Обнаружена рнк коронавируса типов nl 63 229e

ОРВИ-скрин – метод этиологической диагностики острых респираторных вирусных инфекций, заключающийся в идентификации вирусов, наиболее часто вызывающих инфекции верхних и нижних дыхательных путей, на основе выявления в исследуемом материале генетического материала возбудителя. Определение РНК (ДНК) респираторно-синцитиального вируса, метапневмовируса, вирусов парагриппа 1, 2, 3 и 4 типов, коронавирусов, риновирусов, аденовирусов групп B, C и E и бокавируса.

• Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv), РНК
• Метапневмовирус (hMpv), РНК
• Вирус парагриппа 1 (hPiv-1), РНК
• Вирус парагриппа 2 (hPiv-2), РНК
• Вирус парагриппа 3 (hPiv-3), РНК
• Вирус парагриппа 4 (hPiv-4), РНК
• Коронавирусы (hCov NL-63, 229E), РНК
• Коронавирусы (hCov HKU-1,ОС 43), РНК
• Риновирус (hRv), РНК
• Аденовирусы гр. В, С, Е (hAdv), ДНК
• Бокавирус (hBov), ДНК

Диагностика ОРВИ, скрининг на вирусные инфекции.

Синонимы английские

Respiratory Virus PCR, multiplex PCR test for respiratory viruses.

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Бронхоальвеолярный лаваж, мазок из зева (ротоглотки) и носа, мокроту.

как правильно подготовиться к исследованию?

• Рекомендуется употребить большой объем жидкости (чистой негазированной воды) за 8-12 часов до сбора мокроты.
• За 3-4 часа до взятия мазков из ротоглотки (зева) не употреблять пищу, не пить, не чистить зубы, не полоскать рот/горло, не жевать жевательную резинку, не курить. За 3-4 часа до взятия мазков из носа не закапывать капли/спреи и не промывать нос. Взятие мазков оптимально выполнять утром, сразу после ночного сна.
• Не принимать пищу, не пить и не полоскать горло в течение 2-3 часов до исследования.

Общая информация об исследовании

Ведущее место в этиологии острых респираторных заболеваний занимают вирусы. Основная доля ОРВИ приходится на возбудителей, имеющих тропность к определенным отделам дыхательных путей, к которым относятся в том числе вирусы парагриппа, аденовирусы, риновирусы, коронавирусы, респираторно-синцитиальный вирус, а также не так давно открытые метапневмовирусы и бокавирусы.

Респираторно-синцитиальный вирус – это РНК-содержащий вирус семейства парамиксовирусов, распространен повсеместно, вспышки заболеваемости происходят преимущественно в зимние месяцы. РС-вирус является частой причиной бронхиолита и пневмонии у детей. Приобретенный иммунитет к вирусу неполный, и, хотя благодаря ему у большинства взрослых повторные инфекции протекают значительно мягче, у пожилых людей и пациентов с иммунодефицитом заболевание может проявляться тяжело. Вирус достаточно устойчив во внешней среде – около часа способен сохранять жизнеспособность на поверхностях, окружающих больного, что обуславливает высокую вероятность заражения контактирующих с пациентом лиц. Лечение симптоматическое, для детей из групп риска возможно ингаляционное введение рибавирина (рекомендовано в США), но его эффективность не доказана. С профилактической целью детям с высоким риском заражения РСВ-инфекцией (дети до 6 лет, рождённые на сроке беременности до 35 недель, дети до 2 лет с заболеваниями легких и сердца) проводится терапия моноклональным анти-РСВ-антителом паливизумабом.

Метапневмовирус – РНК-содержащий вирус семейства парамиксовирусов, открытый в 2001 году. Распространен повсеместно, вспышки заболеваемости встречаются зимой и весной в умеренном климате. Период циркуляции метапневмовируса совпадает с другими сезонными вирусами, в частности вирусом гриппа и респираторно-синцитиальным вирусом. Клинические проявления инфекции включают симптомы обычной простуды, но у определенных лиц (дети, пожилые и люди с иммунодефицитом) метапневмовирусы способны вызывать поражение нижних дыхательных путей в виде бронхита, бронхиолита и пневмонии, а также гриппоподобного синдрома. Высока частота смешанных инфекций, например с РСВ. Терапия симптоматическая, специфическое лечение не разработано, эффективность рибавирина, применяющегося при РСВ-инфекции, в отношении метапневмовируса сомнительна.

Вирусы парагриппа - РНК-содержащие вирусы семейства парамиксовирусов, включают в себя четыре типа. Вирусы первого типа вызывают сезонные эпидемии осенью, при этом вспышки происходят не каждый год. Клинически инфицирования вирусами 1-го и 2-го типа проявляются воспалением слизистой оболочки гортани (ларингит) и верхних отделов трахеи, часто осложняются развитием крупа (стеноз гортани). Вирус 3-го типа вызывает ежегодные вспышки весной, они активнее и дольше в годы, когда не циркулирует вирус -го типа. Он чаще вызывает поражение нижних дыхательных путей (бронхиолит и пневмония), особенно у детей и взрослых людей с ослабленным иммунитетом. Вирус 4-го типа выявляется редко, характеризуется поражением верхних дыхательных путей и мягким течением инфекции. Терапия симптоматическая, эффективность рибавирина не доказана. Ряд новых противовирусных препаратов на стадии создания.

Коронавирусы – семейство РНК-содержащих вирусов. Распространены повсеместно, пиковый сезон заболеваемости – зима. Клинически инфекция проявляется в основном поражением верхних дыхательных путей, гораздо реже – бронхиолитом и пневмонией. Такие заболевания, как ТОРС (тяжелый острый респираторный синдром, известный как "атипичная пневмония", вспышка которого началась в 2003 году в Китае) и MERS (англ. Middle East respiratory syndrome – ближневосточный респираторный синдром, вспышка в 2015 году в Южной Корее), вызывались ранее неизвестными разновидностями коронавирусов, протекали с развитием тяжелой пневмонии с респираторным дистресс-синдромом. Ученые связывают появление новых типов коронавирусов с их высокой способностью к мутациям. Средств специфической терапии, эффективность которых подтверждена методами доказательной медицины, не существует.

Риновирусы – РНК-содержащие вирусы семейства пикорнавирусов. Инфекция распространена повсеместно, с сезонными вспышками весной и осенью. Для риновирусной инфекции характерные типичные симптомы простуды, однако у маленьких детей они могут вызывать бронхиолит. Также обострение течения бронхиальной астмы у детей часто ассоциировано с риновирусной инфекцией. Специфическая противовирусная терапия не разработана.

Аденовирусы – семейство ДНК-содержащих вирусов, по различиям в антигенной структуре разделенных на шесть видов, обозначаемых английскими буквами от A до G. Сезонность не имеет решающего значения, но в холодное время частота заболеваний аденовирусными инфекциями возрастает. Аденовирусная инфекция характеризуется широким спектром клинических проявлений, включающих в себя поражения респираторного тракта, глаз, желудочно-кишечного тракта и мочевыводящих путей. Клиника заболевания зависит от вида вируса, так, вирусы видов В, С и Е преимущественно вызывают поражение дыхательных путей, которое проявляется симптомами ринофарингита и трахеита (кашель, лихорадка, першение в горле, выделения из носа). Менее типично развитие бронхиолита и пневмонии, которые встречаются чаще у детей. Также вспышки аденовирусных пневмоний часто происходят среди военнослужащих и других групп людей, живущих в условиях скученности. У людей с иммунодефицитом, а также реципиентов органов и тканей, находящихся на иммуносупрессивной терапии, аденовирусы вызывают генерализованные инфекции, с вовлечением гастроинтестинального тракта, легких и нервной системы. Лечение симптоматическое, есть отдельные исследования по эффективности цидофовира у пациентов после трансплантации костного мозга и солидных органов, однако его применение сопровождалось высокой токсичностью. Аденовирусная вакцина применяется в армии США и недоступна для общего использования.

Бокавирус – вирус семейства парвовирусов, открыт в 2005 году. Может вызывать инфекции верхних и нижних отделов респираторного тракта и гастроэнтериты, чаще всего у детей. Для бокавирусной инфекции типична коинфекция с другими возбудителями. Лечение симптоматическое.

Таким образом, практически все эти возбудители вызывают заболевания, сопровождающиеся симптомами воспаления слизистой оболочки дыхательных путей и выраженной интоксикацией. Обязательным патогенетическим этапом развития и течения ОРВИ является внедрение вируса в клетки эпителия дыхательных путей и его размножение в них, что неминуемо приводит к гибели эпителиоцитов, выходу вирусов в межклеточное пространство и заражению ими новых клеток.

Несмотря на то что в целом клиническая картина ОРВИ имеет сходные проявления, некоторые возбудители, такие как вирусы парагриппа, респираторно-синцитиальный вирус и аденовирусы, способны вызывать заболевания с тяжелым течением, нередко сопровождающиеся развитием осложнений, а у пациентов из группы риска (дети, пожилые люди, пациенты с иммунодефицитами) могут приводить даже к летальному исходу. С учетом этого, а также принимая во внимание эффективность существующих противовирусных препаратов против определенных возбудителей, большую важность приобретает этиологическая диагностика ОРВИ.

В связи со сходной клинической картиной респираторных вирусных инфекций достоверное выявление возбудителя возможно исключительно лабораторными методами. При этом традиционные методы диагностики (иммунологические, серологические, микробиологические исследования) имеют существенные недостатки в виде недостаточной чувствительности, неуниверсальности методик, плохой воспроизводимости результатов и большой длительности получения ответа. Данные проблемы во многом позволило решить внедрение в практику диагностики ОРВИ молекулярно-биологических исследований, в частности полимеразной цепной реакции в режиме реального времени.

В отделяемом дыхательных путей (слизь, мокрота и т. д.), которое используется в качестве исследуемого материала, присутствуют погибшие эпителиальные клетки вместе с вирусными частицами. Принцип метода ПЦР основан на обнаружении в материале специфичных фрагментов генетического материала вируса (РНК или ДНК), его избирательном синтезе с образованием огромного числа копий, что позволяет их легко детектировать, в том числе визуально. К преимуществам метода ПЦР можно отнести:

прямое определение наличия возбудителя – выявление специфического участка РНК или ДНК возбудителя дает прямое указание на присутствие вируса;

высокую специфичность – в исследуемом материале идентифицируется уникальный, характерный только для данного вируса фрагмент РНК или ДНК;

высокую чувствительность – ПЦР позволяет обнаружить возбудитель, даже если его исходная концентрация в исследуемом материале чрезвычайно мала.

Для чего используется исследование?

• Для этиологической диагностики острых респираторных вирусных инфекций, особенно у детей, людей пожилого возраста и лиц с иммунодефицитом.

Когда назначается исследование?

• При наличии у пациента симптомов инфекции верхних и/или нижних дыхательных путей, сопровождающейся проявлениями интоксикационного синдрома, в целях дифференциальной диагностики вирусных и бактериальных острых респираторных заболеваний, определения показаний для назначения специфической противовирусной терапии.

Что означают результаты?

Респираторно-синцитиальный вирус (hRSv), РНК

, MD, University of Rochester School of Medicine and Dentistry

Last full review/revision February 2020 by Brenda L. Tesini, MD

Множество коронавирусов, впервые обнаруженных у домашних птиц в 1930-х годах, вызывают у животных респираторные, желудочно-кишечные, печеночные и неврологические заболевания. Только 7 коронавирусов вызывают заболевание у человека.

Коронавирусные инфекции в человека наиболее часто вызывают симптомы простуды. Коронавирусы 229E и OC43 вызывают простуду; серотипы NL63 и HUK1 также были связаны с простудой. Редко могут возникать тяжелые инфекции нижних дыхательных путей, включая пневмонию, в основном, у младенцев, пожилых людей и людей с иммунодефицитом.

Три из 7 коронавирусов вызывают гораздо более тяжелые, чем другие коронавирусы, а иногда и летальные респираторные инфекции у людей, они послужили причиной крупных вспышек смертельной пневмонии в 21-м веке:

ТОРС-КoВ2 - это новый коронавирус, который является идентифицированной причиной коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19), возникшей в городе Ухань, Китай в конце 2019 года и распространившейся по всему миру.

В 2012 году коронавирус MERS-CoV был идентифицирован как причина респираторного синдрома Среднего Востока (MERS).

В конце 2002 года SARS-CoV был идентифицирован как причина вспышки тяжелого острого респираторного синдрома (SARS).

Эти коронавирусы, вызывающие тяжелые респираторные инфекции, являются зоонозными возбудителями, которые сначала поражают инфицированных животных, а затем передаются от животных к людям.

COVID-19

COVID-19 был впервые зарегистрирован в конце 2019 года в городе Ухань, Китай, и с тех пор активно распространяется по Китаю и всему миру. Для получения текущей информации о количестве зарегистрированных случаев заболеваний и смертей, см. Centers for Disease Control and Prevention: 2019 Novel Coronavirus и World Health Organization's Novel Coronavirus (COVID-2019) situation reports.

Ранние случаи COVID-19 связывали с птичьим рынком в городе Ухань, Китай, предполагая, что первоначальное заражение людей вирусом произошло от животных. Передача от человека к человеку происходит при контакте с инфицированными выделениями, в основном крупными каплями, выделяемыми из дыхательных путей, но также возможно заражение и при контакте с поверхностью, загрязненной ими; неясно, может ли инфекция передаваться фекально-оральным путем или какую роль в передаче вируса играют аэрозоли (маленькие капельки, выделяемые из дыхательных путей человека). Также неясно, легко ли этот вирус передается от человека к человеку или насколько стойко он будет циркулировать в популяции, однако похоже, что COVID-19 более заразен, чем ТОРС и, вероятно, его распространение похоже на грипп.

Суперраспространители имели важное значение в развитии вспышки атипичной пневмонии в 2003 году и могут также играть важную роль в текущей вспышке COVID-19. Сверхраспространитель - это человек, который передает инфекцию значительно большему числу людей, чем среднестатистический зараженный человек.

В попытке ограничить локальное, региональное и глобальное распространение этой вспышки применяются карантинные и изоляционные меры.

У людей с COVID-19 симптомы могут быть незначительными или даже полностью отсутствовать, хотя некоторые из них тяжело заболевают и умирают. Симптомы могут включать лихорадку, кашель и одышку. У пациентов с более тяжелой формой заболевания могут регистрироваться лимфопения и характерные для пневмонии изменения при диагностических визуализирующих исследованиях. Точный инкубационный период не известен; предположительно он варьируется от 1 до 14 дней. Первичная оценка уровня смертности в Китае (2,3% в самой большой серии случаев) указывает на то, что заболевание является менее тяжелым, чем ТОРС (10%) или БВРС (35%); смертность увеличивается с возрастом (1).

1. Wu Z, McGoogan JM: Characteristics of and important lessons from the coronavirus disease 2019 (COVID-19) outbreak in China: Summary of a report of 72,314 cases from the Chinese Center for Disease Control and Prevention. JAMA 2020 Feb 24. doi: 10.1001/jama.2014.6368. [Epub ahead of print]

ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) выделений из верхних и нижних дыхательных путей и сыворотки крови

В настоящее время в США диагностическое тестирование на COVID-19 может быть проведено только в Центрах по контролю и профилактике заболеваний (Centers for Disease Control and Prevention [CDC]) с одобрения местных органов здравоохранения; требуются образцы материалов из различных участков, включая как верхние, так и нижние дыхательные пути. Могут собираться и сохраняться дополнительные типы образцов (например, стул, моча). По причинам биобезопасности ЦКЗ (CDC) рекомендует местным учреждениям не пытаться изолировать вирус на культуре клеток или проводить первоначальную характеристику вирусных агентов у пациентов с подозрением на инфекцию COVID-19.

ЦКЗ (CDC) рекомендует тестирование пациентам, которые соответствуют следующим критериям (см. CDC: Evaluating and Reporting Persons Under Investigation):

Лихорадка или симптомы заболевания нижних дыхательных путей (например, кашель или одышка) в сочетании с тесным контактом в течение 14 дней после появления симптомов c пациентом, имеющим лабораторно подтвержденный COVID-19 —тесный контакт определяется как (а) нахождение в пределах 2 м от пациента, имеющего COVID-19, в течение длительного периода времени при уходе за ним, проживании с ним, посещении или совместного с заболевшим COVID-19 использовании зоны ожидания или палаты ИЛИ (б) прямой контакт с инфицированными COVID-19 выделениями без использования рекомендованных средств индивидуальной защиты

Лихорадка и симптомы заболевания нижних дыхательных путей (например, кашель или одышка) в сочетании с информацией в анамнезе о прибытии из провинции Хубэй, Китай, в течение 14 дней после появления симптомов

Лихорадка и симптомы заболевания нижних дыхательных путей (например, кашель или одышка), требующие госпитализации, в сочетании с информацией в анамнезе о прибытии из Китая в течение 14 дней от момента появления симптомов; ИЛИ, независимо от анамнеза поездок, подозреваемый в инфицировании вирусом принадлежит к группе требующих госпитализации пациентов с тяжелыми острыми заболеваниями нижних дыхательных путей неясной этиологии (например, пневмония), при которых рассматривается вероятность наличия COVID-19

Если любой из этих критериев имеет место, персонал по инфекционному контролю в медицинском учреждении и местном или государственном отделе здравоохранения должен быть уведомлен немедленно.

Лечение вируса COVID-19 поддерживающее. Вакцина, противовирусный препарат или другое специфическое лечение отсутствует.

Чтобы помочь предотвратить распространение в случае подозрения заболевания, медицинские работники должны выполнять стандартные меры предосторожности относительно контактного и воздушно-капельного путей передачи. (См. ЦКЗ: Предварительные рекомендации по профилактике и контролю инфекций [CDC: Interim Infection Prevention and Control Recommendations])

Заболевание, вызванное коронавирусом (COVID-19): информация для медицинских работников от ЦКЗ (CDC Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) information for healthcare professionals)

Техническое руководство от Всемирной организации здравоохранения по коронавирусной болезни (COVID-19) (World Health Organization's Coronavirus disease (COVID-19) technical guidance)

Доклады Всемирной организации здравоохранения о ситуации с новым коронавирусом (COVID-19) (World Health Organization's Novel Coronavirus (COVID-2019) situation reports)

Респираторный синдром Среднего Востока (MERS)

Об инфекции MERS-CoV впервые сообщили в сентябре 2012 года в Саудовской Аравии, а вспышка в апреле 2012 года в Иордании была подтверждена ретроспективно. По состоянию на 2018 год по всему миру (в 27 странах) было зарегистрировано 2144 случая инфицирования коронавирусом MERS-CoV (по меньшей мере с 750 смертельными случаями); все случаи MERS были связаны с поездками или проживанием в странах Аравийского полуострова и вблизи него, причем более 80% из них приходилось на Саудовскую Аравию. Самая крупная известная вспышка MERS за пределами Аравийского полуострова произошла в Республике Корея в 2015 году. Вспышка была связана с возвращением путешественника с Аравийского полуострова. Случаи заболевания также подтверждены во Франции, Германии, Италии, Тунисе и Великобритании у пациентов, которые были либо перемещены туда для лечения, или заболели после возвращения с Среднего Востока.

Предварительные исследования доминирования серотипа показывают, что инфекция широко не распространена в Саудовской Аравии.

Всемирная организация здравоохранения считает, что для паломников, путешествующих в Саудовскую Аравию (для умры и хаджа), риск заражения MERS-CoV очень низкий. Для получения дополнительной информации о паломничестве на Ближний Восток см. Рекомендации ВОЗ относительно MERS-CoV для паломников (World-travel advice on MERS-CoV for pilgrimages ).

Средний возраст пациентов с MERS-CoV составляет 56 лет, а соотношение мужчины:женщины составляет около 1,6:1. Инфекция, как правило, протекает более тяжело у пациентов пожилого возраста и у пациентов с предшествующими заболеваниями, такими как сахарный диабет, хроническое заболевание сердца или хроническая почечная болезнь.

MERS-CoV может передаваться от человека к человеку через прямой контакт, воздушно-капельным путем (частицы > 5 мкм) или аэрозольным (частицы

Инкубационный период MERS-CoV составляет около 5 дней.

Большинство зарегистрированных случаев были связаны с тяжелыми респираторными заболеваниями, требующими госпитализации, при этом смертность составляла около 35%; однако по меньшей мере 21% пациентов имели легкие симптомы или не имели их вовсе. Распространенными являются лихорадка, озноб, миалгии и кашель. Гастроинтестинальные симптомы (например, диарея, рвота, боли в животе) возникают приблизительно у трети пациентов. Проявления могут быть достаточно серьезными, чтобы потребовать лечения в отделении интенсивной терапии, но в последнее время доля таких случаев резко сократилась.

ПЦР с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР) выделений из верхних и нижних дыхательных путей и сыворотки крови

БВРС следует заподозрить у пациентов, которые имеют необъяснимую острую фебрильную респираторную инфекцию нижних дыхательных путей и у которых в течение 14 дней с момента появления симптомов имеется хотя бы один признак из следующих:

Путешествия или проживание в районах, где БВРС недавно зарегистрирована или могла произойти передача

Пребывали в медицинских учреждениях, где были зафиксированы случаи БВРС

Тесный контакт с пациентом, у которого подозревают БВРС

Вирус БВРС также следует заподозрить у пациентов, которые имели тесный контакт с пациентом с подозрением на БВРС и у которых наблюдается лихорадка, независимо от того, имеются ли у них респираторные симптомы.

Самые последние рекомендации доступны в Центре по контролю и профилактике заболеваний (MERS: Внутреннее руководство для медицинских специалистов (MERS: Interim Guidance for Healthcare Professionals).

Обследование должно включать ОТ-ПЦР в реальном времени с использованием материала выделений из верхних и нижних дыхательных путей, в идеале, взятого из различных мест и в разное время. Сыворотка должна быть получена от пациентов и от всех лиц, даже бессимптомных, которые имели тесный контакт с пациентом, в том числе медицинских работников (чтобы помочь определить умеренной тяжести или бессимптомные MERS). Сыворотку получают сразу после того, как заподозрили MERS или после того, как контактные лица общались с пациентом (острая сыворотка), и через 3-4 нед. (сыворотка реконвалесцента). Изображения предоставлены Public Health Image Library of the Centers for Disease Control and Prevention.

У всех пациентов при рентгенобследовании обнаруживаются нарушения, которые могут быть едва различимыми, или напротив -обширными, односторонними или двусторонними. У некоторых пациентов уровни ЛДГ и АСТ повышены, а/или уровни тромбоцитов и лимфоцитов снижены. У нескольких пациентов обнаружено острое повреждение почек. Может развиться синдром диссеминированного внутрисосудистого свертывания (ДВС) и гемолиз.

Лечение БВРС носит поддерживающий характер. Чтобы помочь предотвратить распространение в случае подозрения заболевания, медицинские работники должны выполнять стандартные меры предосторожности относительно контактного и воздушно-капельного путей передачи.

Вакцины не существует.

Центры по контролю и профилактике заболеваний: Ближневосточный респираторный синдром (MERS), информация для медицинских специалистов (Centers for Disease Control and Prevention: Middle East Respiratory Syndrome (MERS) information for healthcare professionals)

Тяжелый острый респираторный синдром (ТОРС)

ТОРС является гораздо более тяжелым, чем другие коронавирусные инфекции. ТОРС является гриппоподобным заболеванием, которое иногда приводит к прогрессирующей тяжелой дыхательной недостаточности.

Вирус SARS-CoV был впервые обнаружен в провинции Гуандун, Китай, в ноябре 2002 года, а затем распространился на более чем 30 стран. В этой вспышке было зарегистрировано > 8000 случаев во всем мире с 774 смертельными исходами (уровень смертности около 10% случаев, которые значительно варьируют в зависимости от возраста, колеблясь от 50% у тех, кто ≥ 65 лет). Эта вспышка вируса SARS-CoV была первой, во время которой Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC) рекомендовали отменить поездки в данный регион. Эта вспышка была подавлена, новые случаи не фиксировались с 2004 г. Предполагалось, что непосредственным источником заболевания были африканские кошки-циветты, которые продавались на рынке живых животных за еду и, вероятно, были заражены при контакте с летучей мышью до того, как они были пойманы на продажу. Летучие мыши являются частыми переносчиками и хозяевами коронавирусов.

SARS-CoV передается от человека человеку при непосредственном контакте. Считается, что заболевание легче всего передается воздушно-капельным путем, при кашле или чихании зараженного человека.

Диагноз ТОРС (SARS) устанавливается клинически, лечение поддерживающее. Координация оперативных и жестких мер инфекционного контроля помогла быстро взять под контроль вспышку заболевания 2002 года.

Хотя с 2004 года не было зарегистрировано ни одного нового случая заболевания, атипичная пневмония не должна считаться ликвидированной, поскольку причинный вирус использует животных в качестве резервуара, из которого он, вероятно, может появиться вновь.

В 2016 году в отделение скорой помощи больницы Hygeia в Афинах доставили 45-летнюю учительницу. Для человека, который никогда не курил и не имел серьезных проблем со здоровьем, у нее были странные симптомы: сухой кашель, сильная головная боль и температура, превышающая 39,4 ºС. Врач скорой помощи при прослушивании выявил хрипы в нижней части левого легкого пациентки. Рентгеновский снимок грудной клетки подтвердил наличие очагов поражения в легких.

Врачи пришли к выводу, что у пациентки развилась бактериальная пневмония, и назначили ей курс антибиотиков. Но в течение следующих двух дней женщине стало лишь хуже, а лаборатория сообщила, что тест на бактериальную пневмонию дал отрицательный результат. Когда у женщины начались проблемы с дыханием, ее подключили к аппарату искусственной вентиляции легких. Ей также назначили новый курс лекарств и взяли анализы на разнообразные потенциальные возбудители инфекции дыхательных путей — от различных штаммов вируса гриппа до легионелл, палочки коклюша и других патогенов, вызывающих респираторные заболевания. Результаты всех этих тестов тоже оказались отрицательными. Анализы также подтвердили, что это не атипичная пневмония (SARS) и не ближневосточный респираторный синдром (MERS).

Лишь один тест показал положительный результат. Это так удивило врачей, что они провели анализ повторно, однако результат остался неизменным. У пациентки оказалась хорошо знакомая, но все же остающаяся загадочной болезнь — респираторная вирусная инфекция, вызываемая коронавирусом HCoV-229E. За этой комбинацией букв и цифр скрывается первый известный ученым коронавирус, способный передаваться человеку.

В начале 1960-х годов тяжелое состояние греческой учительницы могло бы озадачить исследователей, которые открыли коронавирус HCoV-229E. Это связано с тем, что на самом деле они изначально проводили свое исследование, чтобы найти возбудителя обычной простуды. В то время ученые уже разработали методы выделения некоторых вирусов, но многие штаммы были недостаточно изучены. Примерно у 35% людей простуду вызывали вирусы, которые ученые не могли идентифицировать.

Это стало вызовом для Дороти Хамре из Чикагского университета. Она погрузилась в изучение культур тканей простуженных студентов и в 1965 году обнаружила новый вид вируса, который позднее стал известен под названием HCoV-229E.

В то же самое время в Великобритании группа ученых под руководством доктора Дэвида Тиррелла вела аналогичное исследование с целью более обстоятельно изучить причины возникновения простуды. Им также удалось выделить новый тип вируса. Когда ученые исследовали его под электронным микроскопом, они обнаружили, что он имеет сходство с вирусом, выделенным еще в 1930-х годах из тканей страдающих бронхитом куриц. Это был коронавирус. Ученым впервые удалось доказать, что он может передаваться человеку.

С тех пор ученые обнаружили еще два штамма коронавируса, которые считают возбудителями простуды. Они получили названия HCoV-NL63 и HCoV-HKU1. Геном коронавируса HCoV-229E был полностью расшифрован только в 2012 году, то есть спустя почти 50 лет после того, как ученые впервые его обнаружили. Исследователи пришли к выводу о том, что у пациентов с ослабленным иммунитетом респираторная инфекция, вызванная HCoV-229E, потенциально может протекать в достаточно тяжелой форме. Тем не менее, они сошлись во мнении о том, что у большинства здоровых людей болезнь проходит в форме обычной простуды.

Несмотря на то, что после вспышки атипичной пневмонии ученые начали активно изучать коронавирусы, они до сих пор не могут сказать, почему болезни, вызванные лишь тремя штаммами (SARS-CoV-1, MERS-CoV и, конечно, SARS-CoV-2, вызвавший пандемию COVID-19), протекают в тяжелой форме и приводят к высокому уровню смертности среди зараженных. В то же время другие четыре вида вызывают болезни, которые протекают гораздо мягче.

Всех их объединяет лишь одно — летучие мыши. Именно их считают первоисточником всех известных коронавирусов, поражающих человека. От летучих мышей вирус, как правило, передается другим животным. Крупные рынки мяса и морепродуктов и открытые продуктовые ларьки — это идеальная среда для распространения подобных вирусов среди животных. В конечном счете коронавирус рано или поздно передается человеку. Так, к примеру, вид HCoV-OC43 передался человеку от крупного рогатого скота. Некоторые ученые предполагают, что он был повсеместно распространен еще с XVIII века. Вирус MERS-CoV, в свою очередь, был передан человеку от верблюдов. Исследователи полагают, что животные так или иначе причастны к передаче человеку всех видов коронавирусов, в том числе и SARS-CoV-2.

Доктор Макинтош предполагает, что коронавирусы пока что останутся загадкой для ученых. Во-первых, это связано с широким разнообразием всевозможных подвидов, основательно изучить которые достаточно сложно. Во-вторых, в штаммах коронавирусов постоянно происходит огромное количество изменений на генетическом уровне. Макинтош отмечает, что коронавирусы могут относительно легко рекомбинироваться внутри одной и той же клетки. По мнению ученого, подобные мутации, возможно, привели к возникновению вирусов SARS-CoV-1 и SARS-CoV-2, вызвавших вспышку атипичной пневмонии и пандемию COVID-19.