Режим амплификации для вируса гепатита с

Для объявления электронного аукциона и определения начальной (максимальной) цены контракта просим предоставить ценовую информацию на следующий товар:

Набор реагентов для выявления и количественного определения ДНК метициллин-чувствительного и метициллин-резистентного Staphylococcus aureus, метициллин-резистентных коагулазонегативных Staphylococcus spp. в биологическом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией

Реагент для взятия, транспортировки и хранения мазков из верхних дыхательных путей

Реагент должен быть предназначен для взятия, транспортировки и хранения мазков из верхних дыхательных путей. Должна быть возможность транспортировки/хранения клинического материала при комнатной температуре в течение не менее 1 ч, при температуре от не выше 2 до не ниже 8 град С до не менее 24 часов, при температуре не выше минус 16 град С в течение не менее 1 недели. Транспортная среда должна содержать раствор фосфатного буфера с добавлением консерванта и криоконсерванта Транспортная среда должна препятствовать преждевременному лизису клеток в мазке Транспортная среда должна препятствовать росту посторонней микрофлоры. Транспортная среда должна стабилизировать микроорганизмы в процессе фазового перехода при замораживании-оттаивании образца. Количество пробирок должно быть не менее 100 шт. по не менее 0,5 мл.

Комплект реагентов для выделения ДНК из клинического материала

Комплект реагентов должен быть предназначен для выделения ДНК из клинического материала. Должна быть возможность выделения ДНК из клинического материала с использованием сорбции на силикагеле. Должна быть возможность выделения ДНК из цельной крови, плазмы, клеточного осадка мочи, слюны, ликвора, мокроты, биоптатов, бронхо-альвеолярного лаважа и промывных вод бронхов, фекалий. Должна быть возможность использования внутреннего контрольного образца на этапе выделения нуклеиновых кислот. Должно быть наличие лизирующего раствора, ТЕ-буфера для элюции ДНК, универсального сорбента. Должно быть наличие не менее двух растворов для отмывки. Количество проб должно быть не менее 100.

Комплект реагентов для выделения ДНК из клинического материала

Комплект реагентов должен быть предназначен для выделения ДНК из клинического материала. Должна быть возможность выделения ДНК из клинического материала (мазки, соскобы слизистых оболочек, а также эрозивно-язвенных элементов слизистых и кожи человека) с использованием сорбции на силикагеле. Должна быть возможность использования внутреннего контрольного образца на этапе выделения нуклеиновых кислот. Должно быть наличие комплекта контрольных образцов ВКО, ОКО. Должно быть наличие лизирующего раствора. Должно быть наличие универсального сорбента. Должно быть наличие растворов для отмывки и элюции ДНК. Количество проб должно быть не менее 100.

Комплект реагентов для выделения РНК/ДНК из клинического материала

Комплект реагентов должен быть предназначен для выделения РНК/ДНК из клинического материала. Должна быть возможность выделения РНК/ДНК методом высаживания из клинического материала для последующего анализа методом обратной транскрипции и полимеразной цепной реакции. Должна быть возможность выделения РНК/ДНК из плазмы периферической крови, ликвора, амниотической жидкости, мазков из носа и зева, слюны. Должно быть наличие лизирующего раствора. Должно быть наличие раствора для преципитации. Должно быть наличие не менее двух растворов для отмывки. Должно быть наличие РНК-буфера. Рассчитан на количество проб не менее 100.

Сроки проведения закупки: декабрь 2017 г.

Порядок оплаты: Заказчик производит оплату по факту поставки товара до 30 декабря 2018г.

Размер обеспечения исполнения контракта: обеспечение исполнения контракта в размере 5% от начальной (максимальной) цены контракта.

Сроки предоставления ценовой информации: в течение 5 календарных дней.

Из ответа на запрос определяется цена единицы товара и общая цена контракта на условиях, указанных в запросе, срок действия предлагаемой цены, расчет такой цены с целью предупреждения намеренного завышения или занижения цен товаров.

Система для проведения ПЦР-реакции Abbott RealTime mSystems – это универсальная платформа для консолидации различных ПЦР исследований, а также для роста объема тестирований в вашей лаборатории.

Системы Abbott RealTime разработаны так, чтобы получать одинаково точные результаты как при больших, так и при малых объемах исследований. Во всех системах Abbott используются одинаковые реагенты для экстракции, амплификации и детекции. В результате, при увеличении объемов тестирования, вы можете ожидать получение высокоточных результатов вне зависимости от того, какую систему вы используете.

m2000rt
Полная автоматизация амплификации и детекции ДНК, РНК или общих НК.

m2000sp
Полная автоматизация пробоподготовки для больших объемов исследований, включая смешивание мастер-микса и раскапывание в планшет для ПЦР.

m24
Автоматизация пробоподготовки для небольших объемов исследований. Полная автоматизация процесса выделения НК

Экстракция вручную
Пробоподготовка вручную для лабораторий с небольшими объемами. Обеспечивает экстракцию на таком же высоком уровне, как и на системах семейства Abbott mSystems.

Артикул	Название	Кол-во определений
нет	Набор реагентов для определения вируса папилломы высокого риска методом ПЦР в режиме реального времени Abbott Real Time High Risk HPV	96 опр
нет	Набор реагентов in vitro для качественного определения 1 типа (ВИЧ-1) методом ПЦР в режиме реального времени RealTime HIV-1 Qualitative	96 опр
нет	Наборы реагентов in vitro для определения ДНК цитомегаловируса методом ПЦР в режиме реального времени Abbott RealTime CMV	96 опр
нет	Набор реагентов in vitro для определения вирусной нагрузки ВИЧ методом ПЦР в режиме реального времени	96 опр
нет	Реагенты in vitro для определения генотипа вируса гепатита C методом ПЦР в режиме реального времени	96 опр
нет	Реагенты in vitro и расходные материалы для определения вирусной нагрузки гепатита В методом ПЦР в режиме реального времени	96 опр
нет	Набор реагентов in vitro для определения вирусной нагрузки гепатита C методом ПЦР в режиме реального времени	96 опр
нет	Набор реагентов для генотипирования вируса иммунодефицита человека ViroSeq HIV-1 с целью выявления мутаций лекарственной устойчивости	96 опр

Abbott - международная компания, деятельность которой направлена на улучшение жизни людей за счет разработки продукции и технологий в сфере здравоохранения. Являясь мировым лидером в области диагностики invitro, Abbott предлагает широкий спектр инновационного лабораторного диагностического оборудования и тест-систем для ЛПУ различного профиля, референс-лабораторий, банков крови, поликлиник и клинических лабораторий. Диагностическая продукция Abbott играет огромную роль в развитии медицинской лабораторной диагностики за счет внедрения в практику новейших научных исследований и новейших технологических решений, позволяющие повысить качество медицинского обслуживания пациентов.

Новый набор реагентов для выявления ДНК вируса герпеса человека 8 типа методом ПЦР в режиме реального времени РеалБест ДНК ВГЧ-8 more

Получена СЕ марка на ПЦР-наборы для диагностики ИППП, респираторных инфекций, кандидоза, ВПЧ-инфекции. more

ID] => 2409 [TIMESTAMP_X] => 18.06.2019 09:49:15 [

TIMESTAMP_X] => 18.06.2019 09:49:15 [MODIFIED_BY] => 9321 [

MODIFIED_BY] => 9321 [DATE_CREATE] => 18.06.2019 09:49:15 [

DATE_CREATE] => 18.06.2019 09:49:15 [CREATED_BY] => 9321 [

CREATED_BY] => 9321 [IBLOCK_ID] => 17 [

IBLOCK_ID] => 17 [IBLOCK_SECTION_ID] => 2407 [

IBLOCK_SECTION_ID] => 2407 [ACTIVE] => Y [

ACTIVE] => Y [GLOBAL_ACTIVE] => Y [

GLOBAL_ACTIVE] => Y [SORT] => 9400 [

SORT] => 9400 [NAME] => Вирус гепатита В [

NAME] => Вирус гепатита В [PICTURE] => [

PICTURE] => [LEFT_MARGIN] => 207 [

LEFT_MARGIN] => 207 [RIGHT_MARGIN] => 208 [

RIGHT_MARGIN] => 208 [DEPTH_LEVEL] => 3 [

DEPTH_LEVEL] => 3 [DESCRIPTION] => [

DESCRIPTION] => [DESCRIPTION_TYPE] => text [

DESCRIPTION_TYPE] => text [SEARCHABLE_CONTENT] => ВИРУС ГЕПАТИТА В [

SEARCHABLE_CONTENT] => ВИРУС ГЕПАТИТА В [CODE] => [

SOCNET_GROUP_ID] => [LIST_PAGE_URL] => /prod/index.php [

LIST_PAGE_URL] => /prod/index.php [SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2409 [

SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2409 [IBLOCK_TYPE_ID] => products [

IBLOCK_TYPE_ID] => products [IBLOCK_CODE] => catalog [

IBLOCK_CODE] => catalog [IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [

EXTERNAL_ID] => [IPROPERTY_VALUES] => Array ( ) [PATH] => Array ( [0] => Array ( [ID] => 2403 [

ID] => 2403 [CODE] => root_pcr [

CODE] => root_pcr [XML_ID] => [

EXTERNAL_ID] => [IBLOCK_ID] => 17 [

IBLOCK_ID] => 17 [IBLOCK_SECTION_ID] => [

IBLOCK_SECTION_ID] => [SORT] => 8800 [

SORT] => 8800 [NAME] => ПЦР диагностика [

NAME] => ПЦР диагностика [ACTIVE] => Y [

ACTIVE] => Y [DEPTH_LEVEL] => 1 [

DEPTH_LEVEL] => 1 [SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2403 [

SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2403 [IBLOCK_TYPE_ID] => products [

IBLOCK_TYPE_ID] => products [IBLOCK_CODE] => catalog [

IBLOCK_CODE] => catalog [IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [

IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [GLOBAL_ACTIVE] => Y [

GLOBAL_ACTIVE] => Y [IPROPERTY_VALUES] => Array ( ) ) [1] => Array ( [ID] => 2407 [

EXTERNAL_ID] => [IBLOCK_ID] => 17 [

IBLOCK_ID] => 17 [IBLOCK_SECTION_ID] => 2403 [

IBLOCK_SECTION_ID] => 2403 [SORT] => 9200 [

SORT] => 9200 [NAME] => Вирусные гепатиты [

NAME] => Вирусные гепатиты [ACTIVE] => Y [

ACTIVE] => Y [DEPTH_LEVEL] => 2 [

DEPTH_LEVEL] => 2 [SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2407 [

SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2407 [IBLOCK_TYPE_ID] => products [

IBLOCK_TYPE_ID] => products [IBLOCK_CODE] => catalog [

IBLOCK_CODE] => catalog [IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [

IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [GLOBAL_ACTIVE] => Y [

GLOBAL_ACTIVE] => Y [IPROPERTY_VALUES] => Array ( ) ) [2] => Array ( [ID] => 2409 [

EXTERNAL_ID] => [IBLOCK_ID] => 17 [

IBLOCK_ID] => 17 [IBLOCK_SECTION_ID] => 2407 [

IBLOCK_SECTION_ID] => 2407 [SORT] => 9400 [

SORT] => 9400 [NAME] => Вирус гепатита В [

NAME] => Вирус гепатита В [ACTIVE] => Y [

ACTIVE] => Y [DEPTH_LEVEL] => 3 [

DEPTH_LEVEL] => 3 [SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2409 [

SECTION_PAGE_URL] => /prod/index.php?SECTION_ID=2409 [IBLOCK_TYPE_ID] => products [

IBLOCK_TYPE_ID] => products [IBLOCK_CODE] => catalog [

IBLOCK_CODE] => catalog [IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [

IBLOCK_EXTERNAL_ID] => [GLOBAL_ACTIVE] => Y [

GLOBAL_ACTIVE] => Y [IPROPERTY_VALUES] => Array ( ) ) ) ) [SECTIONS_COUNT] => 0 )

РеалБест ДНК ВГВ (форма 2)

Набор реагентов для выявления ДНК вируса гепатита В методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. Форма 1 набора включает комплект реагентов для выделения ДНКФорма 2 набора не содержит реагентов для выделения ДНК .

Чувствительность: 5 МЕ/мл

РеалБест ДНК ВГВ количественный

Набор реагентов для выявления и количественного определения ДНК вируса гепатита В методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. Набор содержит реагенты для выделения ДНК.

Чувствительность: 5 МЕ/мл

РеалБест ВГВ ПЦР (вариант 1/количественный)

РеалБест ВГВ ПЦР (вариант 2)

Набор реагентов для выявления и количественного определения ДНК вируса гепатита В методом ПЦР в режиме реального времени. Не содержит реагентов для выделения ДНК.

За звучной аббревиатурой ПЦР скрывается сложная и не слишком понятная для рядового пациента расшифровка — полимеразная цепная реакция. Что же такое ПЦР-диагностика, на чем она основана и почему в последнее время ее стали считать самой перспективной технологией в постановке диагнозов, касающихся инфекционных и вирусных заболеваний? Мы расскажем о преимуществах ПЦР-метода, его особенностях и этапах проведения.

ПЦР-диагностика: что это такое?

Диагностика методом ПЦР существует чуть более 30 лет. Значительно эволюционировав за это время, она зарекомендовала себя как один из наиболее точных способов выявления инфекций. В основе метода лежит принцип многократного увеличения микроскопических концентраций фрагментов ДНК возбудителя в биологической пробе пациента в искусственных условиях. В результате сложного процесса, называемого амплификацией, под воздействием ферментов и изменения температуры (от 50 до 95°С) из одной молекулы ДНК образуется две. При этом происходит копирование участка ДНК, который присутствует только у того вида патогенного микроорганизма, который интересует врача.

Цикл образования новой молекулы ДНК занимает всего около 3 минут, а тридцати-сорока циклов вполне достаточно, чтобы получить количество молекул, необходимое для достоверного визуального определения методом электрофореза.

Кроме амплификации, то есть простого увеличения числа копий молекулы ДНК, с помощью ПЦР можно производить и другие манипуляции с генетическим материалом, например, сращивать фрагменты ДНК, вводить мутации и т.д. Это позволяет использовать ПЦР не только для диагностики инфекционных и генетических заболеваний, но и для установления отцовства, клонирования и выделения новых генов.

ПЦР-диагностика проводится в специальных лабораториях с помощью амплификационного оборудования. На сегодня существует множество различных модификаций ПЦР, включая технологии с использованием не только ДНК, но и фрагментов рибонуклеиновой кислоты (РНК). В некоторых из них амплификация осуществляется при постоянной температуре, и для их проведения специальное оборудование не требуется.

Еще одна популярная модификация ПЦР — мультиплексная амплификация (МПА), которая позволяет проводить исследование сразу нескольких изучаемых фрагментов в одной пробирке. Это не только ускоряет и удешевляет проведение анализа, но и позволяет рассматривать одни фрагменты, получившиеся в результате реакции, в качестве положительных маркеров для других, что еще больше увеличивает точность исследования методом ПЦР.

В клинической медицине ПЦР-диагностика является одним из наиболее востребованных методов анализа в самых разных сферах:

Прямое определение возбудителя инфекции. Некоторые традиционные методы, такие как иммуноферментный анализ (ИФА), выделяют только белки-маркеры, которые являются продуктом жизнедеятельности возбудителей инфекции, а потому только косвенно указывают на присутствие микроорганизмов. Наличие специфического участка в ДНК, выявленное с помощью ПЦР, безошибочно или почти безошибочно указывает на присутствие конкретной инфекции.
Высокая специфичность метода . Она обусловлена тем, что в исследуемом материале выявляется фрагмент ДНК, характерный только для конкретного возбудителя инфекции. Специфичность исключает возможность ложных результатов анализа, тогда как в иммунологических методах исследований ошибки вполне вероятны из-за перекрестной реакции антигенов.
Высокая чувствительность . При помощи ПЦР-диагностики можно выявить присутствие в организме даже единичных клеток вирусов или бактерий в тех случаях, когда обычными методами сделать это практически невозможно. ПРЦ определяет наличие всего 10–100 клеток в пробе, тогда как иммунологическими и микроскопическими тестами можно определить наличие инфекции при количестве клеток не менее 103–105.
Универсальность . Сходство состава всех ДНК или РНК дает возможность применять универсальные методы лабораторных исследований, диагностируя сразу несколько возбудителей из одной биологической пробы.
Скорость получения результатов . Поскольку для проведения ПЦР-диагностики не нужен посев и выделение культуры возбудителя, то и большого количества времени на нее не требуется. Весь цикл — от забора биоматериала до получения результатов — занимает 4–5 часов.
Диагностика латентных инфекций . ПЦР-методом диагностируются трудно культивируемые и некультивируемые формы микроорганизмов, встречающиеся в тех случаях, когда заболевание протекает в скрытой форме.

Методом ПЦР можно выявлять возбудителей инфекции не только в организме человека, но и в почве, воде, продуктах питания.

Тем не менее не стоит думать, что ПЦР-диагностика не имеет недостатков. У нее есть свои ограничения, но их количество настолько незначительно, что не может отрицательно повлиять на популярность и эффективность метода:

Вероятность амплификации ДНК не только живого, но и погибшего микроорганизма . При проведении ПЦР-диагностики для контроля эффективности лечения необходимо соблюдать определенные требования. В частности, проводить ПЦР нужно после определенного промежутка времени (1–2 месяца), за который происходит полное исчезновение возбудителя инфекции в организме.
Возможность возникновения перекрестной реакции . Подбор фрагментов ДНК (праймеров) осуществляется на основе знаний о генетическом строении конкретного микроорганизма. Но теоретически такой же фрагмент может присутствовать и у других микроорганизмов, геном которых на сегодняшний день еще не расшифрован. Их присутствие в пробе может привести к ложноположительному результату анализа.
Изменчивость микроорганизмов . Эта способность возбудителей к мутации иногда приводит к тому, что некоторые их штаммы становятся неуловимыми в процессе ПЦР-анализа.

Чтобы уменьшить риски, разработаны стандарты объемов испытаний тест-систем ПЦР-диагностики, включающие проверку на перекрестные реакции и тестирование всех известных штаммов конкретного возбудителя.

ПЦР-диагностика проводится в специальной лаборатории в несколько этапов.

Забор биоматериала . Процедура, предшествующая непосредственному анализу, которая осуществляется в процедурном кабинете соответствующего профиля. Забор делается с помощью стерильного оборудования только в стерильные пробирки. Материалом для исследования могут быть:
- Эпителиальные соскобы со слизистых оболочек: из уретры, из цервикального канала, со слизистой дыхательных путей и зева, из конъюнктивы. Забор проводится с помощью специального ершика, при этом недопустимо попадание в материал следов крови.
- Моча . Собираются первые 50 г утренней мочи в стерильную емкость. Материал используется для диагностики мочеполовых инфекций.
- Мокрота . Используется для ПЦР-диагностики туберкулеза и респираторных форм микоплазмоза и хламидиоза. Мокроту собирают в стерильный флакон в количестве 15–20 мг.
- Кровь, сыворотка, плазма . С их помощью диагностируются гепатиты, герпес, ВИЧ-инфекция. Для анализа используется венозная кровь (1–1,5 мл), собранная у пациента натощак в стерильную пробирку. Хранить биоматериал можно не более суток при температуре 4°С. Замораживать кровь категорически запрещается.
- Биологические жидкости . К ним относятся слюна, сок простаты, околоплодная, плевральная, спинномозговая, суставная жидкости. Собираются при помощи пункции с использованием стерильного инструментария в количестве 0,1–1,5 мл в стерильные пробирки.
- Биоптаты , т.е. материалы, полученные путем биопсии. Обычно на анализ отправляют биоптаты двенадцатиперстной кишки или желудка, чтобы выявить хеликобактерную инфекцию. Объем материала 2–3 мм 3 .
Хранение и транспортировка биоматериала . Хранить образцы можно при комнатной температуре не более 2 часов. Если необходимо длительное хранение, то пробы помещают в холодильник с температурой 2–8°С на срок не более одних суток. Допустимо хранение некоторых биоматериалов в течение двух недель в замороженном виде при температуре -20°С. Оттаивание и повторное замораживание проб запрещено. Транспортировка, если она необходима, должна проводиться в специальных термоконтейнерах или термосах с соблюдением всех правил хранения и перевозки биоматериалов.
Выделение ДНК из образца . Способ выделения зависит от вида определяемого микроорганизма и от вида биологического образца. Если, например, анализируется соскоб эпителиальных клеток, используется так называемый метод твердофазной сорбции, заключающийся в добавлении в образец специального вещества, концентрации ДНК на сорбенте и его многократной отмывке буферным раствором.
Проведение ПЦР . Некоторое количество образца из биологической пробы переносится в специальную микроцентрифужную пробирку. Туда же добавляется амплификационная смесь, имеющая сложный состав, в объеме 25 мл. Пробирки устанавливают в программируемый термостат, и автоматическом режиме проводится амплификация. Время ее проведения зависит от заданной программы и составляет 2–3 часа. Одновременно с опытными пробами проводятся контрольные — положительные , включающие в себя контрольный препарат ДНК исследуемого возбудителя, и отрицательные , не содержащие исследуемую ДНК. Количество циклов амплификации варьирует от 30 до 40, более 40 циклов проводить не рекомендуется, так как это способствует увеличению количества неспецифических продуктов в пробе.
Регистрация результатов . Фрагмент ДНК, характерный для возбудителя инфекции, выделяют методом электрофореза в присутствии специального вещества — бромистого этидия. Его соединение с фрагментами ДНК дает светящиеся полосы при облучении ультрафиолетовым излучением. Образец помещают в камеру для электрофореза и в течение 35–40 минут проводят разделение продуктов амплификации. После этого образец просматривают в ультрафиолетовом свете — наличие оранжевой светящейся полосы свидетельствует о положительном результате.
Интерпретация результатов исследования . Результат ПЦР-диагностики может быть либо положительным, либо отрицательным. Положительный результат говорит о том, что в организме человека обнаружены следы инфекции, причем именно в данный момент времени. Количественный результат ПЦР-анализа оценить может только врач, они индивидуальны для разных типов инфекций. На основании количественного результата можно сделать вывод о степени активности заболевания и определить характер лечения.

Цена ПЦР-диагностики зависит от того, на какую конкретно инфекцию пациент планирует проверяться, от вида анализируемого материала, методики тестирования — качественной или количественной. Цена за определение одной инфекции составляет от 200 до 800 рублей в разных клиниках. Кроме того, к стоимости анализа добавится и плата за забор биоматериала — около 400 рублей. Средняя стоимость ПЦР-диагностики разных видов приведена в таблице 1.

Таблица 1 . Примерные цены на анализы ПЦР в Москве

№ по каталогу	Наименование и краткое описание	Количество определений
D-0598	РеалБест ДНК ВГВ (форма 1)	48
D-0597	48
D-0599	48
D-0595	96
D-0596

Название анализа	Цена, руб.
Определение ДНК хламидия	750
Определение ДНК микоплазмы хоминис	540
Определение микоплазмы гениталиум	350
Определение ДНК уреаплазмы	350
Гонококк, определение ДНК	350
Определение ДНК герпеса (разные типы)	350–600
Определение ДНК кандиды	570
Вирус краснухи, определение РНК	800
Дифференцированное определение ДНК ВПЧ (разные типы)	350–1900 [1]

Images

Abstract

Description

Изобретение относится к наборам олигодезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых ДНК-зондов для идентификации генетического материала (РНК) энтеровирусов, риновирусов, вирусов гепатита А и Е в образцах воды из окружающей среды методом мультиплексной полимеразной цепной реакции и может быть использовано в вирусологии и эпидемиологии для обеспечения эпидемической безопасности населения при различных видах водопользования.

Проблема обеспечения эпидемической безопасности населения России при различных видах водопользования является приоритетной государственной задачей в системе предупредительного санитарно-эпидемиологического надзора. Будучи одним из ведущих в реализации кишечных вирусных инфекций, водный путь передачи в настоящее время является одним из основных в формировании спорадической и вспышечной заболеваемости.

Метод полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) является наиболее распространенным методом, используемым в лабораторной практике для дифференциальной диагностики инфекционных заболеваний. В основе метода лежат две реакции - обратная транскрипция и полимеразная цепная реакция. В реакции обратной транскрипции на матрице вирусной РНК строится комплиментарная ДНК (кДНК). В следующей за реакцией обратной транскрипции ПЦР происходит многократное избирательное удвоение целевого участка кДНК (амплификация). Амплифицируемый участок кДНК является маркерным, так как строго ограничен последовательностями ДНК-затравок (праймеров), без которых невозможно протекание ПЦР. Для детекции накопления продуктов амплификации в режиме реального времени помимо пары праймеров необходим также флуорисцентно-меченый ДНК-зонд. Сложность выбора праймеров и зонда обусловлена требованием их строгой видоспецифичности. В случае если выбранные олигонуклеотиды не обладают видовой специфичностью к целевому объекту либо не обладают достаточной гомологией к целевой нуклеотидной последовательности, возможны ложноотрицательные результаты исследования. В случае если выбранные праймеры и зонды демонстрируют сродство к нецелевым последовательностям ДНК, то возможны ложноположительные результаты исследования. Правильный выбор сочетания пары праймеров и флуоресцентно-меченого ДНК-зонда позволяет осуществить строго специфическую амплификацию целевого фрагмента кДНК и провести детекцию накопления продуктов ПЦР в режиме реального времени.

Для диагностики вирусов гепатита А методом ПЦР используются набор реагентов для выявления РНК вируса гепатита A (HAV) в клиническом материале и объектах окружающей среды методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией "АмплиСенс® HAV-F (http://www.product_3056.html).

Для диагностики вируса гепатита Е методом ПЦР наборы на территории России не выпускаются.

Наиболее близким аналогом (прототипом) является набор для детекции кДНК риновируса человека методом ПЦР, включающий набор праймеров: "АмплиСенс®ОРВИ-скрин-FL" (ЦНИИ Эпидемиологии, г. Москва). Указанный набор реагентов позволяет выявлять возбудителей острых респираторных вирусных инфекций человека (ОРВИ) (РНК респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1-4 типов, коронавирусов, риновирусов, ДНК аденовирусов групп B, C и E и бокавируса в клиническом материале методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с гибридизационно-флуоресцентной детекцией (http://www.pacxodka39.ru/product_3056.html)..

Таким образом, в настоящее время мультиплексные ПЦР тест-системы для одновременной диагностики энтеровирусов, риновирусов, вирусов гепатита А и Е на территории России и за рубежом не известны. Тем более нет специализированных тест-систем для выявления вирусов в образцах воды.

Техническим результатом заявляемого изобретения является создание набора реагентов: праймеры и флуоресцентно-меченые зонды, позволяющие идентифицировать энтеровирусы, риновирусы, вирусы гепатита А и Е, методом мультиплексной ПЦР в реальном времени.

Указанный технический результат достигается разработкой набора олиго-дезоксирибонуклеотидных праймеров и флуоресцентно-меченых ДНК-зондов для идентификации РНК энтеровирусов, риновирусов, вирусов гепатита А и Е из водной среды методом мультиплексной полимеразной цепной реакциии и имеющие представленную ниже (и в приложении к заявке) структуру нуклеотидных последовательностей:

для выявленя РНК риновирусов:

- прямые (F1 и F2) и обратные (R1 и R2) праймеры:

- флуоресцентно-меченые ДНК-зонды (Z1 и Z2):

для выявления РНК всех энтеровирусов A, B, C, D и полиовирусов:

Читайте также:

Режим амплификации для вируса гепатита с

ПЦР-диагностика: что это такое?

Links

Images

Abstract

Description