Вирусы в классификации группируются по таким свойствам как:

Тип нуклеиновой кислоты, ее организация, механизм репликации

Структура капсида и число субъединиц в нем

Существуют две системы классификации: Иерархическая система классификации вирусов и Балтиморская Система Классификации.

Иерархическая система классификации вирусов

В 1962 Lwoff, R. W.Horne, и P.Tournierсоздали всестороннюю схему классификации вирусов, имеющую следующие таксоны:

Созданный позднее Международный комитет по номенклатуре вирусов использовал многие принципы данной классификации. Основа этой классификации – вирусы группируются согласно их общим свойствам, а не свойствам поражаемых ими клеток или организмов. Используются 4 главные характеристики:

Природа нуклеиновой кислоты – ДНК или РНК

Наличие или отсутствие суперкапсида

Размеры вириона и капсида

В настоящее время данная классификация актуально лишь от уровня семейства и ниже. В семейства вирусы объединены согласно эволюционному положению нуклеиновых кислот и белковых последовательностей. Все Семейства имеют суффикс -viridae, роды имеют суффикс –virus.

Рис. 1. Иерархическая система классификации вирусов

Балтиморская классификация

Балтиморская система классификации вирусов основана на различиях в механизмах репликации вирусного генома, по этому принципу вирусы группируются в 7 фундаментальных групп. Любой вирус должен синтезировать положительную иРНК для синтеза собственных белков и сборки вирионов. Механизмы, предшествующие синтезу +иРНК, и отличают каждое семейство. Классификация предложена Дэвидом Балтимором и носит его имя.

Класс I: Двуспиральная ДНК (папова-, адено-, герпес-, поксвирусы).

1а). Репликация происходит исключительно в ядре (папова-, адено-, герпесвирусы). Репликация этих вирусов находится в сильной зави­симости от клеточных факторов.

16). Репликация происходит в цитоплазме клеток (поксвирусы). Все необходимые факто­ры для транскрипции и репликации кодируются вирусным геномом. Репликация относительно независима от клеточных факторов.

Класс II: Односпирапьная (+) ДНК (парвовирусы).

Репликация происходит в ядре. Первоначально формируются (-) цепи ДНК, которые исполь­зуются как матрицы для синтеза (+) ДНК.

Класс III: Двуспиральная РНК (реовирусы).

Эти вирусы имеют сегментированные гено­мы. Каждый сегмент транскрибируется раздель­но и продуцирует индивидуальные моноцистронные мРНК.

Класс IV: Односпиральная (+) РНК (пикор-на-, калици-, тога-, флави-, коронавирусы).

IVa). Вирусы с полицистронной мРНК (полно-, калици-, флавивирусы). Геномная РНК транслируется после инфекции, образуется полипротеин, который специфически рассека­ется на функциональные вирусные белки.

IV6). Вирусы с комплексной трансляцией (тога-, коронавирусы). Геном транслируется в два этапа. На первом образуются ранние белки, обеспечивающие трансляцию поздних белков и последующую репликацию вирусного генома.

Класс V: Односпиральные (-)РНК (ортомик-со-, парамиксо-, рабдо-, фило-, буньавирусы).

Va). Сегментированные геномы (ортомиксо-, арена-, буньавирусы). На первом этапе транс­крибируются геномные (-)РНК с помощью вирионной РНК-зависимой РНК-полимеразы. Образуются моноцистронные мРНК, которые служат матрицами для репликации геномной (-)РНК и трансляции вирусных белков.

V6). Несегментированные геномы (парамиксовирусы). Геномные (-)РНК транскри­бируются с помощью вирионной РНК-РНК-полимеразы. Образуются моноцистронные мРНК. Транслируются вирусные белки, в т.ч. вирусная транскриптаза, которая обеспечивает репликацию единой геномной (-) РНК.

Класс VI: Односпиральная (+) РНК-матри­ца для синтеза ДНК-провируса (ретровирусы).

Данный класс содержит диплоидный (+)РНК-геном, который не функционирует как мРНК, а служит матрицей для синтеза компле­ментарной ДНК с помощью вирионной РНК-зависимой ДНК-полимеразы. Образовавшийся ДНК-провирус интегрирует в клеточный геном и оттуда реализуется в виде моноцистронных вирусных мРНК.

Класс VII. (дополнительный) (гепадновирусы).

Геномная ДНК гепадновирусов (частично двуспиральная) на первом этапе достраивается до ковалентно замк­нутой кольцевой молекулы. На достроенной геномной ДНК синтезируется (+)РНК, которая служит матрицей для обратной транскрипции и образования (-)-нити ДНК. После деградации (+)РНК на (-)РНК синтезируется комплементар­ная (+)ДНК, которая до конца не достраивается, формируя своеобразный (прерывистый) геном гепадновирусов. Для репликации ДНК-генома не требуется его интеграции в кле­точную ДНК.

Рис. 2. Балтиморская система классификации вирусов

Международный комитет по таксономии вирусов ( ICTV ) разрешает и организует таксономическую классификацию и классификатор для вирусов . ICTV разработали универсальную таксономического-схему на наличие вирусов, а значит описать, имя и классифицировать каждый вирус , который влияет на живые организмы. Члены Международного комитета по таксономии вирусов считаются экспертные вирусологи . ICTV был сформирован из и регулируется вирусологии отдела Международного союза микробиологических обществ . Подробная работа, такие как разграничение видов в семье, как правило , выполняется исследовательскими группами экспертов в семьях.

содержание

Цели Международного комитета по таксономии вирусов являются:

1. Для того, чтобы разработать согласованную на международном уровне таксономии вирусов
2. Для установления согласованных на международном уровне названия вируса таксонов.
3. Общаться решения, принятые в отношении классификации и номенклатуры вирусов для вирусологов путем проведения совещаний и докладов публикации.
4. Для того, чтобы поддерживать официальный индекс согласованных названий вируса таксонов.
5. Для изучения вирусных эффектов в современном обществе и их поведении.

Принципы номенклатуры

незаменимые Принципы ICTV в вирусной номенклатуре:

• стабильность
• Для того, чтобы избежать или отказаться от использования имен, которые могут вызвать ошибку или путаницы
• Для того, чтобы избежать ненужного создания имен

ICTV был поразительно успешным в достижении стабильности, поскольку их создание в 1962 году Каждого рода и семья признана в 1980-х по-прежнему используются в качестве 2005, например.

Нейминг и изменения таксонов

Предложения по новым именам, изменения названий, а также создание и таксономического размещения таксонов обрабатываются Исполнительным комитетом ICTV путем в виде предложений. Все соответствующие ICTV подкомитеты и исследовательские группы проводятся консультации до принятия решения принимается.

Название таксона не имеет официального статуса , пока он не был утвержден ICTV, а имена будут приниматься только , если они связаны с утвержденным иерархического таксонов. Если нет подходящего названия не предлагаются для таксона, таксон может быть утвержден и имя не останется нерешенным до принятия приемлемого международного названия, когда одна предлагаются и принимаются ICTV. Имена не должны передать значение для таксона , который , казалось бы, либо исключить вирусы , которые по праву члены этого таксона, исключать членов , которые , возможно , один день принадлежат к этому таксону, или относятся вирусы , которые являются членами различных таксонов.

Правила таксонов

Название вида состоит из нескольких слов , как это возможно , но не должно состоять только из имени хоста и слово вируса . Название видовой должен предоставить надлежащим образом однозначную идентификацию вида. Числа, буквы, или их комбинации могут быть использованы в качестве видов эпитетов , где такие числа и буквы , которые уже широко используются. Тем не менее, недавно назначенные серийные номера, буква или их комбинация не является приемлемой отдельно в качестве видов эпитетов. Если цифра или буква серии в существовании она может быть продолжена.

Вирус род представляет собой группу родственных видов , которые разделяют некоторые существенные свойства и часто отличаются только в пределах хозяина и вирулентности. Название рода должно быть одним словом , оканчивающимся суффиксом - вирус . Утверждение нового рода должно сопровождаться утверждением типового вида .

Подсемейство это группа родов , разделяющих определенные общие символы. Таксон должен использоваться только тогда , когда это необходимо , чтобы решить сложную иерархическую проблему. Название подсемейства должно быть одним словом , оканчивающимся суффиксом - virinae .

Семейство представляет собой группа родов, независимо от того , или нет они организованы в подсемейство, разделяя некоторые общие символы. Имя семьи должно быть одним словом , оканчивающимся на суффикс - viridae .

Порядок группа семей , разделяющих определенные общие символы. Название заказа должно быть одним словом , оканчивающимся суффиксом - virales .

Правила для суб-вирусных агентов

Правила , связанные с классификацией вирусов , применяются также к классификации вироидов . Формальные окончания таксонов вироидов являются слова вироидными для вида, суффикс -viroid для родов, суффикс -viroinae для суба-семей, должен этот таксон необходим, и -viroidae для семей.

Ретротранспозоны считаются вирусы в классификации и номенклатуре. Спутники и прионы не классифицируются как вирусы , но назначаются произвольная классификация как представляются полезной для работников в конкретных областях.

Правила орфографии

1. При формальном таксономическом использовании общепринятых названий вирусных заказов, семьи, подсемейств и родов печатаются курсив и первые буквы имен капитализируются.
2. видовые названия печатаются курсивом и имеют первую букву первого слова капитализируются. Другие слова, не капитализируются, если они не являются собственными именами или частями имен собственных.
3. При формальном использовании, название таксона должно предшествовать термин для таксономической единицы.

Классификация вирусов обнаружены метагеномика

Признавая важность вирусной метагеномика, то ICTV признает, что геном, собранные из метагеномных данных представляют собой фактические вирусы и поощряют их официальную классификацию следующей те же процедуры, которые используются для вирусов, выделенных и охарактеризованы с использованием классических подходов вирусологии.

Как сообщает ICTV

базы данных ICTVdb

ICTVdb является одним из видов и изолят базы данных , которая была призвана служить в качестве дополнения к базе данных таксономии ICTV. Развитие ICTVdB было поддержано ICTV с 1991 года и первоначально был предназначен для помощи таксономических исследований. Базы данных классифицируют вирусы , основанные главным образом на их химические характеристиках, геномную типа, нуклеиновая кислота по репликации, заболеваний, векторы , и географическое распределение, среди прочих характеристик.

База данных была разработана в Австралийском национальном университете при поддержке США Национального научного фонда , а также под эгидой Американской коллекции типовых культур . Он использует язык описания для таксономической ( DELTA системы), мировой стандарт для таксономической обмена данными, разработанной в Австралии Содружества научных и промышленных исследований организации (CSIRO). DELTA способен хранить большое разнообразие данных и перевести его на язык , подходящий для традиционных отчетов и веб - публикации. Например, ICTVdB сама по себе не содержит геномную информацию о последовательности , но может преобразовывать данные DELTA в формате NEXUS. Он также может обрабатывать большие входные данные и подходит для составления длинных списков вирусных свойств, текстовые комментариев и изображений.

ICTVdB вырос в концепции и способности, чтобы стать основным справочным ресурсом и инструментом исследования, в 1999 году он получал более 30 000 комбинированных онлайн показов в день от своего основного сайта в Австралийском национальном университете, а два зеркальных сайтов в Великобритании и Соединенных Штатах ,

история

Международная классификация вирусов была группа, созданная в 1966 году с целью стандартизации имен вирусов. Группа была переименована в Международный комитет по таксономии вирусов в 1975 году.

В 1971 году классификация ICTV для вирусов , поражающих позвоночных включены 19 родов, 2 семьи, и еще 24 несекретные групп.

КЛАССИФИКАЦИЯ ВИРУСОВ ЧЕЛОВЕКА И ЖИВОТНЫХ ПО МАТЕРИАЛАМ 6-ГО ДОКЛАДА МЕЖДУНАРОДНОГО КОМИТЕТА ПО ТАКСОНОМИИ ВИРУСОВ

Описаны основные изменения, внесенные в классификацию вирусов человека и животных в 6-м докладе Международного комитета по таксономии вирусов. В классификации вирусов, представленной в 6-м докладе Международного комитета по таксономии вирусов (МКТВ) [3, 4], имеется ряд существенных изменений по сравнению с классификацией, принятой в 5-м докладе [1, 2]. Основные нововведения применительно к вирусам человека и животных будут рассмотрены ниже. 1. Определены три новых семейства - Astroviridae, Circoviridae и безымянное семейство для вирусов, похожих на вирус африканской чумы свиней. Семейство Astroviridae: вирионы имеют диаметр 28-30 нм, сферические по форме. На поверхности отдельных вирионов в некоторых препаратах различают четкие пятна, шестиконечные звезды. Молекулярная масса (мол. масса) вириона составляет

8 10^, плавучая плотность - 1,36-1,39 г/см^ в CsCI. Геном состоит из единственной молекулы линейной, позитивной, одноцепочечной РНК размером в 7,2-7,9 тыс. нуклеотидов (т. н.). Геномная РНК обладают 3'-поли (А) участком варьирующей длины. В составе вирусов входят, по-видимому, три мажорных белка (мол. масса 29-39 кД); некоторые вирусы дополнительно содержат более мелкие белки (мол. масса 13-36 кД). Репликация включает синтез 3'- субгеномной РНК (2, 8 т. н.), в некоторых случаях ее не выявляют. Вероятно, предполагаемая РНК-зависимая РНК-полимераза кодируется рамкой считывания, отличающейся от рамки считывания других белков (предполагаемой геликазы и протеазы), что подразумевает рибосомальный сдвиг рамки при трансляции. Зрелые вирионы часто находят в прозрачных областях цитоплазмы инфицированных клеток. Вирусы поражают узкий круг хозяев, передаются фекально-оральным путем. Распространены во всем мире. Вирионы довольно термостабильны и устойчивы к рНЗ, эфиру, хлороформу, растворителям липидов, неионным, анионным и цвиттерионным детергентам. Для серийного размножения некоторых вирусов в культуральной ростовой среде необходимо присутствие трипсина. Семейство Circoviridae: вирионы безоболочечные, икосаэдрической симметрии, диаметром от 15 до 22 нм. Плавучая плотность 1.33-1,37 г/см^ в CsCI. Геном состоит из единственной молекулы кольцевой, негативной, одноцепочечной ДНК размером 1,7-2,3 т. н. Вирионные белки варьируют по числу и размеру у разных вирусов; у некоторых вирусов описан один белок (мол. масса 36-50 кД), у других - три (мол. масса 16-26 кД). Вирионы не содержат липидов или углеводов. Детали вирусной репликации не известны, но в инфицированных клетках обнаружена круговая двухцепочечная репликативная ДНК. Геном вируса инфекционной анемии цыплят содержит три частично перекрывающиеся открытые рамки считывания. Вирусы реплицируются в ядре, и подобно парвовирусам их репликация зависит от белков, образующихся во время S-фазы клеточного цикла. Вирусы видоспецифичны и распространены по всему миру; способ передачи не известен. Вирусы птиц являются важными патогенами. Вирусы устойчивы к нагреванию при 60° в течение 30 мин. Безымянное семейство дм вирусов, похожих на вирус африканской чумы свиней (АЧС): единственным представителем единственного безымянного рода данного семейства является вирус АЧС. Вирионы состоят из сердцевины диаметром 70100 нм, заключенной в нуклеокапсид диаметром 172-191 нм, который окружен липидсодержащей оболочкой. Общий диаметр вирионов 175-215 нм, плавучая плотность в CsCI 1,191,24 г/см^. Геном вируса АЧС состоит из единственной молекулы линейной, с ковалентными сшивками на концевых участках, двухцепочечной ДНК размером 170-190 тыс пар оснований (тпо, размер варьирует у разных изолятов). Инвертированные последовательности, образованные тандемно повторяющимися участками, расположены в концевых районах генома. Гены кодируются обеими цепями ДНК. Вирионы содержат более 54 белков и несколько ассоциированных с вирионом ферментов, необходимых для транскрипции и посттранскрипционной модификации мРНК, включая РНК-полимеразу. поли(А)полимеразу, кэпирующие мРНК ферменты. В инфицированных клетках обнаружен синтез более 100 вирусиндуцированных белков. Вирионы содержат липиды, включая гликолипиды; углеводы в вирионах присутствуют только в виде гликолипидов. Синтез ранних мРНК и процессинг начинаются сразу после вирусного инфицирования. Транскрипты 3'-полиаденилированы и 5'-кэпированы. ДНК реплицируется по механизму самопраймирования. Репликация происходит в цитоплазме (хотя для синтеза вирусной ДНК необходимы ядра), вирионы освобождаются почкованием или при разрушении клеток. В естественных условиях вирусом АЧС инфицируются только домашние и дикие свиньи, бородавочники, кустарниковые и гигантские лесные свиньи. Вирусные штаммы раличаются вирулентностью от апатогенных до вызывающих тяжелую болезнь с почти 100% летальностью. Вирус АЧС передается через прямой контакт, инфицированное мясо, инфицированные предметы, механически - мухами и биологически - клещами рода Orilithodoros. Вирус может передаваться у клещей трансфазно, трансовариально и половым путем. Вирионы чувствительны к теплу, эфиру, хлороформу и детергентам, но стабильны в широком диапазоне рН.

Таксономия вирусов

Современная таксономия вирусов является универсальной для вирусов позвоночных, беспозвоночных, растений, микроорганизмов. Выделение надвидовых таксонов проводится не по фенотипическим показателям, а на основе фундаментальных свойств.

Формальными таксонами в царстве Vira являются:

Порядок — состоит из семейств вирусов с очевидным общим эволюционным происхождением. Обозначается словами, оканчивающимися на — virales.

Семейство (подсемейство) — объединяет роды, представители которых имеют один вид генома и сходную структурную организацию вирусной частицы. Семейства (подсемейства) вирусов обозначаются словами, оканчивающимися на — viridae (virinae).

Род — объединяет вирусы на основе стратегии генома, феномена генетических взаимоотношений, архитектуры вириона, круга восприимчивых хозяев, патогенности, географического распространения, способа передачи. Названия родов вирусов оканчиваются на — virus.

Вид — формально каждый отдельный вирус может быть определен как вид. Название начинается или оканчивается на слово — вирус.

Существование дискретных биологических видов у вирусов не вызывает сомнений. Однако концепция вида в вирусологии до конца не разработана. Отсутствуют четкие критерии определения границ вида. При выделении таксонов высокого ранга (от рода и выше) учитывается строение и молекулярная организация вириона, вид генома, способ его реализации, способность вступать в генетические взаимодействия. Принимаются во внимание биологические и экологические характеристики, антигенные свойства, круг хозяев, способ передачи. Поиск критериев для определения видовых границ включил анализ возможности использования ряда других признаков.

Первый признак — способность вызывать определенное заболевание (система: нозологическая форма болезни — этиологический агент). При использовании в качестве критерия вида только этого признака в вид не укладываются природные авирулентные варианты, аттенуированные варианты, затрудняет полиморфизм клинических проявлений инфекции.

Второй способ видовой дифференцировки основан на определении антигенных свойств. Однако существование постоянного антигенного дрейфа, дающего множество серологических типов одного вируса, делает серологические реакции не универсальными. Например, в семействе буньявирусов выделено 180 серологических типов, у герпесвирусов — 89, риновирусов — более 100. Многообразие серотипов уменьшает ценность серологического критерия в определении вида. Серологические различия являются качественными, а не количественными, что создает трудности при определении границ вида. Четких критериев принадлежности серологических типов к отдельным видам не установлено и в каждом случае вопрос об определении видовых границ решается индивидуально.

Так, у полиовирусов выделено три серотипа, которые не создают перекрестного иммунитета, но относятся к одному виду, так как вызывают одно заболевание — паралитический полиомиелит. В то же время, энтеровирус-71 также вызывает паралитическое заболевание, но относится к другому виду. У аденовирусов в серологическую классификацию введено количественное начало. Серопиты выделяются в отдельные виды в том случае, если в перекрестной реакции нейтрализации с гомологичным и гетерологичным антигенами наблюдается не менее чем 16-кратная разница в титре.

Комплексный подход к определению вида основан на привлечении молекулярно-биологических, биохимических, генетических, биологических и экологических данных. Более четкие результаты дает использование в серологических реакциях МКА и изучение генов и их продуктов путем определения первичной структуры. Применение комплексного подхода позволяет не только определить границы вида, но и оценить многообразие молекулярных проявлений внутри него.

ICTV не классифицирует вирусы ниже вида, однако в практике и научных исследованиях используют дифференциацию вирусов по антигенам, серотипам, генотипам, электрофоретипам — в зависимости от применяемых методов исследования.

Внутри вида различают антигенные типы и генотипы вируса. В ряде случаев эти две характеристики могут коррелировать, в других случаях — используются как разные подходы к характеристике одного вируса, то есть могут заменять, дополнять друг друга или быть единственной характеристикой вируса. Например, вирус гриппа дифференцируется только на уровне антигенных вариантов. Вирус имеет два антигена — гемагглютинин (Н) и нейраминидазу (N), которые комплексируются в нескольких вариантах. Существует 13 вариантов Н (Н1-Н13) и 9 вариантов N (N1-N9). Антигенные варианты вируса гриппа A описываются как H1N1,H2N1 и так далее.

Ротавирусы описываются как на уровне антигенных вариантов, так и генотипов. По групповому антигену их разделяют на 7 не имеющих серологических связей антигенных групп (А-F). Ротавирусы группы А имеют два поверхностных белка, являющихся основными антигенами вируса: белок VP7 определяет G-серотип вируса, белок VP4 определяет P-серотип/генотип вируса. Природные штаммы ротавирусов описывают как G/P варианты. Генотип вируса определяют по нуклеотидной последовательности с использованием ПЦР или секвенирования.

Для характеристики вирусов разработана система обозначений (криптограмма), включающая следующие признаки;

Антигенная группа — вид происхождения — место происхождения — обозначение штамма — год выделения — субтип антигена — генотип. Согласно этим признакам, например, ротавирус обезьян штамм SA11 описывается следующим образом — A/Si/S. Africa/SA11/58/GЗ Р2 [6] SI; вирус гриппа А, штамм Гонконг — A/SW/Goncong/Fort Warren/50/H1N2.

Вид у вирусов состоит из автономных популяционных образований с обособленным в той или иной степени генофондом. В вирусологии следует различать локальные популяции и природные популяции вируса.

Локальная популяция — это совокупность особей одного вида, имеющих общее место обитания и длительно существующих в определенной части, ареала. Локальная вирусная популяция формируется в естественных условиях в организме зараженных хозяев. Размножающийся вирус объединен экологически, то есть имеет общее место обитания и подвержен сходным воздействиям. Вирус находится в абсолютной пространственной изоляции от других вирусных популяций и проходит на протяжении инфекционного процесса значительное количество генераций. Каждый вид вируса существует в форме природных популяций, связанных с популяциями одного или нескольких хозяев. Популяция хозяев занимает определенный ареал, такой же ареал занимает и природная вирусная популяция.

Классификация вирусов очень подвижная система. Постоянно получаемые новые знания о вирусах — о структурной и молекулярной организации, особенностях репликации, филогенетических взаимоотношениях — служат основанием для ее перестроек.

Выделено 2 порядка вирусов:
А) среди вирусов с негативным РНК-геномом сформирован порядок Mononegavirales, включающий 4 семейства (парамиксо-, рабдо-, фило- и борнавирусы);
Б) среди вирусов с РНК-геномом позитивной полярности выделен порядок Nidovirales, включающий 2 семейства (корона- и артеривирусы). Порядок выделяют на основе ряда объединяющих признаков, включая очевидную филогенетическую близость между представителями семейств. Например, при формировании порядка Mononegavirales были учтены одиннадцать объединяющих признаков:

1. Сходная геномная организация.
2. Комплементарность геномных концевых последовательностей.
3. Гомологичность последовательностей 3'-НТР.
4. Консервативность транскрипционного сигнала.
5. Прерывание генов внутригеномными последовательностями.
6. Наличие вирионной РНК-зависимой РНК-полимеразы.
7. Синтез репликативных и мРНК идет в составе нуклеокапсида.
8. Репликация РНК включает синтез полноразмерного антигенома.
9. Транскрипция идет путем последовательного прерывистого синтеза от одного промотора.
10. Транскрипция и репликация протекают в цитоплазме.
11. Созревание вириона идет путем почкования переформированного нуклеокапсида через цитоплазм этическую мембрану, содержащую встроенные вирусные белки.

Современная классификация семейств вирусов представлена в таблице. При рассмотрении таблицы следует обратить внимание, что четыре семейства дифференцированы на подсемейства; восемь семейств являются смежными, т.е. включают вирусы, поражающие представителей разных царств живого (Birnaviridae, Reoviridae, Rhabdoviridae, Bunyamviridae, Parvoviridae, Iridoviridae, Poxviridae, Picornaviridae); не обнаружено семейств, включающих вирусы прокариот и эукариот.

Кроме вирусов, в царстве Vira рассматриваются и другие молекулярные паразиты, которые систематизируются в рамках неопределенных таксонов. Это вироиды (Viroid), где в настоящее время выделено два семейства и 8 родов, сателлиты вирусов (Sattelites) и прионы (Prions).

Сибирска вольгота

Тема неоднозначная, поскольку как раз сейчас бурно развивается биохимия и прочая микробиология, в том числе вирусология. Вирусы постоянно открываются и таксономия плавает. Есть целый International Committee on Taxonomy of Viruses по этим делам.
Согласно последней Универсальной классификации вирусов, принятой Международным Комитетом по таксономии вирусов (МКТВ) в 1998 г. (Сан-Диего, США), выделяется 3 порядка, 56 семейств, 9 подсемейств, 203 рода, 30 неопределённых родов, а также 3954 вида, штаммов и/или серотипов видов и неопределённых видов вирусов.
Ранее разделяли на ДНК-содержащие и РНК-содержащие (классификация по Балтимору), теперь предлагают три порядка: Mononegavirales (вирусы, содержащие однониточные негативные РНК), Caudovirales (“хвостатые” бактериофаги), Nidovirales (от лат. nido – гнездо; вирусы, у которых субгеномный РНК-сплайсинг транскрибируется во время репликации в форме гнезда), из которых утвержденным МКТВ является только первый.
Википедия продолжает давать старую систему, так как она во всех учебниках. Согласно ей выделяются:

Класс I: вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК
Вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК для репликации попадают в ядро клетки, так как им требуется клеточная ДНК-полимераза. Также репликация ДНК этих вирусов сильно зависит от стадии клеточного цикла. В некоторых случаях вирус может вызывать деления клетки, что может приводить к раковому перерождению. Примерами таких вирусов являются Herpesvirales, Adenoviridae, Papillomaviridae и Polyomaviridae.

Класс II: вирусы, содержащие одноцепочечную ДНК
Вирусы семейств Circoviridae и Parvoviridae реплицируют геномную ДНК в ядре и в ходе репликации образуют интермедиат — двуцепочечную ДНК.

Класс III: вирусы, в которых РНК способна к репликации (редупликации)
Класс III включает в себя два крупных семейства — Reoviridae и Birnaviridae. Репликация моноцистронная, геном сегментирован, каждый ген кодирует один белок.

Классы IV и V: вирусы, содержащие одноцепочечную РНК
Классы IV и V включают вирусы двух типов, репликация которых не зависит от стадии клеточного цикла. Наряду с вирусами, содержащими двуцепочечную ДНК, эти вирусы наиболее изучены.

Класс IV: вирусы, содержащие одноцепочечную (+)РНК
Непосредственно на геномной РНК вирусов IV класса может идти синтез белка на рибосомах клетки хозяина.

Вирусы данного класса включают в семейства: Nidovirales, Picornavirales (Picornaviridae), Tymovirales, Astroviridae, Caliciviridae, Flaviviridae, Togaviridae, Virgaviridae и др.

Класс V: вирусы, содержащие одноцепочечную (−)РНК
Геномные РНК вирусов класса V не могут быть транслированы на рибосомах клетки хозяина, предварительно требуется транскрипция вирусными РНК-полимеразами в (+)РНК.

Представители данного класса входят в состав таксонов: Bunyavirales, Mononegavirales, Arenaviridae, Ophioviridae, Orthomyxoviridae и Deltavirus.

Класс VI: вирусы, содержащие одноцепочечную (+)РНК, реплицирующиеся через стадию ДНК
Наиболее хорошо изученным семейством данного класса вирусов, являются ретровирусы. Вирусы класса VI используют фермент обратную транскриптазу для превращения (+)РНК в ДНК. Вместо использования РНК в качестве матрицы для синтеза белков, вирусы этого класса используют матрицу ДНК, которая встраивается в геном хозяина ферментом интегразой. Дальнейшая репликация происходит при помощи полимераз клетки хозяина. Наиболее хорошо изученным представителем данной группы вирусов является ВИЧ.

Класс VII: вирусы, содержащие двуцепочечную ДНК, реплицирующиеся через стадию одноцепочечной РНК
Небольшая группа вирусов, в состав которой входит вирус гепатита B, представитель семейства Hepadnaviridae, имеют двуцепочечную геномную ДНК, которая ковалентно замкнута в форме кольца и является матрицей для синтеза мРНК вируса, а также субгеномных РНК. Субгеномная РНК служит матрицей для синтеза ДНК-генома ферментом обратной транскриптазой вируса.

В общем наиболее близкими к бактериям являются все же ДНК-содержащие, как я понимаю, но более распространены простые РНК-содержащие, там никаких промежуточных звеньев нет, сразу загружается программа непосредственно для синтеза нужных белков в рибосомы хозяина.
Из поражающих человека ДНК-содержащие - оспа, герпес. Остальные почти все с РНК.

Кроме вирусов, в царстве Vira рассматриваются и другие молекулярные паразиты, которые систематизируются в рамках неопределенных таксонов. Это вироиды (Viroid), где в настоящее время выделено два семейства и 8 родов, сателлиты вирусов (Sattelites) и прионы (Prions). Все это недавно открыто и является чем-то промежуточным между вирусом и просто ядом, как я понимаю.