Пробирки на пцр коронавируса название
Фоновое изображение: Realstock | Shutterstock.com
Что должен включать набор для выявления РНК коронавируса в образцах? Три компонента: реагенты для экстракции РНК, реагенты для обратной транскрипции, то есть перевода РНК в ДНК, и реагенты для ПЦР. Последний компонент состоит из ферментов, буфера и праймеров — олигонуклеотидов, комплементарных каким-либо последовательностям генома коронавируса.
Однако обычно тест-системы включают еще и внутренний контрольный образец — молекулу РНК, защищенную от действия нуклеаз, которую при анализе добавляют в образец на первой стадии — стадии выделения, чтобы она вместе с мишенью проходила все этапы лабораторного исследования и в конце дала свой собственный сигнал, который покажет, что на всех этапах все было хорошо.
У уже зарегистрированного набора ЦСП чувствительность как раз 10 3 в мазках со слизистой (так указано в инструкции к набору, которая имеется в распоряжении редакции). По нашей информации, примерно такой же чувствительности добиваются в разработке НИЦ им. Н.Ф. Гамалеи.
Чем плоха низкая чувствительность? Возможна ситуация, когда пациент явно инфицирован, но концентрация вируса в пробе у него ниже, чем 10 5 . В этом случае результат тестирования будет отрицательным. Тест не выявит начало заболевания, либо слишком рано будет принято решение о том, что выздоравливающий пациент больше не выделяет вирусы и не может никого инфицировать. А он ходит по улице, и он заразен. (По данным китайских исследователей, выделение вируса может продолжаться до 37 дней.)
С ложноотрицательными результатами теста разобрались. Теперь о ложноположительных срабатываниях, то есть о специфичности. Любой тест может показывать у некоторого числа здоровых людей заболевание. В спокойной обстановке в этом нет ничего страшного, поскольку можно десять раз перепроверить анализы у каждого пациента. Совсем другое дело — ситуация эпидемии. В этом случае диагностика опять выдает управленческим структурам недостоверную информацию о количестве инфицированных, принимается решение о проведении клинических и лечебных мероприятий в отношении пациентов, которые вообще не болеют. Ресурсы здравоохранения направляются на ложные цели.
Однако это вопрос про праймеры для реакции амплификации. Если праймеры специфичны именно к этому вирусу, то все хорошо, если же праймеры могут отжигаться на нецелевую мишень, то получим ложнопозитивный результат. К сожалению, саму последовательность праймеров многие разработчики — не все — держат в секрете, поэтому редакция не располагает информацией, на гены каких именно белков и на какие участки этих генов они созданы.
С другой стороны, ВОЗ пишет, что в настоящее время известно о циркуляции среди населения четырех сезонных коронавирусов (HCoV-229E, -OC43, -NL63 и -HKU1), которые, как правило, вызывают заболевания верхних дыхательных путей — от легких до средней тяжести. Поэтому испытания теста должны проводиться на как можно более широкой панели, чтобы отсечь ложные срабатывания. Желательно, чтобы образцы были от пациентов, либо в панель должны быть включены вирусы, генетически наиболее близкие этому коронавирусу и достаточно широко распространенные.
Сколько именно неспецифичных срабатываний дает тест, сказать нельзя, но из общих соображений эксперты называют цифру до 10%.
По тест-системам, разрабатываемым другими группами, у редакции достоверной информации нет.
Теперь самый болезненный для общества вопрос: какие структуры могут диагностировать коронавирус SARS-CoV-2 в России? И вопрос, который следует из первого: будут ли использованы разработки тех организаций, которые мы перечислили выше?
Что это значит? Это значит, что СанПин позволяет работать с вирусами из II группы методом ПЦР в условиях III–IV группы. Так, например, работают по всей стране с ВИЧ, который тоже отнесен ко II группе. В том случае, если опасный патоген не собираются наращивать в культуре или инфицировать им лабораторных животных, а исследуют его генетический материал, пробирку с образцом открывают в ламинарном шкафу и добавляют в нее вещество, разрушающее вирус (например, гуанидинизотиоцианат). После этого фактически речь идет не о вирусе, а о его белках, ДНК или РНК.
Тем не менее сейчас круг лабораторий, которые могут диагностировать инфекцию SARS-CoV-2, ограничен Роспотребнадзором.
Понятно, что если коммерческие лаборатории в России захотят проводить тестирование на SARS-CoV-2, то они смогут воспользоваться любой тест-системой, которая получит регистрационное удостоверение. Однако неясно, как в этом случае будет выстраиваться взаимодействие с системой Роспотребнадзора.
Отсутствие конкуренции — это рай?
Когда в мире произошла вспышка атипичной пневмонии, в 2003 году четыре организации в России разработали ПЦР-тесты на выявление возбудителя — коронавируса SARS-CoV. Роспотребнадзор издал приказ о сравнительных испытаниях. Был очень быстро получен вирус, и все разработчики могли испытывать на нем свои системы. Сравнительные испытания проводились в 48 ЦНИИ МО РФ, панели контрольных образцов были зашифрованы. Затем результаты всех тестов вскрыли и сравнили.
Довольно большая разница с тем, что происходит сейчас, не так ли?
Все наши источники сходятся в том, что нужно дать возможность работать с клиническим материалом и применять свои тест-системы и государственным и коммерческим игрокам этого рынка. Но сейчас в условиях распространяющейся эпидемии только структуры Роспотребнадзора (и то не все) имеют эксклюзивное право на получение всех федеральных денег по этой тематике на исследования, разработку вакцин и тестирование препаратов, диагностику всех инфекционных материалов в сети своих организаций.
Как мы написали выше, мы не получили ответа от Роспотребнадзора на наш официальный запрос на информацию. В таком же положении находятся все СМИ в стране. Но мы открыты к сотрудничеству и с удовольствием опубликуем ответы на наши вопросы. Предварительно проверив, разумеется.
Экспресс-тест на коронавирус стоит делать лишь тогда, когда есть обоснованное подозрение, что человек инфицирован. Как и где проводят тест - в материале DW.
Экспресс-тест на коронавирус: быстро и вполне надежно
Ни лекарств, ни вакцин против нового коронавируса SARS-CoV-2 до сих пор нет. По самым оптимистическим прогнозам, пройдет не менее 18-24 месяцев, прежде чем соответствующая вакцина будет разработана, проверена на побочные эффекты на всех этапах испытаний, одобрена органами здравоохранения и только после этого произведена в больших количествах и, в конечном счете, появится на мировом рынке. И даже тогда люди будут решать: делать прививку, или нет.
Поэтому в ближайшие месяцы наиболее разумной мерой, способной по крайней мере замедлить дальнейшее распространение коронавируса, являются надежные экспресс-тесты. Они смогут помочь выявить инфицированных и, возможно, "горячие точки" распространения. С помощью результатов теста можно будет принять решение о карантине - в медицинском учреждении или, в случае легких симптомов заболевания, в домашних условиях.
Однако при резкой вспышке заболевания медицинские учреждения и лаборатории даже в экономически развитых странах быстро достигают предела своих возможностей. Поэтому экспресс-тесты стоит проводить только в действительно подозрительных случаях, "ковровое тестирование" невозможно и не имеет особого смысла.
Я вернулся из Италии. Мне нужно сделать тест?
Если человек вернулся из зоны повышенного риска, но при этом у него нет каких-либо симптомов заболевания, тест на коронавирус ему делать не нужно. Да и симптомы простуды или кашель тоже далеко не всегда означают инфицирование вирусом SARS-CoV-2.
Однозначным поводом для экспресс-теста являются признаки вирусной пневмонии "неясной причины". Сделать тест имеет смысл также при наличии явных симптомов заболевания коронавирусной инфекцией - кашля, высокой температуры и затрудненного дыхания, при этом больной либо контактировал с инфицированным SARS-CoV-2 человеком, либо находился в зоне карантина.
В ряде городов Южной Кореи появились мобильные лаборатории для тестов на коронавирус
В конечном счете, решение о проведении теста на коронавирус принимает врач. По данным немецкого института имени Роберта Коха, тесты на наличие коронавируса выборочно делают также пациентам с симптомами гриппа. В Германии стоимость теста составляет около 200 евро, и его оплачивают больничные кассы - но лишь в тех случаях, когда пациент классифицируется врачом как "подозрительный случай".
Обычно для теста у пациента берут мазок из горла или из носа. Институт имени Роберта Коха рекомендует также "при наличии обоснованных подозрений" брать пробы не только из верхних, но и из нижних дыхательных путей.
Как проводится тест?
Взятые образцы проверяют на наличие коронавируса в диагностических лабораториях. Процедура основана на так называемой полимеразной цепной реакции (ПЦР). Этот метод применяется во многих областях - от криминалистики до научных экспериментов. С его помощью, к примеру, выявляют наследственные заболевания или определяют отцовство.
При ПЦР специально отобранный фрагмент ДНК копируется и размножается в термоциклере для поиска конкретных фрагментов ДНК, например, коронавируса. Процедура позволяет установить, присутствуют ли в организме болезнетворные микроорганизмы, и если да, то в каком количестве. При вирусных инфекциях это называется "вирусная нагрузка".
Как пациенты узнают о результатах?
Сам тест длится около пяти часов, плюс время транспортировки образцов в лабораторию. Результаты, как правило, получает врач через один-два дня, после чего он информирует о них пациента. Если инфекция выявлена, врач также ставит в известность местные органы здравоохранения. При необходимости пациента помещают в стационар в специально оборудованную изолированную палату. Если болезнь протекает легко, больные могут оставаться на домашнем карантине до тех пор, пока они остаются распространителями вируса.
Результатам тестов можно верить?
Если результат теста положительный, сомнений быть не может - пациент заражен коронавирусом. Однако при отрицательном результате стопроцентно исключить возможное инфицирование SARS-CoV-2 нельзя.
Негативный результат не всегда означает, что человек не инфицирован
Это связано с тем, что пробы могли быть неправильно взяты или транспортированы в лабораторию без соблюдения надлежащих правил. Поэтому если существует опасение, что человек с большой вероятностью может быть инфицирован коронавирусом, тест проводится несколько раз.
Есть ли более простые и быстрые экспресс-тесты?
Диагностика с помощью метода полимеразной цепной реакции требует специального лабораторного оборудования и высококвалифицированных технических специалистов, которых нет во многих странах мира. Даже в достаточно развитом Китае лаборатории были не в состоянии справиться с наплывом пациентов из-за резкого увеличения числа заражений.
В Европе и США тоже иногда возникают проблемы с транспортировкой тестов, наличием отдельных компонентов, необходимых для тестирования, или с медицинским оборудованием. Поэтому после горького опыта эпидемий лихорадки Эбола и вируса Зика ученые пытаются создать переносные молекулярные диагностические мини-лаборатории, чтобы иметь возможность тестировать пациентов в клиниках, оснащенных не по последнему слову техники, или даже в домашних условиях.
Работы ведутся по всему миру, и уже есть первые многообещающие подходы к проведению упрощенных экспресс-тестов, аналогичных тестам на уровень сахара в крови. Например, экспресс-тест, представленный Национальной комиссией здравоохранения Китая, позволяет всего за 15 минут найти в крови пациента иммуноглобулины - антитела, которые человеческий организм начинает вырабатывать сразу же при наличии новой инфекции.
Похожий тест на антитела разработала медицинская школа Duke-NUS в Сингапуре. Метод уже был успешно протестирован министерством здравоохранения страны.
Полицейский контроль на границе карантинной зоны
Около 52 000 человек, проживающих в 11 населенных пунктах на севере Италии, из-за карантина, связанного с эпидемией коронавируса SARS-CoV-2, фактически оказались отрезанными от внешнего мира. Въезд в эти города и выезд из них возможны только по специальному разрешению. Нарушителям грозит "уголовно-правовое преследование".
Опустевшие улицы
Кодоньо - город с 15-тысячным населением в провинции Ломбардия. Из-за угрозы распространения коронавируса все его магазины и закусочные сейчас закрыты. Лишь немногие жители решаются выйти на улицу. Что стало причиной резкого роста числа зараженных коронавирусом на севере Италии, до сих пор неизвестно. По словам премьера Италии Джузеппе Конте, карантин продлится две недели.
Число заболевших стремительно растет
20 февраля диагноз COVID-19, вызванного коронавирусом SARS-CoV-2, подтвердился у 38-летнего жителя города Кодоньо. С тех пор число заболевших из его круга общения неуклонно растет. На данный момент родители мужчины (на фото) находятся под наблюдением врачей. Тем не менее он не является так называемым "нулевым пациентом", с которого началось распространение коронавируса в регионе.
Закупка продуктов впрок
Из-за стремительного роста случаев заражения коронавирусом в регионе многие итальянцы начали закупать впрок продукты питания и предметы первой необходимости. Эти люди ждут своей очереди, чтобы зайти в супермаркет в городе Казальпустерленго. Покупателей запускают туда группами по 40 человек, чтобы избежать давки.
Повышенный спрос на защитные маски
Страх перед коронавирусом растет и в крупных городах на севере Италии. Как следует из объявления на двери, в этой аптеке в Турине респираторные маски и дезинфицирующий гель для рук уже распроданы. Тонкие защитные маски, подобные тем, что используются в операционных, не гарантируют стопроцентной защиты от коронавируса. К тому же, их необходимо регулярно менять.
Двойные маски
Разочарование этих девушек, спрятавших лица за двойными масками, в буквальном смысле слова видно по глазам. Из-за эпидемии коронавируса в Венеции отменили традиционный карнавал, запланированный на 23 - 25 февраля. По данным на 24 февраля, в Италии зафиксировано 229 случаев заражения коронавирусом. Число скончавшихся от опасной инфекции составляет 7 человек.
Показ мод несмотря на коронавирус
Итальянская столица моды Милан находится всего в 60 километрах от города Кодоньо, ставшего очагом распространения коронавируса. 18 февраля в Милане началась знаменитая неделя моды. Однако из-за эпидемии коронавируса модельному дому Джорджио Армани пришлось демонстрировать свою новую коллекцию в пустом зале с трансляцией в интернете. Другие показы мод были отменены.
Отмена футбольных матчей
Все спортивные мероприятия в провинциях Ломбардия и Венето отменены как минимум до 1 марта. С помощью подобных мер итальянские власти стараются предотвратить или хотя бы замедлить дальнейшее распространение коронавируса. Кроме прочего, на неопределенный срок был перенесен матч чемпионата Италии между миланским "Интером" и командой "Сампдория" из Генуи.
В перспективе владимирская биофармацевтическая компания намерена разработать экспресс-тест, который любой желающий сможет купить в аптеке.
Вот что Александр Шустер сказал в интервью пресс-службе Законодательного Собрания (с некоторыми сокращениями).
[Изотермальная петлевая амплификация - метод LAMP - позволяет проводить молекулярную диагностику существенно дешевле и быстрее, по сравнению с ПЦР. При диагностике РНК-вирусов метод LAMP позволяет проводить обратную транскрипцию и амплификацию в одной пробирке, без переноса жидкости, - примечание Зебра ТВ].
Новый принцип в четыре раза быстрее, во многом проще и требует более простого оборудования. На прошлой неделе мы получили регистрационное удостоверение на этот тест, получили удостоверение на нашу производственную площадку, после проведения испытаний в соответствующем институте.
Такие тесты позволят выявить новый коронавирус на самых начальных стадиях. В нашу пользу играет то, что когда он попадает в организм, то задерживается на слизистой верхних дыхательных путей, а потом он падает в нижние отделы респираторного тракта, а смывы и мазки мы берём как раз из носоглотки — в первых воротах, через которые он может попасть внутрь.
По-моему, такие тесты есть у американцев - у компании Abbott.
Мы до сих пор день и ночь работаем, потому что мы действуем в условиях чрезвычайной ситуации, но при этом пытаемся подтянуть характеристики теста по максимуму, то есть мы хотим реализовать основы вот этой новой методики, которая теоретически позволяет определять вирус в концентрациях в 20 раз меньше, чем все предыдущие методы. Мы сейчас определяем не хуже, но быстрее, а мы хотим добиться такого результата, чтобы было не хуже и гораздо чувствительнее.
Скажу откровенно, что мы сейчас ещё не до конца понимаем общую стратегию нашего государства в этом направлении, но на сегодняшний день портфель заказов на этот тест уже составляет несколько миллионов единиц. У нас простая прагматичная задача — нам надо обеспечить сейчас всю территорию страны, и на этом всё сосредоточено. Этот тест отличается от тестов наших коллег — партнёров и конкурентов - ещё и тем, что он максимально сделан из отечественных компонентов. Поэтому вторая задача — полностью уйти от зависимости от импортных комплектующих.
На самое ближайшее время перед нами стоят две задачи: насыщение рынка и обеспечение собственной независимой от импорта сырьевой базы.
Я надеюсь, что эта эпидемия закончится так же, как и эпидемия атипичной пневмонии и больше никогда не появится, но если вдруг всё же появится, то мы хотим разработать к этому моменту недорогое устройство, которое каждый сможет купить в аптеке. Это будет не совсем то же самое, что тонометр или анализатор сахара в крови, но близко к этому.
Следующий этап — тесты на антитела к коронавирусу, которые показывают, переболел ли человек этим вирусом, или нет, и какого вида иммунитет у него образовался. Это очень важно, потому что рано или поздно эта эпидемия всё-таки закончится, и будет очень важно оценить, как весь наш народ в каком-то определённом срезе выглядит — какое количество людей являются потенциально устойчивыми к новой вспышке, и какое количество неустойчивых, незащищённых людей. Это будет разрабатываться в двух вариантах: лабораторном, очень точном, а второй вариант — то, что будет продаваться в аптеках. Это будет как тест-полоска — по капельке будет сразу видно, есть антитела или нет.
Третий этап в нашей работе немножко связан с особенностью болезни: дело в том, что защита от вирусов на самом деле возложена не столько на антитела, сколько на другие компоненты иммунной системы под названием Т-клетки. И мы только что начали обсуждать возможность определения количества специфичных к вирусу - нацеленных на вирус — Т-клеток. Мы это уже делаем, но для другого возбудителя — для туберкулёза; уже второй год мы выпускаем очень специфический тест, показывающий, насколько восприимчив - или не восприимчив - человек к туберкулёзу. Принцип один и тот же. Есть уже некоторые данные, что этот тест можно будет перенацелить на определение напряжённости иммунитета к потенциальному заражению новым коронавирусом.
Это очень многокомпонентная и тонкая история. Вот говорят о нанотехнологиях, но мы-то вынуждены не наночастицы [10 -9 ] ловить, а частицы, которые в 10 и 100 раз ниже - пико [10 -12 ] и фемто [10 -15 ], мы должны единичные копии вируса ловить. Это — не алхимия, но это — тяжёлая задача проверки и стандартизации каждого компонента.
Ещё раз повторяю: некоторые комплектующие для наших экспресс-тестов в стране не производятся, некоторые мы закупаем с колёс, и тут же начинаем работать над их оптимизацией. Мы планируем со следующей производить 2 миллиона тестов в месяц, но рассматриваем варианты увеличения производства до 5 миллионов единиц, потому что у нас уже начали появляться запросы из других стран.
Алина Вовчек, IRK.ru
2 апреля 2020 г. 22 комментария около 6 минут на чтение
Компании меняют подход к работе.
О развитии ситуации во Франции и принимаемых мерах.
В области диагноз подтвержден у 54 человек.
16 апреля индекс самоизоляции в городе упал до 2,3 балла.
Новый вызов в соцсетях.
Благодарность от жителей.
Последние цифры и факты.
Пандемия коронавируса в мире изменила планы путешественника.
Здание Иркутского противочумного института на улице Трилиссера скрыто за высоким забором и находится под надежной охраной. Просто так на его территорию не попадешь, и правильно, ведь сотрудники учреждения занимаются лабораторной диагностикой особо опасных бактериальных и вирусных инфекций.
В настоящее время в стенах института проходят исследования, в том числе и на коронавирусную инфекцию. В Иркутской области, по данным на 2 апреля, семь подтвержденных случая заболевания. Но объем исследований постоянно растет, анализы берут у тех, кто контактировал с заболевшими, а также у жителей региона, возвращающихся из зарубежных стран.
На проходной каждому выдали разовый пропуск. В институте нас уже ждали. Надев медицинские халаты и бахилы, мы направились в лабораторию приема и сортировки проб Испытательного лабораторного центра института.
Заместитель директора по общим вопросам и организационно-методической работе, доктор медицинских наук Евгений Андаев подробно рассказал нам, как проводится диагностика коронавируса. На исследования поступают мазки из горла и носовой полости. Они упакованы в пробирки раздельно.
В начале пандемии коронавируса исследовали и другие биологические материалы: кровь, мочу, кал. Но опыт показал, что наиболее информативным для молекулярно-генетического анализа является мазок.
Материал для исследований привозят в противочумный институт в металлических контейнерах. Их регистрируют, направляют в лабораторию, где распаковывают.
На первом этапе выполняют первичную обработку материала, его обеззараживание. Для того чтобы обезопасить себя, сотрудники лаборатории работают в защитных костюмах, масках, перчатках, сапогах или галошах.
Все манипуляции проводят через рукава бокса биологической безопасности третьего класса. Такая конструкция обеспечивает защиту оператора. Внутри бокса проводят разбор проб. При температуре 65 градусов вирус инактивируют, и он становится не опасен. Теперь с материалом можно работать в более щадящем режиме, надев лишь медицинский халат.
— Далее, материал передается в лабораторию ПЦР (полимеразной цепной реакции — Прим.авт.) для выделения ДНК и РНК. Между собой мы общаемся по рации. Те, кто работает здесь, из блока не выходят, — говорит врач-вирусолог Анна Севастьянова.
Как рассказывает Евгений Андаев, с середины февраля специалисты Иркутского противочумного института провели уже около 3000 исследований на коронавирус. Максимальное количество составило порядка 500 в день.
Выйдя из первой лаборатории, мы обработали руки спиртовым раствором, расписались в журнале и пошли в ПЦР лабораторию. Там нам показали, как выглядит положительный результат на коронавирус.
Исследование выполняется методом ПЦР (полимеразной цепной реакции). Это наиболее точный и надежный метод диагностики вирусной инфекции, позволяющий обнаружить даже небольшое количество генетического материала (РНК) вируса в биологическом материале человека.
В среднем, на обработку одной пробы уходит чуть более четырех часов. Процесс состоит из нескольких этапов: выделение РНК, перевод его в ДНК, учет результатов и постановка верификации. Одним словом, именно здесь становится понятно, заражен человек COVID-19 или нет.
Кривая на экране обозначает положительный тест на коронавирус
— Вот так выглядит положительный результат на коронавирус, — показывает кривую на мониторе младший научный сотрудник лаборатории природно-очаговых вирусных инфекций Кристина Лапатовская.
Сейчас количество исследований, проводимых в Иркутском противочумном институте, уменьшилось. Основной объем работы по выявлению коронавирусной инфекции проводит лаборатория Центра гигиены и эпидемиологии в Иркутской области.
Пока в Иркутской области любой желающий не может самостоятельно обратиться в лабораторию и сдать анализы. Мазок на анализ врач забирает у человека, вернувшегося из-за границы и имеющего клинические признаки заболевания; на 10 день самоизоляции, даже если человек чувствует себя нормально; в случае, если пребывающий в режиме самоизоляции почувствовал себя плохо. В обязательном порядке анализы берут у контактных лиц. В основном, это члены семьи того, кто заболел или прибыл из-за границы и находится на самоизоляции.
Фотографии Маргариты Романовой
Алина Вовчек, IRK.ru
Чтобы сообщить об опечатке, выделите текст и нажмите Ctrl + Enter
Все описали, но самое главное - сколько времени проходит от забора анализа до выявления - нет.
Компании меняют подход к работе.
О развитии ситуации во Франции и принимаемых мерах.
В области диагноз подтвержден у 54 человек.
16 апреля индекс самоизоляции в городе упал до 2,3 балла.
Новый вызов в соцсетях.
Все рекламные товары подлежат обязательной сертификации, все услуги - лицензированию. Редакция не несет ответственности за содержание рекламных материалов. Реклама изготовлена и размещена на основе материалов, предоставленных заказчиком. Все рекламные предложения не являются публичной офертой.
Читайте также:
