Субтипы вируса клещевого энцефалита

Полный текст:

1. Андаев Е.И., Сидорова Е.А., Борисова Т.И., Трухина А.Г., Карань Л.С., Погодина В.В., Туранов А.О., Адельшин Р.В., Нагибина О.А., Вершинин Е.А. Клещевой энцефалит в Забайкальском крае и молекулярно-биологическая характеристика возбудителя // Национальные приоритеты России. – 2011. – № 2 (5). – С. 148–149. Andaev EI, Sidorova EA, Borisova TI, Trukhina AG, Karan LS, Pogodina VV, Turanov AO, Adelshin RV, Nagibina OA, Vershinin EA. (2011). Tick-borne encephalitis in the Trans-Baikal region, and molecular- biological characteristics of the pathogen [Kleshchevoy entsefalit v Zabaykal’skom krae i molekulyarno-biologicheskaya kharakteristika vozbuditelya]. Natsional’nye prioritety Rossii, 2 (5), 148-149.

2. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Верхозина М.М., Козлова И.В., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Злобин В.И. Генетическая вариабельность и генотипирование вируса клещевого энцефалита с помощью дезоксиолигонуклеотидных зондов // Вопросы вирусологии. – 2009. – № 3. – С. 33–42. Demina TV, Dzhioev YuP, Verkhozina MM, Kozlova IV, Tkachev SE, Doroshchenko EK, Lisak OV, Zlobin VI. (2009). Genetic variability and genotyping of tick-borne encephalitis virus with desoxyoligonucleotide probes [Geneticheskaya variabel’nost’ i genotipirovanie virusa kleshchevogo entsefalita s pomoshch’yu dezoksioligonukleotidnykh zondov]. Voprosy virusologii, (3), 33-42.

3. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Верхозина М.М., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К., Лисак О.В., Парамонов А.И., Злобин В.И. Генотипы 4 и 5 вируса клещевого энцефалита: особенности структуры геномов и возможный сценарий их формирования // Вопросы вирусологии. – 2012. – № 4 (57). – С. 13–19. Demina TV, Dzhioev YuP, Kozlova IV, Verkhozina MM, Tkachev SE, Doroshchenko EK, Lisak OV, Paramonoa AI, Zlobin VI (2012). Genotypes 4 and 5 of tick-borne encephalitis virus: stryctural features of genomes and a possible scenario for their formation [Genotipy 4 i 5 virusa kleshchevogo entsefalita: osobennosti struktury genomov i vozmozhnyy stsenariy ikh formirovaniya]. Voprosy virusologii, 4 (57), 13-19.

4. Злобин В.И., Демина Т.В., Беликов С.И., Бутина Т.В., Горин О.З., Адельшин Р.В., Грачев М.А. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа гомологии фрагмента белка оболочки // Вопросы вирусологии. – 2001. – № 1. – С. 17–22. Zlobin VI, Demina TV, Belikov SI, Butina TV, Gorin OZ, Adelshin RV, Grachev MA. (2001). Genetic typing of TBEV strains in terms of homology analysis of an envelope proteins gene fragment [Geneticheskoe tipirovanie shtammov virusa kleshchevogo entsefalita na osnove analiza gomologii fragmenta belka obolochki]. Voprosy virusologii, (1), 17-22.

5. Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Козлова И.В. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита. – Иркутск: РИО ВСНЦ СО РАМН, 2003. – 272 с. Zlobin VI, Belikov SI, Dzhioev YuP, Demina TV, Kozlova IV. (2003). Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis [Molekulyarnaya epidemiologiya kleshchevogo entsefalita]. Irkutsk, 271 p.

6. Карань Л.С., Маленко Г.В., Бочкова Н.Г., Левина Л.С., Ливанова Г.П., Колясникова Н.М., Гамова Е.Г., Трухина А.Г., Злобин В.И., Верхозина М.М., Козлова И.В., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Погодина В.В. Применение молекулярно-генетических методик для изучения структуры штаммов вируса клещевого энцефалита // Бюл. СО РАМН. – 2007. – № 4. – С. 34–40. Karan LS, Malenko GV, Bochkova NG, Levina LS, Livanova GP, Kolyasnikova NM, Gamova EG, Trukhina AG, Zlobin VI, Verkhozina MM, Kozlova IV, Dzhioev YuP, Demina TV, Pogodina V.V. (2007). The use of molecular genetic techniques to study the structure of tick-borne encephalitis virus strains [Primenenie molekulyarno-geneticheskikh metodik dlya izucheniya struktury shtammov virusa kleshchevogo entsefalita]. Byul. SO RAMN, (4), 34-40.

7. Погодина В.В., Фролова М.П., Ерман Б.А. Хронический клещевой энцефалит. – Новосибирск: Наука, 1986. – 233 с. Pogodina VV, Frolova MP, Erman BA. (1986). Chronic tick-borne encephalitis [Khronicheskiy kleshchevoy entsefalit]. Novosibirsk, 233 p.

9. Dai X, Shang G, Lu S, Yang J, Xu J. (2018). A new subtype of eastern tick-borne encephalitis virus discovered in Qinghai-Tibet Plateau, China. Emerg Microbes Infect, 71-74.

10. Ecker M, Allison SL, Meixner T, Heinz FX. (1999) Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia. J Gen Virol, 80 (1), 179-185.

11. Grard G, Moureau G, Charrel RN, Lemasson JJ, Gonzalez JP, Gallian P, Gritsun TS, Holmes EC, Gould EA, de Lamballerie X. (2007). Genetic characterization of tick-borne flaviviruses: new insights into evolution, pathogenetic determinants and taxonomy. J Virology, 361, 80- 92.

12. Heinz FX, Collet MS, Purcell RH, Gould EA, Howard CR, Houghton RJ. (2000). Family Flaviviridae. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: 7 reports of the International committee of taxonomy of viruses. San Diego, 859-878.

13. Heinze DM, Gould EA, Forrester NL (2012). Revisiting the clinal concept of evolution and dispersal for the tick-borne flaviviruses by using phylogenetic and biogeographic analyses. J Virol, 86 (16), 8663-8671.

14. Herrington C., McGee J. (Ed.) (1999) Clinical molecular diagnostics: method. 558 p.

15. Khasnatinov MA, Danchinova GA, Unursaikhan U. (2009). Characterization of tick-borne encephalitis virus that caused the lethal meningoencephalitis human in Mongolia. Inter. Conference Zoonotic Infections Disease and Tourism. Ulaanbaatar, 88-93.

16. Kovalev SYu, Mukhacheva TA. (2017). Reconsidering the classification of tick-borne encephalitis virus within the Siberian subtype gives new insights into its evolutionary history. Infection, Genetics and Evolution, (55), 159-165.

17. Kozlova IV., Verkhozina MM, Demina TV, Dzhioev YuP, Tkachev SE, Karan LS, Doroshchenko EK, Lisak OV, Suntsova OV, Paramonov AI, Fedulina OO, Revozor AO, Zlobin VI. (2013). Genetic and biological properties of original TBEV strains group circulating in Eastern Siberia. Encephalitis. InTech. Croatia, 95-112.

18. Pletnev AG, Yamshikov VF, Blinov VM. (1990). Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus. Virology, (174), 250-263.

19. Tamura K, Peterson D, Peterson N, Stecher G, Nei M, Kumar S. (2011). MEGA5: Molecular evolutionary genetics analysis using maximum likelihood, evolutionary distance, and maximum parsimony methods. Molecular Biology and Evolution, 28 (10), 2731-2739.

Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.

Проведен анализ кодирующих последовательностей генома вируса клещевого энцефалита (ВКЭ), депонированных в международный банк данных (GenBank). При сопоставлении полипротеиновых структур 113 штаммов ВКЭ, изолированных из разных очагов Европы и Азии, выявлены генотипспецифические сочетания аминокислотных замен. Показано, что штаммы Buzuuchuk из Киргизии и 178–79 из России (Восточная Сибирь) имеют уникальные геномные структуры.

Ключевые слова: КЭ, ВКЭ, генотип, генетическая вариабельность, полипротеин, аминокислотные замены

We have conducted an analysis of encephalitis virus (TBEV) coding sequences that are available via international data bank (GenBank). Upon comparison of polyprotein structures of 113 TBEV strains from various sites from Europe and Asia we have detected combinations of aminoacid substitutions. It was shown that strains Buzuuchuk from Kyrgyzstan and 178–79 from Russia (Eastern Siberia) have unique genomic structures.

Keywords: TBE, TBEV, genotype, genetic variability, polyprotein, amino acid substitutions

Введение

Вирус клещевого энцефалита, передающийся через укусы иксодовых клещей, является причиной тяжелой нейроинфекции, поражающей население более чем 25 стран северной Евразии, включая большую часть территории России [5, 10]. С сентября 2012 года клещевой энцефалит (КЭ) включен в список заболеваний, подлежащих регистрации в Европейском Союзе [5].

Для понимания функционирования природных очагов КЭ, клинических особенностей заболевания, совершенствования средств диагностики, противоэпидемических и противоэпизоотических мероприятий необходим регулярный мониторинг его возбудителя, важной составляющей которого является анализ штаммов и изолятов вирусной РНК.

В соответствии с официально принятой классификацией, признано существование вида — вирус клещевого энцефалита (ВКЭ) и трех его представительных и эпидемически значимых субтипов: дальневосточного, сибирского и европейского. Эти подтипы вируса соответствуют трем одноименным генотипам [3]: 1 -(дальневосточный с прототипным штаммом Sofjin); 2 -(западный, штамм Neudoerfl) и 3 -(сибирский или , штамм Vasilchenko). Однако есть основания полагать, что официально признанная внутривидовая классификация ВКЭ не является окончательной. Так, одни исследователи считают, что следует различать не один, а три вида ВКЭ [1], а другие предлагают понизить до уровня подвида ВКЭ некоторые официально признанные виды вирусов из комплекса КЭ [6]. Кроме того, нами установлено наличие в природе и других генетических вариантов вируса (генотипы 4 и 5) [2, 3], что само по себе, и вне зависимости от того, какую роль они играют в эпидемиологии КЭ, указывает на необходимость пересмотра классификационной схемы ВКЭ.

Таким образом, изучение генетической вариабельности возбудителя диктуется не только напряженностью эпидемической ситуации в отношении КЭ и разнообразием его проявлений на разных территориях, но также противоречивостью предлагаемых классификационных схем и необходимостью уточнения таксономического статуса вируса КЭ.

Цель исследования

Цель представляемого исследования — оценка генетической вариабельности и выявление генотипспецифических маркеров ВКЭ на основе анализа материалов международной базы данных (GenBank).

Материалы и методы

Материалом для исследования послужили кодирующие полногеномные структуры, фрагменты генома штаммов и изолятов РНК вируса КЭ, депонированные в GenBank по состоянию на сентябрь 2014 года, а также полногеномные структуры вируса ОГЛ (OHF) и штамма ВКЭ Sofjin [4].

Метод исследования: компьютерный анализ с помощью программы MEGA [7].

Первая полногеномная структура ВКЭ была расшифрована в 1988 году (штамм Neudoerflиз Австрии), а депонирована в GeBank в 1996 г. По данным на сентябрь 2014 г. в международном банке (GenBank) зарегистрированы полногеномные последовательности 113 штаммов вируса КЭ, изолированных из разных частей его обширного ареала (таблица 1). Примечательно, что около половины последовательностей (56 или 48,7%), депонированы в 2013 и 2014 годах (до октября 2014 года).

Таблица 1 — Генотипическая принадлежность штаммов ВКЭ с расшифрованными полногеномными последовательностями (на сентябрь 2014 г.)

Австрия, Чешская Республика, Германия,

Норвегия, Швеция, Финляндия

Наибольшая часть этих штаммов (числом 66) относится к генотипу 1 ВКЭ, 27 — к генотипу 2, 18 — к генотипу 3 (рисунок 1). Места их изоляции указаны в табл. 1. Остальные 2 штамма, причем выделенные в одном и том же природном очаге на территории России — в районе Иркутской области, являются представителями генотипа 4 (штамм 178–79, выделен от клещей I.persulcatus) и 5 (штамм 886–84, изолированный от грызуна).

Рисунок 1 — Сопоставление 113 полногеномных структур штаммов ВКЭ с помощью компьютерной программы MEGA [7]

Большая часть полных нуклеотидных последовательностей генотипа 1 (около 40) установлена и соавторами. Эта группа исследователей целенаправленно осуществила сравнительный анализ полных геномов штаммов ВКЭ генотипа 1, различающихся по патогенным свойствам. Ими установлено, что внутри дальневосточного генотипа (авторы именуют его субтипом) между группами штаммов различной вирулентности (выделенных из крови больных с инаппарантной формой заболевания и из мозга умерших от КЭ с очаговой формой) 17 из 3414 аминокислотных остатков (около 0,5%) соотносятся с изменением патогенности в организме человека [8]. В капсидном белке длиной 112 а.о. у ряда штаммов имеется существенная замена в виде делеции аминокислоты в предпоследней позиции (111). По мнению авторов, эта делеция в совокупности с другими заменами, расположенными как в белке С, так и в неструктурных белках NS3 и NS5 может уменьшить вирулентность ВКЭ, приводя к образованию дефектных частиц. Заметим, что наличие в геноме ВКЭ такой делеции обнаружено только у штаммов генотипа 1 и все они (числом 21), изолированы на территории Приморья. Их инвентарные номера: AY169390, GQ228395, EU816450- EU816452, EU816455, FJ997899, , JQ825148, JQ825152, JQ825153 и (Genbank). При построении филогенетических деревьев на основе разных фрагментов генома эти штаммы четко группируются в единый кластер (данные не показаны).

Из представителей дальневосточного генотипа, не имеющих описанной делеции, наиболее интересен штамм (выделен на Дальнем Востоке в 1994 из крови человека), который меняет местоположение на разных филогенетических схемах внутри кластера своего генотипа, примыкая то к группе штаммов с той же делецией, то к другой группе. При сравнении полипротеиновых структур оказалось, что в позиции 108 белка С у штамма (инв. номер в GenBankJQ825147) расположен аланин (А) так же, как у штамма Buzuuchuk(KJ626343) генотипа 3 и штамма 886–84 (EF496662) -прототипа генотипа 5. Ранее эта замена была установлена как строго специфическая для генотипа 5 [2]. и др. [8] отмечают, что штамм образует отдельную ветвь филогенетического древа между штаммами, выделенными от больных с энцефалитной формой заболевания (ЭФЗ), и штаммами от больных с субклинической формой заболевания (СФЗ). Этот штамм отличается от штаммов ЭФЗ наличием ключевых аминокислот в позициях 16 К (аминокислота лизин) и (фенилаланин) в вирусной протеазе NS3, которые характерны для штаммов СФЗ. По мнению и др. именно эти замены — 16K и в вирусной протеазе NS3 — способствуют уменьшению патогенности штаммов дальневосточного субтипа.

Активные перестройки (перемена местоположения) при сопоставлении филогенетических схем, построенных на основе полных геномных структур (ПГС) и на основе разных генов, наблюдаются внутри кластера генотипа 2 (данные не показаны). Это указывает на их очень близкое родство. Весьма вероятно, что причина таких тесных взаимоотношений кроется в длительной эволюционной истории генотипа 2 и существовании на сравнительно более ограниченной, чем весь остальной ареал ВКЭ, территории. По нашему мнению, это также свидетельствует в пользу гипотезы о том, что рекомбинация у ВКЭ, возможно, не редкое событие [2]. Вероятно, наличием более ограниченного ареала сравнительно с генотипами 1 и 3, объясняется и тесное родство генотипа 2 ВКЭ с представителями комплекса КЭ — вирусами турецкого и испанского энцефалитов овец, а также, шотландского энцефаломиелита овец, ареалы которых перекрываются с ареалом ВКЭ. Так, шотландский энцефаломиелит регистрируется во многих европейских странах, хотя чаще встречается в Шотландии, северной Англии и Ирландии, где отсутствуют природные очаги КЭ. В то же время, на фоне этих рассуждений неожиданным представляется следующий факт. При сопоставлении фрагментов гена Е длиной 1419 н.о. (позиции с 37 по 1455) выявляется 100% гомологии между последовательностями четырех штаммов, изолированных на территории России (3) и Беларуси (1). Это алтайский штамм 84.2 (изолирован от клещейI.persulcatus в 2007 г.(HM120875)), два штамма из Иркутской области — и (Citellusundulates-суслик длиннохвостый), 1971 (FJ214154 и FJ214155) и белорусский штамм 265 (I.ricinus, 1940 (GU125718 иAF091014)). Как видим, очаги изоляции гомологичных последовательностей располагаются на значительном удалении друг от друга (например, от Беларуси до Алтая не менее четырех тысяч км.).

При сравнении полипротеиновых структур всех 113 исследуемых штаммов наибольшее количество строго консервативных генотипспецифических аминокислотных замен выявлено для представителей генотипа 2, а именно 63, в то время, как для штаммов генотипа 1 и 3 установлено по 22 таких замены. Это еще одно свидетельство высокой генетической однородности представителей генотипа 2.

Таблица 2 — Аминокислотные замены у штамма Buzuuchuk, не характерные для генотипа 3

Новосибирские ученые открыли “новый” вариант вируса клещевого энцефалита. И, по мнению биологов, он – древнейший среди известных штаммов этого вируса. Стоит ли человечеству бояться “нового” варианта? Региональный корреспондент “Вестей FM” Оксана Избышева спросила об этом одного из ученых, открывших штамм.

Существует 3 подтипа вируса клещевого энцефалита: дальневосточный, европейский и сибирский. Последний и открыли ученые. И как говорит один из них, кандидат биологических наук Сергей Ткачев, именно сибирский подтип – самый распространенный в России. Однако вакцина, которой сейчас пользуются врачи, разработана на основе дальневосточного и европейского подтипов.

ТКАЧЕВ: Она создана на основе того штамма, который был открыт еще в 1937 году, и фактически ее сейчас пытаются сделать более “очищенной”, более эффективной, но по факту остался тот же самый штамм, который был открыт давно. Но в целом выглядит так, что эти вакцины способны защищать от субтипов вируса.

Клещевой энцефалит – одно из самых опасных заболеваний. Вирус поражает головной мозг, вызывая необратимые неврологические изменения. Может и убить. Только в Новосибирской области в 2016 от клещевого энцефалита умерли 3 человека. В прошлом году смертей не зарегистрировано, но количество как покусанных, так и заболевших растет: если в 2016 к врачам обратились 15 000 сибиряков, то в 2017 – уже 22 000. Если 2 года назад диагноз “энцефалит” подтвердился у 87 человек, то в прошлом году – уже у 135.

Санитарные врачи могут предложить только одну меру борьбы – обработку парков и скверов – клещи, как известно, живут в траве и на кустарниках. Но, по словам кандидата биологических наук Сергея Ткачева, это малоэффективно. В следующем сезоне на зачищенной территории появится еще больше клещей. Теоретически можно избавить человечество от клещевого энцефалита. Были когда-то такие проекты. К счастью, как говорит кандидат биологических наук Сергей Ткачев, люди вовремя одумались. Клещи – всего лишь переносчики вируса, а носителями являются мелкие млекопитающие.

ТКАЧЕВ: Таким образом, чтобы изничтожить вирус клещевого энцефалита, нужно уничтожить и клещей, и этих всех мелких млекопитающих, и это будет иметь просто катастрофические последствия для экологии. Человеку очень не повезло оказаться той тупиковой ветвью, у которой вирус вызывает заболевание, потому что в природе млекопитающие данным видом не болеют, то есть они являются носителями, но им не заболевают.

Защитят ли вакцины, которыми сейчас прививают детей и взрослых, от нового варианта вируса – на этот вопрос младший сотрудник Института химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения РАН Сергей Ткачев отвечает с осторожностью.

ТКАЧЕВ: Учитывая, что его геном отличается от тех, которые мы исследовали ранее, может вполне оказаться, что современные системы варианты вируса могут и не выявить.

На данный момент “обской” вариант вируса клещевого энцефалита обнаружен на территории Новосибирской и Кемеровской областей. Ученые говорят, что он – самый древний из известных – эволюционирует 1500 лет. Биологи считают его слабопатогенным, по крайней мере опыты на мышах показали, что “новый” вирус обладает слабой способностью проникать в мозг. Впрочем, воздействие на человека пока не изучено. Поэтому ученым предстоит детально обследовать “новый” вариант вируса клещевого энцефалита.

Привиться не поздно: в Роспотребнадзоре посоветовали сделать вакцинироваться от энцефалита. Из-за аномально теплой зимы клещи проснулись раньше обычного: опасный период вместо 6 месяцев в этом году может растянуться на 8. Укус может обойтись без последствий. А может стать смертельным – членистоногие переносят такие опасные заболевания, как энцефалит и боррелиоз.

Сезон активности клещей в этом году может продлиться 8 месяцев вместо обычных 6. И всё из-за аномально теплой зимы. В центре эпидемиологии Роспотребнадзора рассказали, что погода сдвинула опасный сезон на более ранний срок. Почему же клещам не спится? С комментариями для "Вестей FM" - заведующий лабораторией защиты леса от инвазивных и карантинных организмов Всероссийского научно-исследовательского института лесоводства и механизации лесного хозяйства Юрий Гниненко.

Роспотребнадзор предупреждает: аномально высокие температуры могут спровоцировать нападения клещей уже в январе и феврале, особенно в средней полосе России. Специалисты заверяют, что массовых атак этих членистоногих не предвидится. Но помнить о правилах безопасности, гуляя в лесопарковых зонах, стоит.

В России попробуют генетически отредактировать клещей, чтобы паукообразные не могли заражать людей энцефалитом или перестали размножаться вовсе.

Красноярцев атакуют клещи

В Красноярске зафиксирована вторая смерть от укуса энцефалитного клеща. В местной больнице скончался мужчина. Его родные уверяют, что в медучреждении не было нужного лекарства. В региональном Минздраве заявили, что пациент поступил в тяжелом состоянии, врачи предпринимали все необходимые действия для оказания ему помощи.

Если после укуса клеща поднялась температура, нужно срочно идти к врачу

В Подмосковье несколько человек заразились энцефалитом, возбудитель которого находился в сыром козьем молоке. Об этом сообщили в Роспотребнадзоре. Все заболевшие – члены одной семьи.

Полный текст:

1. King A.M.Q., Adams M.J., Carstens E.J. Lefkowitz E.B. Virus taxonomy: classification and nomenclature of viruses: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses. San Diego: Elsevier Academic Press; 2012.

2. Злобин В.И., Демина Т.В., Беликов С.И., Бутина Т.В., Горин О.З., Адельшин Р.В. и др. Генетическое типирование штаммов вируса клещевого энцефалита на основе анализа уровней гомологии фрагмента гена белка оболочки. Вопросы вирусологии. 2001; 46: 17 - 22.

3. Злобин В.И., Демина Т.В., Мамаев Л.В., Бутина Т.В., Беликов С.И., Горин О.З. и др. Анализ генетической вариабельности штаммов вируса клещевого энцефалита по первичной структуре фрагмента гена белка оболочки Е. Вопросы вирусологии. 2001; 46: 12 - 16.

4. Демина Т.В., Джиоев Ю.П., Козлова И.В., Верхозина М.М., Ткачев С.Е., Дорощенко Е.К. и др. Генотипы 4 и 5 вируса клещевого энцефалита: особенности структуры геномов и возможный сценарий их формирования. Вопросы вирусологии. 2012; 57 (4): 13 - 19.

5. Kim S.Y., Yun S.M., Han M.G., Lee I.Y., Lee N.Y. et al. Isolation of tick-borne encephalitis viruses from wild rodents, South Korea. Vector Borne Zoonotic Dis. 2008; 8 (1): 7 - 13.

6. Yun S.M., Kim S.Y., Han M.G., Jeong Y.E., Yong T.S., Lee C.H. et al. Analysis of the envelope (E) protein gene of tick-borne encephalitis viruses isolated in South Korea. Vector Borne Zoonotic Dis. 2009; 9 (3): 287 - 293.

7. Верхозина М.М., Козлова И.В., Демина Т.В., Джиоев Ю.П. Молекулярно-эпидемиологическая и эколого-географическая характеристика вируса клещевого энцефалита в Восточной Сибири. В кн.: Инфекции, передаваемые иксодовыми клещами в Сибирском регионе. Новосибирск: СО РАН; 2011; 30: 84 - 107.

8. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 6.0. Molecular Biology and Evolution. 2013; 30: 2725 - 2729.

9. Pletnev A.G., Yamshikov V.F., Blinov V.M. Nucleotide sequence of the genome and complete amino acid sequence of the polyprotein of tick-borne encephalitis virus. Virology. 1990; 174: 250 - 263.

10. Reed L., Muench H.A. A Simple Method of Estimating Fifty Per Cent Endpoints. Am. J. Hyg. 1938; 27: 493 - 497.

11. Pogodina V.V., Savinov A.P Variation in the pathogenicity of viruses of the tick-borne encephalitis complex for different animal species. I. Experimental infection of mice and hamsters. Acta virologica. 1964; 8: 424 - 434.

12. Овчинникова Э.А., Карпович Л.Г., Левкович Е.Н. Изучение терморезистентности штаммов вируса комплекса клещевого энцефалита, обладающих различной нейровирулентностью для лабораторных животных. Вопр. вирусол. 1967; 5: 607.

13. Adelshin R.V., Melnikova O.V., Karan L.S., Andaev E.I., Balakhonov S.V. Complete Genome Sequences of Four European Subtype Strains of Tick-Borne Encephalitis Virus from Eastern Siberia, Russia. Genome Announc. 2015; 3 (3). pii: e00609-15. doi: 10.1128/genomeA.00609-15.

14. Weidmann M., Frey S., Freire C.C., Essbauer S. et al. Molecular phylogeography of tick-borne encephalitis virus in central Europe. J. Gen. virol. 2013; 94: 2129 - 2139.

15. Demina T.V., Dzhioev Yu.P., Verkhozina M.M., Kozlova I.V., Tkachev S.E., Plyusnin A. et al. Genotyping and characterization of the geographical distribution of tick-borne encephalitis virus variants with a set of molecular probes. Journal of Medical Virology. 2010; 82: 965 - 976.

16. Yun S.M., Song D.G., Choi W., Park W.I. et al. Prevalence of tick-borne encephalitis virus in ixodid ticks collected from the Republic of Korea during 2011 -2012. Osong Public Health Res. Perspect. 2012; 3 (4): 213 - 221.

17. G umann R., R ek D., M hlemann K., Strasser M., Beuret C.M. Phylogenetic and virulence analysis of tick-borne encephalitis virus field isolates from Switzerland. J. Med Virol. 2011; 83 (5): 853 - 863.

18. Adelshin R.V., Melnikova O.V., Trishina Y.N., Andaev E.I. Tick-borne encephalitis virus isolates features from natural foci of Pribaikalie (Eastern Siberia, Russia). J. Dis. Epidemiol. 2015; 1 - 4.

19. Suss J. Epidemiology and ecology of TBE relevant to the production of effective vaccines. Vaccine. 2003; 21 (1): 19 - 35.

20. Wojcik-Fatla A., Cisak E., Zajac V., Zwolinski J., Dutkiewicz J. Prevalence of tick-borne encephalitis virus in Ixodes ricinus and Dermacentor reticulates ticks collected from the Lublin region (eastern Poland). Ticks Tick Borne Dis. 2011; 2 (1): 16 - 19.

21. Злобин В.И., Беликов С.И., Джиоев Ю.П., Демина Т.В., Козлова И.В. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита. Иркутск: РИО ВСНЦ СО РАМН; 2003: 272.

22. Jaaskelainen A.E., Tonteri E., Sironen T., Pakarinen L., Vaheri A., Vapalahti O. European subtype tick-borne encephalitis virus in Ixodes persulcatus ticks. Emerg. Infect. Dis. 2011; 17 (2): 323 - 325.

23. Якименко В.В., Ткачев С.Е., Макенов М.Т., Малькова М.Г., Любенко А.Ф., Рудакова С.А. и др. О распространении вируса клещевого энцефалита европейского субтипа в Западной Сибири и на Алтае. Дальневосточный журнал инфекц. патологии. 2015; 27: 29-35.

24. Kozuch O., Nosek J., Chmela E., Uvizl M., Bolek S. The ecology if the virus of tick-borne encephalitis in the natural foci in the Olomouc district. Cesk. Epidemiol. Mikrobiol. Immnol. 1976; 25 (2): 88 - 96.

25. International Catalogue of Arboviruses. 3rd Edition. Karabatsos N (Eds). American Society of Tropical Medicine and Hygiene, San Antonio, TX, USA. 1985.

26. Achazi K., R ek D., Donoso-Mantke O., Schlegel M., Ali Hanan Sheikh, Wenk M. et al. Rodents as Sentinels for the Prevalence of Tick-Borne Encephalitis Virus. Vector-borne and zoonotic diseases. 2011; 11 (6): 641 - 647.

Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.

Полный текст:

1. Байков И.К., Емельянова Л.А., Соколова Л.М., Карелина Е.М., Матвеев А.Л., Бабкин И.В., Хлусевич Я.А., Подгорный В.Ф., Тикунова Н.В. Анализ доменной специфичности протективного химерного антитела ch14D5a против гликопротеина Е вируса клещевого энцефалита. Вавиловский журнал генетики и селекции. 2018;22(4):459-467. [Baykov I.K., Emelyanova L.A., Sokolova L.M., Karelina E.M., Matveev A.L., Babkin I.V., Khlusevich Ya.A., Podgornyy V.F., Tikunova N.V. Analysis of domain specificity of the protective chimeric antibody ch14D5a against glycoprotein E of tick-borne encephalitis virus. Vavilovskii Zhurnal Genetiki i Selektsii = Vavilov Journal of Genetics and Breeding. 2018;22(4):459-467. DOI 10.18699/ VJ18.383 (in Russian)]

2. Baykov I.K., Matveev A.L., Stronin O.V., Ryzhikov A.B., Matveev L.E., Kasakin M.F., Richter V.A., Tikunova N.V. A protective chimeric antibody to tick-borne encephalitis virus. Vaccine. 2014; 17;32(29):3589-3594. DOI 10.1016/j.vaccine.2014.05.012.

3. Dai L., Song J., Lu X., Deng Y.Q., Musyoki A.M., Cheng H., Zhang Y., Yuan Y., Song H., Haywood J., Xiao H., Yan J., Shi Y., Qin C.F., Qi J., Gao G.F. Structures of the Zika virus envelope protein and its complex with a flavivirus broadly protective antibody. Cell Host Microbe. 2016;19(5):696-704. DOI 10.1016/j.chom.2016.04.013.

4. Dowd K.A., Pierson T.C. Antibody-mediated neutralization of flaviviruses: a reductionist view. Virology. 2011;411(2):306-315. DOI 10.1016/j.virol.2010.12.020.

5. Füzik T., Formanová P., Růžek D., Yoshii K., Niedrig M., Plevka P. Structure of tick-borne encephalitis virus and its neutralization by a monoclonal antibody. Nat. Commun. 2018;9(1):436. DOI 10.1038/ s41467-018-02882-0.

6. Halstead S.B. Dengue antibody-dependent enhancement: knowns and unknowns. Microbiol. Spectr. 2014;2(6):249-271. DOI 10.1128/ microbiolspec.AID-0022-2014.

7. Haslwanter D., Blaas D., Heinz F.X., Stiasny K. A novel mechanism of antibody-mediated enhancement of flavivirus infection. PLoS Pathog. 2017;13(9):e1006643. DOI 10.1371/journal.ppat.1006643.

8. Heinz F.X., Stiasny K. Flaviviruses and their antigenic structure. J. Clin. Virol. 2012;55(4):289-295. DOI 10.1016/j.jcv.2012.08.024.

9. Julander J.G., Thibodeaux B.A., Morrey J.D., Roehrig J.T., Blair C.D. Humanized monoclonal antibody 2C9-cIgG has enhanced efficacy for yellow fever prophylaxis and therapy in an immunocompetent animal model. Antiviral Res. 2014;103:32-38. DOI 10.1016/j.antiviral. 2013.12.011.

10. Katzelnick L.C., Gresh L., Halloran M.E., Mercado J.C., Kuan G., Gordon A., Balmaseda A., Harris E. Antibody-dependent enhancement of severe dengue disease in humans. Science. 2017;358(6365):929- 932. DOI 10.1126/science.aan6836.

11. Lai H., Engle M., Fuchs A., Keller T., Johnson S., Gorlatov S., Diamond M.S., Chen Q. Monoclonal antibody produced in plants efficiently treats West Nile virus infection in mice. Proc. Natl. Acad Sci. USA. 2010;107(6):2419-2424. DOI 10.1073/pnas.0914503107.

12. Lambour J., Naranjo-Gomez M., Piechaczyk M., Pelegrin M. Converting monoclonal antibody-based immunotherapies from passive to active: bringing immune complexes into play. Emerg. Microbes Infect. 2016;5(8):e92. DOI 10.1038/emi.2016.97.

13. Levanov L.N., Matveev L.E., Goncharova E.P., Lebedev L.R., RyzhikovA.B., Yun T.E., Batanova T.A., Shvalov A.N., Baykov I.K., Shingarova L.N., Kirpichnikov M.P., Tikunova N.V. Chimeric antibodies against tick-borne encephalitis virus. Vaccine. 2010;28(32):5265- 5271. DOI 10.1016/j.vaccine.2010.05.060.

14. Oliphant T., Engle M., Nybakken G.E., Doane C., Johnson S., Huang L., Gorlatov S., Mehlhop E., Marri A., Chung K.M., Ebel G.D., Kramer L.D., Fremont D.H., Diamond M.S. Development of a humanized monoclonal antibody with therapeutic potential against West Nile virus. Nat. Med. 2005;11(5):522-530. Roehrig J.T. Antigenic structure of flavivirus proteins. Adv. Virus Res. 2003;59:141-175.

15. Salazar G., Zhang N., Fu T.M., An Z. Antibody therapies for the prevention and treatment of viral infections. NPJ Vaccines. 2017;2:19. DOI 10.1038/s41541-017-0019-3.

16. Sánchez M.D., Pierson T.C., McAllister D., Hanna S.L., Puffer B.A., Valentine L.E., Murtadha M.M., Hoxie J.A., Doms R.W. Characterization of neutralizing antibodies to West Nile virus. Virology. 2005;336(1):70-82.

17. Sautto G., Mancini N., Gorini G., Clementi M., Burioni R. Possible future monoclonal antibody (mAb)-based therapy against arbovirus infections. Biomed. Res. Int. 2013;2013:838491. DOI 10.1155/ 2013/838491.

18. Tsekhanovskaya N.A., Matveev L.E., Rubin S.G., Karavanov A.S., Pressman E.K. Epitope analysis of tick-borne encephalitis (TBE) complex viruses using monoclonal antibodies to envelope glycoprotein of TBE virus (persulcatus subtype). Virus Res. 1993;30(1):1-16.

19. Zidane N., Dussart P., Bremand L., Villani M.E., Bedouelle H. Thermodynamic stability of domain III from the envelope protein of flaviviruses and its improvement by molecular design. Protein Eng. Des. Sel. 2013;26(6):389-399. DOI 10.1093/protein/gzt010.

Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.