Классификация вирусов по родам и видам

Классификация Вирус представляет собой процесс именования вирусов и поместить их в таксономической системе. Подобно системы классификации , используемым для клеточных организмов , классификация вируса является предметом продолжающихся дискуссий и предложений. Это в основном связано с псевдо-живой природе вирусов, который должен сказать , что они неживые частицы с некоторыми химическими характеристиками , аналогичными жизни, или не-клеточной жизни . Как таковые, они не вписываются в установленные биологической классификации системы в месте для клеточных организмов.

Вирусы, в основном , классифицируются по фенотипическим характеристикам, таким как морфологии , нуклеиновых кислот типа, режим репликации, организмов - хозяев , и типа заболевания они вызывают. Формальная таксономической классификации вирусов ответственность Международного комитета по таксономии вирусов системы (ICTV), хотя классификация Baltimore система может быть использована для размещения вирусов в один из семи групп , основанных на их основе синтеза мРНК. Конкретные соглашения об именовании и дальнейшие рекомендации классификаций изложены в ICTV.

Предложен каталог известных вирусов всех мировых; некоторые связанные с ними предварительные усилия были достигнуты.

содержание

определение видов Вируса

классификация ICTV

Международный комитет по таксономии вирусов начали разрабатывать и внедрять правила именования и классификации вирусов в начале 1970 - х годов, в усилие , которое продолжается до настоящего времени . ICTV является единственным органом , взимаемый Международного союзом микробиологических обществ с задачей разработки, переработки и сохранения универсального вирусом таксономии.

Система имеет много общих черт с системой классификации клеточных организмов, такие как таксон структура. Тем не менее, эта система номенклатуры отличается от других таксономических кодов на несколько точек. Несовершеннолетний, что имена заказов и их семей наклонным, в отличие от Международного кодекса номенклатуры водорослей, грибов и растений и Международного кодекса зоологической номенклатуры .

Вирусная классификация начинается на уровне области и продолжается следующим образом, с таксонами суффиксов выделен курсивом:

Realm ( -viria ) Subrealm ( -vira ) Королевство ( -viriae ) Подцарство ( -virites ) Филюм ( -viricota ) Подтип ( -viricotina ) Класс ( -viricetes ) Подкласс ( -viricetidae ) Заказать ( -virales ) ПОДОТРЯД ( -virineae ) Семья ( -viridae ) ПОДСЕМЕЙСТВО ( -virinae ) Род ( -virus ) Подрод ( -virus ) вид

Видовые названия часто принимают форму вируса [Disease] , в частности , для высших растений и животных. По состоянию на ноябрь 2018 года, используются только фила, подтип, класс, семья, порядок, подотряд, семейство, подсемейство, род и вид.

Установление порядка на основе вывода о том, что вирус семейства он содержит наиболее вероятно произошли от общего предка. Большинство вирусных семей остается неразмещённым.

По состоянию на 2018 год, только один сингл фила, два subphyla, шесть классов, 14 порядков , пять подотряда, 143 семей, 64 подсемейств , 846 родов и 4,958 видов вирусов были определены ICTV. Заказы являются следующими:

Эти заказы охватывают вирусы с различными диапазонами узлов. Ortervirales (группы VI и VII), содержащий также ретровирусы (поражающие животных , включая людей , например , ВИЧ ), ретротранспозоны (заражение беспозвоночных животных, растений и эукариотические микроорганизмы) и caulimoviruses (поражающие растения), являются недавние дополнения к системе классификации заказов.

Другие изменения происходят между заказами: Nidovirales , например, выделяют для их дифференциации в выражении структурных и неструктурных белков по отдельности.

Структура на основе классификации вирусов

Было высказано предположение, что сходство в сборке и структуре, наблюдаемой для некоторых вирусных групп заражая хосты из разных областей жизни вирион (например, бактериальное tectiviruses и эукариотические аденовирусы или прокариотическая Caudovirales и эукариот) отражают герпесвирусы эволюционной связи между этими вирусами. Таким образом, структурные отношения между вирусами было предложено использовать в качестве основы для определения более высокого уровня таксонов - структуры на основе вирусных родословных - которые могли бы дополнить существующую схему классификации ICTV.

классификации Балтимор

Балтимор классификации (впервые определены в 1971 году) представляет собой систему классификации , которая помещает вирусы в одну из семи групп в зависимости от комбинации их нуклеиновой кислоты ( ДНК или РНК ), Цепочечность (одноцепочечной или двухцепочечной), Чувство , и способ репликация . Названный в честь Дэвида Балтимора , Нобелевскую премию биолог выигрывающая, эти группы обозначены римскими цифрами . Другие классификации определяются заболеваниями , вызванных вирусом или его морфологией, ни один из которых являются удовлетворительными из - за различные вирусы либо вызывают ту же болезнь или выглядят очень похожи. Кроме того, вирусные структуры часто трудно определить под микроскопом. Классифицируя вирусы в соответствии с их геномом означает , что те , в данной категории будет все ведут себя подобным образом, предлагая некоторое представление о том , как приступить к дальнейшим исследованиям. Вирусы могут быть размещены в одном из семи следующих групп:

• Группа I : вирусы обладают двухцепочечной ДНК. Вирусы , которые вызывают ветрянку и герпес встречаются здесь.
• Группа II : вирусы обладают одноцепочечной ДНК.

Вирус семьи	Примеры (общие имена)	Вирион наг / окутан	капсида симметрия	Тип нуклеиновой кислоты	группа
1. Adenoviridae	Аденовирус, инфекционный вирус гепатита собачьего	обнаженный	икосаэдральными	Д.С.	я
2. Papovaviridae	Папилломы , полиомавирусы , обезьяний вирус вакуолизирующий	обнаженный	икосаэдральными	DS круговая	я
3. Parvoviridae	Парвовирус В19, собачий парвовирус	обнаженный	икосаэдральными	сс	II
4. герпесвирусов	Вирус простого герпеса , вирус ветряной оспы , цитомегаловирус , вирус Эпштейна-Барр	окутанный	икосаэдральными	Д.С.	я
5. Poxviridae	Вирус оспы , вирус оспы коров, овец вирус оспы, вирус ЙРЧ, обезьяна вирус оспы, вирус коровьей оспы	Сложные пальто	Сложный	Д.С.	я
6. Hepadnaviridae	Вирус гепатита B	окутанный	икосаэдральными	круговые, частично DS	VII
7. Anelloviridae	Вирус Тен Torque	обнаженный	икосаэдральными	сс круговой	II

• Группа III : вирусы обладают двухцепочечной РНК геномов, например , ротавирус .
• Группа IV : вирусы обладают положительным смысле одноцепочечной РНК геномов. Многие хорошо известные вирусы находятся в этой группе, в том числе пикорнавирусов (который представляет собой семейство вирусов , которые включают в себя хорошо известные вирусы , как вирус гепатит А, энтеровирусы, риновирусы, вирус полиомиелита и вирус ящура, рот), SARS вирус, гепатит C вирус, желтая лихорадка , вирус и краснуха вирус.
• Группа V : вирусы обладают отрицательной смысле одноцепочечной РНК геномов. Смертельные Эбола и вирусы Марбург хорошо известные представители этой группы, наряду с вирусом гриппа , кори , эпидемического паротита и бешенства .

Вирус семьи	Примеры (общие имена)	Капсида наг / окутан	капсида Symmetry	Тип нуклеиновой кислоты	группа
1. Reoviridae	Реовирус , ротавирус	обнаженный	икосаэдральными	Д.С.	III
2. Picornaviridae	Энтеровирусы , риновирусы , hepatovirus , cardiovirus , афтовирусы , полиовируса , парэховирусы , erbovirus , kobuvirus , teschovirus , Коксаки	обнаженный	икосаэдральными	сс	IV
3. Caliciviridae	вирус Норуолк	обнаженный	икосаэдральными	сс	IV
4. Togaviridae	Вирус краснухи , альфавирусный	окутанный	икосаэдральными	сс	IV
5. Arenaviridae	вирус лимфоцитарного хореоменингита	окутанный	Сложный	сс (-)	В
6. Flaviviridae	Вирус денге , гепатит C вирус, желтая лихорадка , вирус, вирус Зика	окутанный	икосаэдральными	сс	IV
7. Orthomyxoviridae	Influenzavirus A , Influenzavirus Б , Influenzavirus С , isavirus , thogotovirus	окутанный	спиральный	сс (-)	В
8. Paramyxoviridae	Вирус кори , вирус эпидемического паротита , респираторно - синцитиальный вирус , чумы крупного рогатого скота вирус, собачий вирус чумки	окутанный	спиральный	сс (-)	В
9. Bunyaviridae	California вирус энцефалита , Хантавирус	окутанный	спиральный	сс (-)	В
10. Rhabdoviridae	вирус бешенства	окутанный	спиральный	сс (-)	В
11. Filoviridae	Вирус Эбола , вирус Марбург	окутанный	спиральный	сс (-)	В
12. Coronaviridae	коронавирус	окутанный	спиральный	сс	IV
13. Astroviridae	астровирусы	обнаженный	икосаэдральными	сс	IV
14. Bornaviridae	Вирус болезни Борна	окутанный	спиральный	сс (-)	В
15. Arteriviridae	Arterivirus , лошадиный артериит вирус	окутанный	икосаэдральными	сс	IV
16. Hepeviridae	Вирус гепатита Е	обнаженный	икосаэдральными	сс	IV
17. Retroviridae	ВИЧ	окутанный	VI

• Группа VI : вирусы обладают одноцепочечных РНК -содержащих вирусов , которые копируют через ДНК - промежуточное соединение. В ретровирусы , включены в эту группу, из которых ВИЧ является членом.
• Группа VII : вирусы обладают геном двухцепочечной ДНК и репликацией с использованием обратной транскриптазы . Гепатита B вирус может быть найден в этой группе.

классификация Holmes

Холмс (1948) использовал Карлы Linnaeus системы «х биномиальные номенклатуры для классификации вирусов на 3 группы по одному порядку, Virales . Они размещены следующим образом :

LHT Система классификации вирусов

LHT Система классификации вирусов основана на химических и физических символах , как нуклеиновая кислота (ДНК или РНК), симметрии (винтовые или икосаэдрические или комплекс), наличие оболочки, диаметр капсида , количество капсомеров . Эта классификация была одобрена Временным комитетом по номенклатуре вирусов (PNVC) Международной ассоциации микробиологических обществ (1962 г.). Это выглядит следующим образом :

• Филюм Вира (делится на 2 subphyla)

• Подтип Deoxyvira (ДНК - вирусы)

• Класс Deoxybinala (двойная симметрия)

• Заказать Urovirales

• Семья Phagoviridae

• Класс Deoxyhelica (винтовая симметрия)

• Заказать Chitovirales

• Семья Poxviridae

• Класс Deoxycubica (кубическая симметрия)

• Заказать Peplovirales

• Семейство герпесвирусов (162 капсомеров)

• Заказать Haplovirales (без конверта)

• Семейный Iridoviridae (812 капсомеров)
• Семья Adenoviridae (252 капсомеров)
• Семья Papiloviridae (72 капсомеров)
• Семья Paroviridae (32 капсомеров)
• Семейный Microviridae (12 капсомеров)

• Подтип Ribovira (РНК - вирусы)

• Класс Ribocubica

• Заказать Togovirales

• Семья Arboviridae

• Заказать Tymovirales

• Семья Napoviridae
• Семья Reoviridae

• Класс Ribohelica

• Заказать Sagovirales

• Семья Stomataviridae
• Семья Paramyxoviridae
• Семья Myxoviridae

• Заказать Rhabdovirales

• подотряд Flexiviridales

• Семья Mesoviridae
• Семья Peptoviridae

• подотряд Rigidovirales

• Семья Pachyviridae
• Семья Protoviridae
• Семья Polichoviridae

субвирусные агенты

Следующие агенты меньше, чем вирусы, но только некоторые их свойства.

• Семья Avsunviroidae
  • Род Avsunviroid ; тип вида : Авокадо sunblotch вироидный
  • Род Pelamoviroid ; Типовой вид: Peach латентная вироидной мозаика
  • Род Elaviroid ; тип вида: баклажан латентных вироидного
• Семья Pospiviroidae
  • Род Pospiviroid ; типовой вид: картофельные клубни шпинделя вироидных
  • Род Hostuviroid ; тип вида: Hop трюк вироидный
  • Род Cocadviroid ; тип вида: Кокосовый cadang-cadang вироидный
  • Род Apscaviroid ; тип вида: вироидный Apple , шрам кожи
  • Род Coleviroid ; тип вида: колеус blumei вироидный 1

Спутники зависят от сочетанной инфекции клетки - хозяина вируса - помощника для продуктивного размножения. Их нуклеиновые кислоты имеют существенно различные нуклеотидные последовательности , либо из их вируса - помощника или хоста. Когда спутник субвирусный агент кодирует белка пальто , в котором она инкапсулированная, тогда оно называется вирусом спутника.

• Спутниковые вирусы
  • Одноцепочечные спутниковые РНК-вирусы
    • Подгруппа 1: Хронический пчелиный паралич вирус спутника
    • Подгруппа 2: некроз вирус спутника Tobacco
  • Двухцепочечной ДНК спутниковые вирусы ( virophages )
• Спутниковые нуклеиновые кислоты
  • Одноцепочечной ДНК спутниковые
  • Двухцепочечной РНК спутниковых
  • Одноцепочечной РНК спутниковые
    • Подгруппа 1: Крупный спутниковый РНК
    • Подгруппа 2: Малый линейный спутниковый РНК
    • Подгруппа 3: Круговой спутниковый РНК ( virusoids )

Вирусы могут распространяться вертикально (от родителей потомству) и горизонтально (от больных растений к здоровым).

Вертикальное распространение возможно при размножении вегетативными частями и семенами. В вегетативных частях зараженных растений — клубнях, луковицах, черенках — сохраняются все вирусы, поэтому и наибольший урон вирусы наносят растениям, размножающимся вегетативными органами, — картофелю, цветочным и плодово-ягодным культурам. В семенах сохраняется лишь около 20% известных вирусов, причем заражение семян очень редко может достигать 100%. Семенами возможна передача вируса штриховатой мозаики ячменя, вирусов мозаики люцерны, мозаики фасоли и сои, крапчатости нута, вирус кольцевой пятнистости малины.

Горизонтальная передача может быть контактной и векторной.

Контактное распространение происходит при соприкосновении листьев или корней зараженных растений со здоровыми. На трущихся друг о друга листьях возникают мелкие ранки (например, поломка волосков), через которые сок, содержащий вирусные частицы, может перейти из одного растения в другое. Следовательно, контактная передача возможна только для вирусов, накапливающихся в эпидермальных клетках (флоэмные вирусы контактно не передаются) и способных сохраняться в соке вне клеток растения. Для ВТМ, ХВК, вируса желтой мозаики турнепса контактный способ передачи является доминирующим. Большую угрозу представляет распространение вирусов контактным способом в период ухода за растениями, связанного с их повреждениями (культивация, пасынкование томата, ломка листьев табака).

Наиболее распространенный способ горизонтальной передачи вирусов — векторный (переносчиками). Большинство переносчиков вирусов относится к членистоногим (насекомым, клещам), имеющим колюще-сосущий ротовой аппарат. Он имеет вид жестких хитиновых щетинок, простых, подобных иголкам, или острых трубочек, схожих со шприцем. Щетинки прокалывают покровы растения и через одну трубочку нагнетают внутрь слюну, содержащую ферменты, которые расщепляют высокомолекулярные соединения сока, а через вторую — всасывают частично переваренную пищу. Следовательно, одна щетинка соединена со слюнными железами, а вторая — с пищеварительной системой. Такие особенности питания создали идеальные условия для распространения вирусов. А для флоэмных вирусов передача насекомыми, которые питаются флоэмным соком растений, — единственный природный способ попадания в места размножения. Кроме того, насекомое в поисках флоэмного сока продвигает свой стилет между клетками и выделяет застывающий слюнный коагулят, который защищает клетки растения от повреждений (рис. 1.21), что тоже очень важно для успешного заражения, так как вирусы не могут сохраняться и, тем более, размножаться в мертвых клетках.

Рис. 1.21. Ход стилета цикадки в тканях стебля томата [1]

Поэтому эффективность переноса вирусов насекомыми гораздо выше, чем при контактном заражении. Например, число частиц YBK, вносимых тлями при питании, в 1000 раз меньше, чем минимальное число частиц, необходимое для заражения растения при натирании листьев зараженным соком.

Больше всего переносчиков (около 200 видов) относится к семейству тлей, для которых характерна широкая специализация в передаче. Так, персиковая тля (Myzus persicae) может передавать до 70 разных вирусов, а один и тот же вирус способен передаваться разными тлями, хотя есть и исключения. Вирус скручивания листьев картофеля (L-eupyc) передается тремя видами тлей, а вирус тристецы цитрусовых в Новом Свете — только одним видом — цитрусовой тлей (Toxoptera citrididus). Желтую карликовость ячменя вызывает комплекс вирусов, каждый из которых передается только одним-двумя видами тли. Много вирусов переносится цикадками, для которых характерна более высокая специализации передачи, чем для тлей. Из 109 видов цикадок, известных как переносчики вирусов, 94 вида передают лишь по одному вирусу, семь видов — по два вируса, семь — по три и один вид — четыре вируса.

По взаимоотношениям с переносчиком вирусы разделяют на две- группы — неперсистентные (не сохраняющиеся в теле переносчика) и персистентные (сохраняющиеся) (табл. 1.1).

Основные различия неперсистентных и персистентных вирусов

Для приобретения вируса из растения достаточно короткого периода питания (30 с — 2 мин). Следовательно, вирус воспринимается из клеток эпидермиса

Для приобретения вируса необходимо длительное питание, не менее 30 мин. Следовательно, вирус воспринимается из клеток флоэмы

Латентный период в теле насекомого отсутствует, способность к передаче приобретается сразу после питания на больном растении

Для приобретения способности к передаче требуется латентный период в теле насекомого от нескольких дней до нескольких недель

Вирофорные (приобретшие вирус) насекомые быстро теряют способность к передаче вирусов

Вирофорные насекомые сохраняют способность к передаче вируса длительное время, иногда — всю жизнь

Неперсистентные вирусы находятся в паренхиме, как правило, вызывают мозаики и передаются, в основном, тлями. Наиболее важные их представители — вирусы мозаики свеклы, фасоли, огурцов, У, А и М-вирусы картофеля. Они адсорбируются на элементах ротового аппарата — стилета и счищаются с него при повторных актах питания. После линьки, при которой сбрасываются все хитиновые части насекомого, включая стилет, вирофорные тли теряют способность к передаче. Специфичность тлей и вирусов обусловлена тем, что адсорбция на стилете вирусных частиц может происходить только при определенных физико-химических свойствах поверхностей стилета и вирусных частиц. Некоторые вирусы (ВТМ, ХВК)

вообще нс способны передаваться насекомыми, а другие (YBK) связываются со стилетом не непосредственно, а с помощью специального белка- посредника, кодируемого геномом вируса.

Персистентные вирусы локализованы во флоэме и вызывают желтухи. Они передаются цикадками, тлями, трипсами, белокрылками. Латентный период в теле переносчика необходим им для размножения в его теле и перехода из пищеварительного тракта в слюнные железы, из которых они могут извергаться при питании переносчика. От скорости размножения зависит длина латентного периода. Так, латентный период вируса мозаики чертополоха в теле тлей, которых содержали при температуре 25°С, составил восемь дней, а при температуре 5°С, когда размножение вируса замедлено, — 46 дней. Некоторые персистентные вирусы могут в теле цикадок передаваться от одного поколения другому через отложенные яйца (трапсовариально). В России встречаются два таких вируса: русской мозаики озимой пшеницы и штриховатости риса.

Некоторые вирусы имеют смешанные свойства и называются полуперсистентными. Они не имеют латентного периода и не сохраняются после линьки, но приобретаются после длительного питания тлей на зараженном растении, и эффективность передачи усиливается с увеличением периода питания на зараженном и здоровом растениях. Таковы вирус желтухи свеклы и вирус тристецы цитрусовых. Они находятся во флоэме зараженных растений и в глотке вирофорных тлей.

Почвообитающие вирусы распространяются нематодами и грибами. Нематоды распространяют около 20 вирусов, многие из которых вызывают кольцевые пятнистости па листьях и могут сохраняться в семенах и в корневищах сорных растений. Важнейшие из них — вирус кольцевой пятнистости табака, малины, вирус погремковости табака, вирус розе- точности персика и др. Их переносчики — свободноживущие нематоды из родов ХурЫпета, Trichodorus, Longodorus. Они имеют хитиновый стилет для прокалывания покровной ткани растения и питаются всасыванием клеточного содержимого. Хитридиевые грибы передают вирусы, частицы которых адсорбируются на поверхности зооспор. На поверхности корневых волосков зооспоры инцистируются (покрываются оболочками), после чего вирусные частицы оказываются под оболочкой. Когда содержимое зооспоры переливается в клетку корня, вирусы также оказываются в клетке. Таким способом гриб Olpidium brassicae распространяет вирус некроза табака, a Olpidium cucurbitae — вирус некроза огурцов. Ряд вирусов злаков (желтая мозаика ячменя, американская мозаика пшеницы, мозаика овса) передаются миксомицетом Polymyxa graminis.

Попытки создания иерархической линнеевской системы (отдел — класс — порядок — семейство — род — вид) вирусов оказались неудачными вследствие их полифилетического происхождения (от разных предков). Поэтому созданы лишь системы низших таксонов — порядков и ниже. Разделение на порядки основано на структуре генома: ДНК или РНК, число цепей, плюс- и минус-цепи. Название порядка заканчивается словом virales.

Разделение на семейства проводится на основе структуры частиц (спиральная или кубическая симметрия капсида, наличие мембраны), формы частицы, а также способов передачи. Наименование семейств заканчивается суффиксом viridae. В роды объединяют сходные вирусы, различающиеся кругом хозяев, вирулентностью. Наименования родов заканчиваются словом virus. Виды обозначаются традиционным наименованием. Некоторые примеры системы приведены в табл. 1.2.

Классификация вирусов растений (по рекомендациям Международного номенклатурного комитета, 2005 г.)