Определение рнк коронавируса
Россия готовится к тотальному тестированию, новые тест-системы позволяют быстро провести масштабную проверку на вирус. К массовому выпуску приступил один из разработчиков нового продукта, два других начинают производство. Олег Гусев, ведущий научный сотрудник Научно-клинического центра прецизионной и регенеративной медицины Казанского федерального университета и института физико-химических исследований RIKEN (Япония) помог РБК Тренды разобраться в том, как устроено тестирование на коронавирус в России и в мире.
Что предлагает ВОЗ
Глава Всемирной организации здравоохранения Тедрос Гебреисус еще в середине марта призвал страны проводить как можно больше тестов на вирус, который вызывает заболевание SARS-CoV-2, даже людям без симптомов. Согласно руководству ВОЗ, анализы на коронавирус COVID-19 должны проводиться методом полимеразной цепной реакции (ПЦР) с обратной транскрипцией. Как говорится в рекомендациях, на сегодня это самый точный и надежный метод диагностики вирусной инфекции. Он позволяет определить даже очень небольшое количество РНК вируса в биологическом материале человека. Это помогает выявить болезнь в инкубационном периоде.
Изобретенный в 1983 году метод и сейчас считается фундаментальным в молекулярной диагностике. Американский ученый, который придумал способ значительного увеличения малых концентраций фрагментов ДНК в биологической пробе, получил за него Нобелевскую премию. Выявление ДНК/РНК методом ПЦР позволяет диагностировать такие заболевания, как ВИЧ, вирусные гепатиты, инфекции, передающиеся половым путем, туберкулез, боррелиоз, энцефалит и многие другие. Метод используют в археологии, криминалистике, генетике.
Как работает ПЦР-тест
Для анализа из физиологических жидкостей извлекают одноцепочечную РНК, моделируют на ее основе двуцепочечную ДНК и многократно дублируют с помощью специального фермента (полимеразы). Увеличение числа копий ДНК называется амплификацией. В результате концентрация определенных фрагментов ДНК/РНК в биологическом образце, изначально минимальная, значительно увеличивается. При исследовании копируется только необходимый для теста участок ДНК. И, конечно, дублирование происходит только в том случае, если искомый участок вирусной ДНК или РНК присутствует в исследуемом биоматериале. В случае с коронавирусом мазок для анализа берут из ротоглотки или носоглотки, поскольку в крови или в кале вирус появляется на более продвинутой стадии болезни.
Тест-система EMG — продукт совместной разработки российских и японских разработчиков, проводившейся с 2016 года, рассказывает Олег Гусев. На данный момент эти тесты включены в систему обязательного медицинского страхования в Японии.
В ближайшее время планируется производить до 2,5 млн. тестов и 1 тыс. портативных лабораторий в неделю. Сами тесты, как и многие реагенты производятся в России. Планируется, что цена на тесты EMG будет в среднем в пять раз меньше, чем на стандартные ПЦР-тесты в Европе.
Российско-японские тесты основаны на методе изотермальной молекулярной диагностики SmartAmp, превосходящем метод ПЦР по скорости работы в восемь раз, а переносная лаборатория позволяет тестировать до 20 пациентов в час, говорит Гусев.
Ключевое отличие теста EMG в том, что многие тесты, которые производятся сейчас, это тесты ИФА (имунноферментный анализ), а не ПЦР. Данные системы определяют антитела, которые организм начинает вырабатывать не ранее, чем через неделю после заражения. Российско-японская разработка позволяет получать результат уже за 30 минут, с точностью, равной почти 100%. Кроме того, тест EMG позволяет определить наличие вируса уже на самых ранних стадиях, в то время как другие системы диагностики короновируса обладают меньшей чувствительностью и не могут выявлять вирус на ранней стадии инфицирования.
Принцип технологии российско-японского теста, по сути, не отличается от классической ПЦР — это наращивание количества целевых фрагментов ДНК и их детекция. Однако в изотермической амплификации, в отличие от классической ПЦР, где необходимы циклы нагрева и охлаждения, все происходит при одной температуре. Это позволяет многократно увеличивать скорость реакции. Метод SmartAmp был изобретен более 15 лет назад (как и LAMP — другая популярная технология изотермальной амплификации, предшествующая SmartAmp). Впервые для инфекционных заболеваний эту технологию применили в 2009 году для быстрого выявления пандемического гриппа (H1N1) в Японии.
Повторные тесты необходимы при любом методе. Отрицательный тест на COVID-19 не гарантирует, что человек не заразится этим вирусом на следующий день. Поэтому, например, в японских лабораториях персонал тестируют каждые несколько дней. Повторный тест нужен и для того, чтобы подтвердить, что человек излечился.
Эта тест-система будет использоваться для диагностики COVID-19 не только в России и Японии. 40 тыс. тестов закупила Австрия, поступили заказы из других стран Европы, Ближнего Востока, и Латинской Америки. Подана заявка в Управление по контролю качества пищевых продуктов и лекарственных препаратов США (FDA) для поставок в эту страну.
На данный момент в России прошли регистрацию еще три теста на коронавирус.
По некоторым данным, в Москве проводится около 700 тестов на коронавирус в сутки. В планах у московских властей увеличить этот показатель до 10 тыс. тестов в сутки, а затем довести его до 25—28 тыс. тестов ежедневно.
Новые разработки за рубежом
Компания Bosch выводит на рынок свой тест на коронавирус, который сначала будет доступен в Германии, а вскоре появится в других странах. В его основе лежит диагностический аппарат Vivalytic, который, по словам изготовителей, станет первым автоматизированным тестом на COVID-19. Тест распознает не только коронавирус, но еще шесть респираторных заболеваний, например, вирусы гриппа А и B. Во время лабораторных испытаний аппарата его точность составила 95%.
Как пишет издание ZME Science, анализ может проводиться прямо в стационаре или медицинском центре — не нужно отправлять образцы в лабораторию и ждать, пока придет ответ. Врачи смогут быстрее идентифицировать и изолировать зараженных, а пациентам не придется пребывать в неизвестности несколько дней. Тест прост в обслуживании и не требует специальной подготовки. Медперсоналу нужно только взять мазок из носа или горла пациента, нанести его на картридж, содержащий реагент, и вставить картридж в анализатор. Каждый аппарат может выполнять до десяти анализов за 24 часа.
Еще более оперативный тест на COVID-19 разработали в Великобритании. Он позволяет выявить COVID-19 всего за 30 минут. Чтобы провести его, достаточно портативного оборудования стоимостью около $120 и набора полосок для мазков из носа и горла по $5 каждая. Одновременно проходить тест могут до шести человек.
FDA в экстренном порядке одобрило сверхбыстрый тест на коронавирус, разработанный калифорнийской компанией Cepheid. С его помощью диагноз можно будет поставить всего за 45 минут. Как отмечает Business Insider, для обработки результатов теста не требуется специальное обучение. Нужен лишь доступ к системе Cepheid GeneXpert — в США их 5 тыс., а по всему миру — 23 тыс.
Начало тотального тестирования людей на COVID-19 во всем мире — хорошая новость как для людей, так и для национальных органов здравоохранения. До сих пор в мире нет четкого представления о том, сколько людей заражены коронавирусом и выявление тех, у кого он уже есть: их госпитализация или отправка на домашний карантин позволит быстрее оценить масштаб угрозы и вовремя принять правильные меры.
Фоновое изображение: Realstock | Shutterstock.com
Что должен включать набор для выявления РНК коронавируса в образцах? Три компонента: реагенты для экстракции РНК, реагенты для обратной транскрипции, то есть перевода РНК в ДНК, и реагенты для ПЦР. Последний компонент состоит из ферментов, буфера и праймеров — олигонуклеотидов, комплементарных каким-либо последовательностям генома коронавируса.
Однако обычно тест-системы включают еще и внутренний контрольный образец — молекулу РНК, защищенную от действия нуклеаз, которую при анализе добавляют в образец на первой стадии — стадии выделения, чтобы она вместе с мишенью проходила все этапы лабораторного исследования и в конце дала свой собственный сигнал, который покажет, что на всех этапах все было хорошо.
У уже зарегистрированного набора ЦСП чувствительность как раз 10 3 в мазках со слизистой (так указано в инструкции к набору, которая имеется в распоряжении редакции). По нашей информации, примерно такой же чувствительности добиваются в разработке НИЦ им. Н.Ф. Гамалеи.
Чем плоха низкая чувствительность? Возможна ситуация, когда пациент явно инфицирован, но концентрация вируса в пробе у него ниже, чем 10 5 . В этом случае результат тестирования будет отрицательным. Тест не выявит начало заболевания, либо слишком рано будет принято решение о том, что выздоравливающий пациент больше не выделяет вирусы и не может никого инфицировать. А он ходит по улице, и он заразен. (По данным китайских исследователей, выделение вируса может продолжаться до 37 дней.)
С ложноотрицательными результатами теста разобрались. Теперь о ложноположительных срабатываниях, то есть о специфичности. Любой тест может показывать у некоторого числа здоровых людей заболевание. В спокойной обстановке в этом нет ничего страшного, поскольку можно десять раз перепроверить анализы у каждого пациента. Совсем другое дело — ситуация эпидемии. В этом случае диагностика опять выдает управленческим структурам недостоверную информацию о количестве инфицированных, принимается решение о проведении клинических и лечебных мероприятий в отношении пациентов, которые вообще не болеют. Ресурсы здравоохранения направляются на ложные цели.
Однако это вопрос про праймеры для реакции амплификации. Если праймеры специфичны именно к этому вирусу, то все хорошо, если же праймеры могут отжигаться на нецелевую мишень, то получим ложнопозитивный результат. К сожалению, саму последовательность праймеров многие разработчики — не все — держат в секрете, поэтому редакция не располагает информацией, на гены каких именно белков и на какие участки этих генов они созданы.
С другой стороны, ВОЗ пишет, что в настоящее время известно о циркуляции среди населения четырех сезонных коронавирусов (HCoV-229E, -OC43, -NL63 и -HKU1), которые, как правило, вызывают заболевания верхних дыхательных путей — от легких до средней тяжести. Поэтому испытания теста должны проводиться на как можно более широкой панели, чтобы отсечь ложные срабатывания. Желательно, чтобы образцы были от пациентов, либо в панель должны быть включены вирусы, генетически наиболее близкие этому коронавирусу и достаточно широко распространенные.
Сколько именно неспецифичных срабатываний дает тест, сказать нельзя, но из общих соображений эксперты называют цифру до 10%.
По тест-системам, разрабатываемым другими группами, у редакции достоверной информации нет.
Теперь самый болезненный для общества вопрос: какие структуры могут диагностировать коронавирус SARS-CoV-2 в России? И вопрос, который следует из первого: будут ли использованы разработки тех организаций, которые мы перечислили выше?
Что это значит? Это значит, что СанПин позволяет работать с вирусами из II группы методом ПЦР в условиях III–IV группы. Так, например, работают по всей стране с ВИЧ, который тоже отнесен ко II группе. В том случае, если опасный патоген не собираются наращивать в культуре или инфицировать им лабораторных животных, а исследуют его генетический материал, пробирку с образцом открывают в ламинарном шкафу и добавляют в нее вещество, разрушающее вирус (например, гуанидинизотиоцианат). После этого фактически речь идет не о вирусе, а о его белках, ДНК или РНК.
Тем не менее сейчас круг лабораторий, которые могут диагностировать инфекцию SARS-CoV-2, ограничен Роспотребнадзором.
Понятно, что если коммерческие лаборатории в России захотят проводить тестирование на SARS-CoV-2, то они смогут воспользоваться любой тест-системой, которая получит регистрационное удостоверение. Однако неясно, как в этом случае будет выстраиваться взаимодействие с системой Роспотребнадзора.
Отсутствие конкуренции — это рай?
Когда в мире произошла вспышка атипичной пневмонии, в 2003 году четыре организации в России разработали ПЦР-тесты на выявление возбудителя — коронавируса SARS-CoV. Роспотребнадзор издал приказ о сравнительных испытаниях. Был очень быстро получен вирус, и все разработчики могли испытывать на нем свои системы. Сравнительные испытания проводились в 48 ЦНИИ МО РФ, панели контрольных образцов были зашифрованы. Затем результаты всех тестов вскрыли и сравнили.
Довольно большая разница с тем, что происходит сейчас, не так ли?
Все наши источники сходятся в том, что нужно дать возможность работать с клиническим материалом и применять свои тест-системы и государственным и коммерческим игрокам этого рынка. Но сейчас в условиях распространяющейся эпидемии только структуры Роспотребнадзора (и то не все) имеют эксклюзивное право на получение всех федеральных денег по этой тематике на исследования, разработку вакцин и тестирование препаратов, диагностику всех инфекционных материалов в сети своих организаций.
Как мы написали выше, мы не получили ответа от Роспотребнадзора на наш официальный запрос на информацию. В таком же положении находятся все СМИ в стране. Но мы открыты к сотрудничеству и с удовольствием опубликуем ответы на наши вопросы. Предварительно проверив, разумеется.
Информация об исследовании на коронавирус
Внимание! Тестирование предназначено для пациентов без симптомов ОРЗ.
Организациям (юридическим лицам, ИП)
Групповое обслуживание организаций оформляется по специальной заявке. Ознакомиться с подробной инструкцией подачи заявки на корпоративное обслуживание можно ЗДЕСЬ.
Где задать вопрос
Viber +7 (926) 550-13-13
Личные сообщения в группе на Facebook
Пожалуйста, не используйте WhatsApp и телефон контакт-центра: сейчас эти каналы связи перегружены.
Не дублируйте одно и то же сообщение в разных каналах – это поможет нам быстрее отвечать на ваши вопросы.
Мы призываем людей, у которых наблюдается повышение температуры , кашель, одышка, мышечная боль, слабость и ощущение заложенности в грудной клетке , соблюдать требования Минздрава РФ, оставаться дома и звонить на горячую линию Роспотребнадзора: 8 (800) 555-49-43.
Анализ предназначен для тех, кто не замечает у себя симптомов, но имеет основания для переживаний: например, часто пользуется общественным транспортом (особенно в часы пик).
При заказе исследования необходимо предъявить паспорт РФ.
Рекомендуем приходить в масках и одноразовых перчатках.
Внимание! При выезде на дом биоматериал для анализа на коронавирус не принимается.
С 13 апреля стоимость исследования меняется и составит 2400 рублей с учетом взятия биоматериала.
Режим повышенной готовности разрешает выходить из дома, чтобы сдать анализы. С 15 апреля для этого нужно получить цифровой пропуск, если вы добираетесь до лабораторного отделения на такси, общественном или личном транспорте (даже велосипеде). Пропуск не понадобится, если вы пойдете в ближайшее отделение пешком.
Биоматериал на исследование принимается только в следующих отделениях:
| Адрес отделения Метро | Время приема биоматериала на COVID-19 | Время приема общего биоматериала |
|---|---|---|
| "Бауманская", ул. Ладожская, д. 8 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Беговая", ул. Беговая, д. 24 | 07:30-16:45 | не принимают |
| "Беляево", ул. Профсоюзная, д. 104 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "ВДНХ", ул. Бориса Галушкина, д. 3 | 09:00-17:30 | 07:30 - 08:30 |
| "Верхние Лихоборы", ул. Дубнинская, д. 2, корп.6 | 07:30-16:00 | не принимают |
| "Выхино", ул. Ферганская, д. 14/13 | 07:30-17:00 | не принимают |
| "Домодедовская", ул. Генерала Белова, д. 33/19 | 11:00-17:30 | 07:30 - 10:30 |
| "Коммунарка", пос. Коммунарка, ул. Лазурная, д. 6 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| "Люблино", ул. Белореченская, д. 12 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| "Марьино", Новочеркасский бульвар, д. 55 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30-10:30 |
| "Молодежная", ул. Ярцевская, д. 11, к. 1 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Новопеределкино", Боровское шоссе, 43 корп. 1 | 09:30-16:45 | 07:30 - 09:00 |
| "Окружная", Дмитровское шоссе, д. 59, корп.1 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| "Октябрьское поле", ул. Маршала Рыбалко, д. 1 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Отрадное", ул. Декабристов, д. 10, к. 3 | 11:00-15:30 | 07:30 - 10:30 |
| "Перово", ул. Новогиреевская, д. 24 корп. 1 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| "Печатники", ул. Гурьянова, д. 2, корп. 1 | Прием с 24 апреля ПН-ПТ: 11:00-17:30 СБ-ВС: 11:00-15:30 | 07:30-10:30 |
| "Пионерская", ул. Кастанаевская, д. 41 | 11:00-15:15 | 07.30 - 10.30 |
| "Пражская", ул. Красного Маяка, д. 1, корп. 1 | 11:00-17:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Пятницкое шоссе", ул. Митинская, д. 49 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Речной вокзал", ул. Фестивальная, д. 17, корп. 1 | 11:00-19:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Римская", ул. Сергия Радонежского, д. 8 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Свиблово", ул. Снежная, д.17, к.1 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07.30 - 10.30 |
| "Текстильщики", 11-ая ул. Текстильщиков, д. 11 | Прием с 17 апреля 07:30-13:30 | не принимают |
| "Тургеневская", Рождественский б-р, д. 21, стр. 2 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| "Университет", Ломоносовский пр-т, д. 23 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07.30 - 10:30 |
| "Улица Академика Янгеля", ул. Академика Янгеля, д. 2 | 11:00-17:15 | 07:30 - 10:30 |
| "Фрунзенская", Хамовнический вал, д. 14 | ПН-ПТ: 11:00-18:00 СБ-ВС: 11:00-16:00 | 07:30 - 10:30 |
| "Хорошево", пр-т Маршала Жукова, д. 68, корп.1 | 08:00-19:00 | не принимают |
| "ЦСКА," проезд Березовой Рощи, д. 10 | 09:00-16:30 | 07:30 - 08:30 |
| "Черкизовская", ул. Халтуринская, д. 18 | Прием с 17 апреля 07:30-13:30 | не принимают |
| Адрес отделения | Время приема биоматериала на COVID-19 | Время приема общего биоматериала |
|---|---|---|
| Балашиха, мкр. Железнодорожный, просп. Героев, д. 7 | 07:30-13:30 | не принимают |
| Балашиха, проспект Ленина, д. 8 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Дзержинский, ул. Дзержинская, д. 7Б | 07:30-18:15 | не принимают |
| Долгопрудный, просп. Ракетостроителей, д. 5, корп. 1 | 10:30-12:45 | 07:30-10:00 |
| Домодедово, мкр. Авиационный, ул. Жуковского, д. 14/18 | 10:30-13:30 | 07:30-10:00 |
| Дмитров, ул. Чекистская, д. 5 | ПН-ПТ: 10:00-18:00 СБ-ВС: 10:00-16:00 | 07:30-09:30 |
| Егорьевск, 5 микрорайон, д. 13 | 10:30-12:30 | 07:30-10:00 |
| Жуковский, ул. Дугина, д. 17, корп. 3 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Истра, ул. Кирова, д. 8 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Кашира, ул. Садовая, д. 7 | 10:30-13:00 | 07:30-10:00 |
| Королев, ул. Богомолова, д. 6 | 10:30-13:30 | 07:30-10:00 |
| Красногорск, Павшинский б-р, д. 11 | 10:30-18:30 | 07:30-10:00 |
| Красногорск, ул. Успенская, д. 24 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Кубинка, ш. Наро-Фоминское, д. 8 | 07:30-12:30 | не принимают |
| Лобня, ул. Борисова, д.14 к.2 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Люберцы, Октябрьский пр-кт, д. 5 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Мытищи, ул. Веры Волошиной, д. 46 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Мытищи, Осташковское шоссе, дом 22 корп. 6 | 11:00-18:30 | 09:00 - 10:30 |
| Наро-Фоминск, ул. Пушкина, д.3, пом.2 | Прием с 22 апреля 07:30-13:30 | не принимают |
| Нахабино, ул. Белобородова, д. 10, пом. 17 | 07:30-17:30 | не принимают |
| Ногинск, ул. Воздушных Десантников, д. 1 | 07:30-12:15 | не принимают |
| Одинцово, ул. Любы Новоселовой, дом 12А | 07:30-16:45 (по записи) | не принимают |
| Орехово-Зуево, ул. Кооперативная, д. 12 | 07:30-13:30 | не принимают |
| Первомайское пос., д. Ивановское, ул. Семёна Гордого, д. 1 | 10:30-17:00 | 07:30-10:00 |
| Подольск, ул. 50 лет ВЛКСМ, д. 16 | ПН-ПТ: 07:00-18:00 СБ-ВС: 07:00-16:00 (по записи) | не принимают |
| Пушкино, ул. Набережная, д. 35, корп. 7 | Прием с 24 апреля ПН-ПТ: 11:00-20:00 СБ-ВС: 11:00-15:00 | не принимают |
| Пущино, Микрорайон Д, д. 24 | 10:30-15:00 | 07:30-10:00 |
| Раменское, ул. Чугунова, д. 41 | 10:30-11:30 | 07:00-10:00 и 12:00-14:00 |
| Серпухов, ул. Советская, д. 55 | ПН-ПТ: 10:00-18:00 СБ-ВС: 10:00-16:00 | ПН-ВС: 07:30-09:30 |
| Сходня, ул. Октябрьская, д. 2 А | 10:30-13:30 | 07:30-10:00 |
| Троицк, ул.Радужная, д.1 | ПН-ПТ: 07:30-18:00 СБ-ВС: 07:30-16:00 | не принимают |
| Фрязино, ул. Дудкина, д. 7 | 07:30-12:00 | не принимают |
| Химки, пр-т Мельникова, д. 23, корп. 2 | 09:00-18:30 | не принимают |
| Химки, мкр. Подрезково, ул. Новозаводская, д. 10 | 11:00-18:00 | 07:30 - 10:30 |
| Чехов, ул. Земская, д. 11, пом. 1 | Прием с 22 апреля 07:30-12:30 | не принимают |
Услуга оказывается в соответствии с Постановлением Главного государственного санитарного врача Российской Федерации №6 от 13.03.2020 "О дополнительных мерах по снижению рисков распространения COVID-19" и Санитарно-эпидемиологическим заключением № 50.99.19.000.М.000177.04.11.
Информация об исследовании
Качественное определение РНК возбудителя COVID-19 (коронавируса SARS-CoV-2) в соскобе клеток из носоглотки или из ротоглотки методом ПЦР в режиме реального времени.
SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2) – международное наименование возбудителя новой коронавирусной инфекции. Этот РНК-содержащий вирус семейства Coronaviridae, способный вызвать у человека острое респираторное инфекционное заболевание COVID-19 ( CO rona VI rus D isease 20 19 ), был открыт в конце 2019 года в Китае.
Патогенез новой коронавирусной инфекции пока не изучен, однако известно, что инфекция может протекать как в легкой, так и в тяжелой форме. В последнем случае возможно развитие острого респираторного синдрома на фоне пневмонии. Факторы риска тяжелого течения заболевания:
возраст старше 65 лет;
хронические заболевания сердечно-сосудистой системы;
астма и другие заболевания органов дыхания, в том числе аллергические.
Источник инфекции – больной человек, в том числе во время инкубационного периода заболевания.
Пути передачи инфекции:
воздушно-капельный (при кашле, чихании, разговоре);
К факторам передачи инфекции относят зараженные воздух, пищевые продукты и бытовые предметы.
Инкубационный период составляет от 2 до 14 дней.
Клинические симптомы COVID-19:
повышение температуры (>90%);
сухой кашель, реже с небольшим количеством мокроты (80%);
боль в мышцах, низкая работоспособность, высокая утомляемость (44%);
чувство заложенности в грудной клетке (>20%).
ОРВИ-скрин – метод этиологической диагностики острых респираторных вирусных инфекций, заключающийся в идентификации вирусов, наиболее часто вызывающих инфекции верхних и нижних дыхательных путей, на основе выявления в исследуемом материале генетического материала возбудителя. Определение РНК (ДНК) респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4 типов, коронавирусов, риновирусов, аденовирусов групп B, C и E и бокавируса.
- Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv), РНК
- Метапневмовирус (hMpv), РНК
- Вирус парагриппа 1 (hPiv-1), РНК
- Вирус парагриппа 2 (hPiv-2), РНК
- Вирус парагриппа 3 (hPiv-3), РНК
- Вирус парагриппа 4 (hPiv-4), РНК
- Коронавирусы (hCov NL-63, 229E), РНК
- Коронавирусы (hCov HKU-1,ОС 43), РНК
- Риновирус (hRv), РНК
- Аденовирусы гр. В, С, Е (hAdv), ДНК
- Бокавирус (hBov), ДНК
Диагностика ОРВИ, скрининг на вирусные инфекции.
Синонимы английские
Respiratory Virus PCR, multiplex PCR test for respiratory viruses.
Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Бронхоальвеолярный лаваж, мазок из зева (ротоглотки) и носа, мокроту.
как правильно подготовиться к исследованию?
- Рекомендуется употребить большой объем жидкости (чистой негазированной воды) за 8-12 часов до сбора мокроты.
- За 3-4 часа до взятия мазков из ротоглотки (зева) не употреблять пищу, не пить, не чистить зубы, не полоскать рот/горло, не жевать жевательную резинку, не курить. За 3-4 часа до взятия мазков из носа не закапывать капли/спреи и не промывать нос. Взятие мазков оптимально выполнять утром, сразу после ночного сна.
- Не принимать пищу, не пить и не полоскать горло в течение 2-3 часов до исследования.
Общая информация об исследовании
Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы. Основная доля ОРВИ приходится на возбудителей, имеющих тропность к определенным отделам дыхательных путей, к которым относятся в том числе вирусы парагриппа, аденовирусы, риновирусы, коронавирусы, респираторно-синцитиальный вирус, а также не так давно открытые метапневмовирусы и бокавирусы.
Респираторно-синцитиальный вирус – это РНК-содержащий вирус семейства парамиксовирусов, распространен повсеместно, вспышки заболеваемости происходят преимущественно в зимние месяцы. РС-вирус является частой причиной бронхиолита и пневмонии у детей. Приобретенный иммунитет к вирусу неполный, и, хотя благодаря ему у большинства взрослых повторные инфекции протекают значительно мягче, у пожилых людей и пациентов с иммунодефицитом заболевание может проявляться тяжело. Вирус достаточно устойчив во внешней среде – около часа способен сохранять жизнеспособность на поверхностях, окружающих больного, что обуславливает высокую вероятность заражения контактирующих с пациентом лиц. Лечение симптоматическое, для детей из групп риска возможно ингаляционное введение рибавирина (рекомендовано в США), но его эффективность не доказана. С профилактической целью детям с высоким риском заражения РСВ-инфекцией (дети до 6 лет, рождённые на сроке беременности до 35 недель, дети до 2 лет с заболеваниями легких и сердца) проводится терапия моноклональным анти-РСВ-антителом паливизумабом.
Метапневмовирус – РНК-содержащий вирус семейства парамиксовирусов, открытый в 2001 году. Распространен повсеместно, вспышки заболеваемости встречаются зимой и весной в умеренном климате. Период циркуляции метапневмовируса совпадает с другими сезонными вирусами, в частности вирусом гриппа и респираторно-синцитиальным вирусом. Клинические проявления инфекции включают симптомы обычной простуды, но у определенных лиц (дети, пожилые и люди с иммунодефицитом) метапневмовирусы способны вызывать поражение нижних дыхательных путей в виде бронхита, бронхиолита и пневмонии, а также гриппоподобного синдрома. Высока частота смешанных инфекций, например с РСВ. Терапия симптоматическая, специфическое лечение не разработано, эффективность рибавирина, применяющегося при РСВ-инфекции, в отношении метапневмовируса сомнительна.
Вирусы парагриппа - РНК-содержащие вирусы семейства парамиксовирусов, включают в себя четыре типа. Вирусы первого типа вызывают сезонные эпидемии осенью, при этом вспышки происходят не каждый год. Клинически инфицирования вирусами 1-го и 2-го типа проявляются воспалением слизистой оболочки гортани (ларингит) и верхних отделов трахеи, часто осложняются развитием крупа (стеноз гортани). Вирус 3-го типа вызывает ежегодные вспышки весной, они активнее и дольше в годы, когда не циркулирует вирус -го типа. Он чаще вызывает поражение нижних дыхательных путей (бронхиолит и пневмония), особенно у детей и взрослых людей с ослабленным иммунитетом. Вирус 4-го типа выявляется редко, характеризуется поражением верхних дыхательных путей и мягким течением инфекции. Терапия симптоматическая, эффективность рибавирина не доказана. Ряд новых противовирусных препаратов на стадии создания.
Коронавирусы – семейство РНК-содержащих вирусов. Распространены повсеместно, пиковый сезон заболеваемости – зима. Клинически инфекция проявляется в основном поражением верхних дыхательных путей, гораздо реже – бронхиолитом и пневмонией. Такие заболевания, как ТОРС (тяжелый острый респираторный синдром, известный как "атипичная пневмония", вспышка которого началась в 2003 году в Китае) и MERS (англ. Middle East respiratory syndrome – ближневосточный респираторный синдром, вспышка в 2015 году в Южной Корее), вызывались ранее неизвестными разновидностями коронавирусов, протекали с развитием тяжелой пневмонии с респираторным дистресс-синдромом. Ученые связывают появление новых типов коронавирусов с их высокой способностью к мутациям. Средств специфической терапии, эффективность которых подтверждена методами доказательной медицины, не существует.
Риновирусы – РНК-содержащие вирусы семейства пикорнавирусов. Инфекция распространена повсеместно, с сезонными вспышками весной и осенью. Для риновирусной инфекции характерные типичные симптомы простуды, однако у маленьких детей они могут вызывать бронхиолит. Также обострение течения бронхиальной астмы у детей часто ассоциировано с риновирусной инфекцией. Специфическая противовирусная терапия не разработана.
Аденовирусы – семейство ДНК-содержащих вирусов, по различиям в антигенной структуре разделенных на шесть видов, обозначаемых английскими буквами от A до G. Сезонность не имеет решающего значения, но в холодное время частота заболеваний аденовирусными инфекциями возрастает. Аденовирусная инфекция характеризуется широким спектром клинических проявлений, включающих в себя поражения респираторного тракта, глаз, желудочно-кишечного тракта и мочевыводящих путей. Клиника заболевания зависит от вида вируса, так, вирусы видов В, С и Е преимущественно вызывают поражение дыхательных путей, которое проявляется симптомами ринофарингита и трахеита (кашель, лихорадка, першение в горле, выделения из носа). Менее типично развитие бронхиолита и пневмонии, которые встречаются чаще у детей. Также вспышки аденовирусных пневмоний часто происходят среди военнослужащих и других групп людей, живущих в условиях скученности. У людей с иммунодефицитом, а также реципиентов органов и тканей, находящихся на иммуносупрессивной терапии, аденовирусы вызывают генерализованные инфекции, с вовлечением гастроинтестинального тракта, легких и нервной системы. Лечение симптоматическое, есть отдельные исследования по эффективности цидофовира у пациентов после трансплантации костного мозга и солидных органов, однако его применение сопровождалось высокой токсичностью. Аденовирусная вакцина применяется в армии США и недоступна для общего использования.
Бокавирус – вирус семейства парвовирусов, открыт в 2005 году. Может вызывать инфекции верхних и нижних отделов респираторного тракта и гастроэнтериты, чаще всего у детей. Для бокавирусной инфекции типична коинфекция с другими возбудителями. Лечение симптоматическое.
Таким образом, практически все эти возбудители вызывают заболевания, сопровождающиеся симптомами воспаления слизистой оболочки дыхательных путей и выраженной интоксикацией. Обязательным патогенетическим этапом развития и течения ОРВИ является внедрение вируса в клетки эпителия дыхательных путей и его размножение в них, что неминуемо приводит к гибели эпителиоцитов, выходу вирусов в межклеточное пространство и заражению ими новых клеток.
Несмотря на то что в целом клиническая картина ОРВИ имеет сходные проявления, некоторые возбудители, такие как вирусы парагриппа, респираторно-синцитиальный вирус и аденовирусы, способны вызывать заболевания с тяжелым течением, нередко сопровождающиеся развитием осложнений, а у пациентов из группы риска (дети, пожилые люди, пациенты с иммунодефицитами) могут приводить даже к летальному исходу. С учетом этого, а также принимая во внимание эффективность существующих противовирусных препаратов против определенных возбудителей, большую важность приобретает этиологическая диагностика ОРВИ.
В связи со сходной клинической картиной респираторных вирусных инфекций достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами. При этом традиционные методы диагностики (иммунологические, серологические, микробиологические исследования) имеют существенные недостатки в виде недостаточной чувствительности, неуниверсальности методик, плохой воспроизводимости результатов и большой длительности получения ответа. Данные проблемы во многом позволило решить внедрение в практику диагностики ОРВИ молекулярно-биологических исследований, в частности полимеразной цепной реакции в режиме реального времени.
В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально. К преимуществам метода ПЦР можно отнести:
прямое определение наличия возбудителя – выявление специфического участка РНК или ДНК возбудителя дает прямое указание на присутствие вируса;
высокую специфичность – в исследуемом материале идентифицируется уникальный, характерный только для данного вируса фрагмент РНК или ДНК;
высокую чувствительность – ПЦР позволяет обнаружить возбудитель, даже если его исходная концентрация в исследуемом материале чрезвычайно мала.
Для чего используется исследование?
- Для этиологической диагностики острых респираторных вирусных инфекций, особенно у детей, людей пожилого возраста и лиц с иммунодефицитом.
Когда назначается исследование?
- При наличии у пациента симптомов инфекции верхних и/или нижних дыхательных путей, сопровождающейся проявлениями интоксикационного синдрома, в целях дифференциальной диагностики вирусных и бактериальных острых респираторных заболеваний, определения показаний для назначения специфической противовирусной терапии.
Что означают результаты?
Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv), РНК
Читайте также:
