compensated cirrhosis type B. The European concerted action on viral hepatitis (Eurohep). Gut, 2000, vol. 46, no. 3, pp. 420–426. doi: 10.1136/gut.46.3.420

16. Fouad R., Abdo M., Gamal E.H., Sabry D., Atef M., Ahmed R., Zayed N. Influence of delta virus infection on the virologic status in Egyptian patients with chronic hepatitis B virus genotype D. J. Med. Virol., 2016, vol. 88, no. 5, pp. 837–842. doi: 10.1002/jmv.24412

17. François-Souquière S., Makuwa M., Bisvigou U., Kazanji M. Epidemiological and molecular features of hepatitis B and hepatitis delta virus transmission in a remote rural community in central Africa. Infect. Genet. Evol., 2015, vol. 39, pp. 12–21. doi: 10.1016/j.meegid.2015.12.021

18. Gheorghe L., Csiki I.E., Iacob S., Gheorghe C., Trifan A., Grigorescu M., Motoc A., Suceveanu A., Curescu M., Caruntu F., Sporea I., Brisc C., Rogoveanu I., Cerban R., Tugui L., Alexandrescu A. Hepatitis Delta virus infection in Romania: prevalence and risk factors. J. Gastrointestin. Liver Dis., 2015, vol. 24, no. 4, pp. 413–421. doi: 10.15403/jgld.2014.1121.244.dtv

19. Higgins D.G., Bleasby A.J., Fuchs R. CLUSTAL V: improved software for multiple sequence alignment. Comput. Appl. Biosci., 1992, vol. 8, no. 2, pp. 189–191.

20. Kato H., Ruzibakiev R., Yuldasheva N., Hegay T., Kurbanov F., Achundjanov B., Tuichiev L., Usuda S., Ueda R., Mizokami M. Hepatitis B virus genotypes in Uzbekistan and validity of two different systems for genotyping. J. Med. Virol., 2002, vol. 67, no. 4, pp. 477–483. doi: 10.1002/jmv.10126

21. Kawakami J., Kumar P.K., Suh Y.A., Nishikawa F., Kawakami K., Taira K., Ohtsuka E., Nishikawa S. Identification of important bases in a single-stranded region (SSrC) of the hepatitis delta (delta) virus ribozyme. Eur. J. Biochem., 1993, vol. 217, no. 1, pp. 29–36. doi: 10.1111/j.1432-1033.1993.tb18214.x

22. Khan A., Kurbanov F., Tanaka Y., Elkady A., Sugiyama M., Dustov A., Mizokami M. Epidemiological and clinical evaluation of hepatitis B, hepatitis C, and delta hepatitis viruses in Tajikistan. J. Med. Virol., 2008, vol. 80, no. 2, pp. 268–276. doi: 10.1002/jmv.21057

23. Khedive A., Sanei-Moghaddam I., Alavian S.M., Saberfar E., Norouzi M., Judaki M., Ghamari S., Jazayeri S.M. Hepatitis B virus surface antigen (HBsAg) mutations are rare but clustered in immune epitopes in chronic carriers from Sistan-Balouchestan Province, Iran. Arch. Iran Med., 2013, vol. 16, no. 7, pp. 385–389. doi: 013167/AIM.005

24. Mokdad A.A., Lopez A.D., Shahraz S., Lozano R., Mokdad A.H., Stanaway J., Murray C.J., Naghavi M. Liver cirrhosis mortality in 187 countries between 1980 and 2010: a systematic analysis. BMC Med., 2014, vol. 12, e:145. doi: 10.1186/s12916-014-0145-y.

25. Ozaras R., Inanc B.I., Yemisen M., Tabak F. Epidemiology of HBV subgenotypes D. Clin. Res. Hepatol. Gastroenterol., 2015, vol. 39, no. 1, pp. 28–37. doi: 10.1016/j.clinre.2014.06.005

26. Romeo R., Foglieni B., Casazza G., Spreafico M., Colombo M., Prati D. High serum levels of HDV RNA are predictors of cirrhosis and liver cancer in patients with chronic hepatitis delta. PLoS One, 2014, vol. 9, no. 3, e92062. doi: 10.1371/journal.pone.0092062

27. Romeo R., Perbellini R. Hepatitis delta virus: making the point from virus isolation up to 2014. World J. Hepatol., 2015, vol. 7, no. 22, pp. 2389–2395. doi: 10.4254/wjh.v7.i22.2389

28. Saitou N., Nei M. The neighbour-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol., 1987, vol. 4, no. 4, pp. 406–425.

29. Sambrook J., Fritsch E.F., Moniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual. 2nd ed. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989, 2230 p.

30. Stanojević B., Osiowy C., Schaefer S., Bojović K., Blagojević J., Nešić M., Yamashita S., Stamenković G. Molecular characterization and phylogenetic analysis of full-genome HBV subgenotype D3 sequences from Serbia. Infect. Genet. Evol., 2011, vol. 11, no. 6, pp. 1475–1480. doi: 10.1016/j.meegid.2011.05.004

31. Tallo T., Tefanova V., Priimagi L., Schmidt J., Katargina O., Michailov M., Mukomolov S., Magnius L., Norder H. D2: major subgenotype of hepatitis B virus in Russia and the Baltic region. J. Gen. Virol., 2008, vol. 89, no. 8, pp. 1829–1839. doi: 10.1099/vir.0.83660-0

32. Yuen M.F., Lai C.L. Hepatitis B virus genotypes: natural history and implications for treatment. Expert Rev. Gastroenterol. Hepatol., 2007, vol. 1, no. 2, pp. 321–328. doi: 10.1586/17474124.1.2.321

33. Zabransky T., Mravcik V., Talu A., Jasaitis E. Post-Soviet Central Asia: a summary of the drug situation. Int. J. Drug. Policy, 2014, vol. 25, no. 6, pp. 1186–1194. doi: 10.1016/j.drugpo.2014.05.004

34. Zehender G., Shkjezi R., Ebranati E., Gabanelli E., Abazaj Z., Tanzi E., Kraja D., Bino S., Ciccozzi M., Galli M. Reconstruction of the epidemic history of hepatitis B virus genotype D in Albania. Infect. Genet. Evol., 2012, vol. 12, no. 2, pp. 291–298. doi: 10.1016/j.meegid.2011.11.009

Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.